《孤岛与达摩计划编年史》
光源、兄弟与第一道禁令
孤岛最深处有一处发光的洞穴，水流穿过石壁和根系，光从地下涌出，像世界内部尚未熄灭的火。守护那处光的人独自生活在岛上，她知道外来者总会带来占有、开采和争斗，便把光源视为必须隐藏的核心。克劳迪娅怀着双生子漂到岛边时，她替克劳迪娅接生，又杀死了这位母亲，把两个孩子留在自己身边抚养。雅各布和他的兄弟在孤岛上长大，听从养母关于海那边和人类世界的谎言，也在游戏、奔跑和互相试探中形成了日后漫长冲突的最初形状。
两个孩子很早就显出差异。雅各布沉默、笨拙、愿意相信养母给出的秩序；他的兄弟聪明、敏锐、总能从细节里发现隐瞒。克劳迪娅的幽灵出现在兄弟面前，告诉他来自海上，外面还有别的世界。兄弟循着真相找到船难幸存者的营地，也看见人群可以组织、制造、寻找离开的办法。他离开养母和雅各布，加入那些外来者，在多年之后发现岛下的电磁力量可以被引导。他命人挖井，准备用石轮接入地下能量，让自己离开这座被禁令包围的岛。
养母发现井和轮后摧毁营地，杀死跟随兄弟的人，又把守护光源的责任交给雅各布。兄弟愤怒回到洞穴，刺死养母；雅各布追上他，把他拖到光源入口，推入那片被反复警告不得进入的水与光。兄弟的身体被水流吐出，黑色烟雾从光中冲出，带着他的记忆、怨恨和离岛欲望留在孤岛。雅各布从此守着光，黑衣人被困在岛上，兄弟之间的私人悲剧变成一套漫长规则：黑衣人不能直接杀死雅各布，只能寻找漏洞；雅各布不能证明人类一定会选择善，只能把人一次次带到岛上，让他们在恐惧、诱惑和自由选择中暴露本性。
黑石号、理查德与“他者”的形成
十九世纪，一艘名为黑石号的船在风暴中被卷向孤岛。理查德·阿尔珀特原本只是特内里费岛上的穷人，他为了给病妻伊莎贝拉求药，误杀医生，被判处绞刑，又被卖到船上做奴隶。风暴把黑石号抛入岛内，巨船撞断海岸边的石像，奴隶被锁在舱中，船员和幸存者陷入混乱。黑烟进入船舱，杀死大多数人，又留下理查德，让他在饥渴、尸体和锁链中等待。
黑衣人化作伊莎贝拉的形象接近理查德，让他相信自己已经落入地狱，也让他以为雅各布就是夺走妻子的恶魔。理查德带着黑衣人给他的刀前往石像脚下，却被雅各布击倒。雅各布把他拖入海水，让他重新感到呼吸和死亡的真实，再把岛上的处境告诉他：黑衣人被困在这里，一旦离开，岛下的黑暗会随他进入世界。理查德没有得到让妻子复活的机会，便向雅各布要求永生，因为他害怕死后仍要面对罪责和失去。
雅各布接受了这个要求，让理查德成为自己与后来者之间的中介。理查德把白石带回黑衣人面前，宣告自己已经站到雅各布一边。此后数十年，雅各布继续把人引向岛屿，理查德在不同群体之间维持隐秘秩序。岛上的居民逐渐形成后来被外人称为“他者”的共同体，他们住在丛林、神庙和旧建筑之间，接受雅各布的名单、命令与试炼，也围绕黑烟建立恐惧、禁忌和防线。理查德永远保持年轻，他见证一代代首领更替，却始终不能代替雅各布作出最终选择。
达摩计划进入孤岛
二十世纪，外部世界开始以科学名义触碰孤岛。达摩计划把研究人员、工程师、医生和家属送到这里，在岛上建立营房、道路、码头和一系列工作站。他们把岛屿分解成电磁学、动物学、心理学、气象、医学和社会实验，试图把那些古老禁令变成可测量、可记录、可利用的数据。天鹅站、珍珠站、兰花站、九头蛇站、火焰站、医疗站和水下镜站陆续运转，录像带和操作规程给每个新成员安排任务，也把真正危险的部分藏在冷冰冰的技术语言里。
达摩计划触及了岛屿最不稳定的力量。兰花站接近地下能量与冻结转轮所在的深处，实验让物体和生命出现时间偏移；九头蛇站关押动物，极地熊被用于电磁研究，后来成为岛上突兀而残酷的痕迹；天鹅站所在区域埋着强烈能量，施工队在地下钻探时把它释放出来。1977 年，来自未来的幸存者已经被时间移动带回达摩年代，他们在营房里伪装成工作人员，也逐渐发现自己参与的事件会成为他们未来逃不开的过去。
杰克相信引爆“朱格海德”氢弹可以阻止能量事故，从而阻止多年后的坠机。凯特、索耶、朱丽叶、赫利、金、迈尔斯在犹豫和冲突中被拖入同一处工地。达摩钻机击穿能量层，金属被吸入井口，链条和设备在空气中狂甩，朱丽叶被卷入深坑。她在井底重伤醒来，最后用石头一次次敲击未爆的弹芯。爆炸的白光吞没工地，天鹅站的灾难被固定进历史：达摩计划随后以混凝土和隔离规程封住能量泄漏，留下每一百零八分钟输入一次数字的按钮，也留下日后牵引 815 航班坠落的根源。
本·莱纳斯与清洗之日
本杰明·莱纳斯以孩子身份随父亲罗杰来到达摩营房。罗杰在岛上做粗活，把丧妻的怨恨和失意压到儿子身上，本在生日、工作车和营房日常里感到自己被父亲归咎为母亲死亡的原因。他看见亡母的幻影，也在丛林边缘听见理查德的召唤。一次出逃让他接近“他者”的世界，他向理查德表达加入的愿望，却被告知必须耐心等待。
1977 年，从未来回到达摩时代的赛义德把少年本误认为未来危险的根源，开枪击中他。凯特和索耶为了救他，把他带到“他者”那里。理查德将他带入神庙，借岛上的力量救回他的命，也让他失去一部分原来的自己。少年本回到达摩营房后继续生活在父亲和组织之中，表面服从，内心已经被另一套秩序吸收。他开始懂得隐忍、伪装和等待，也学会把伤害转化为控制。
多年以后，本参加了对达摩计划的清洗。他和“他者”用毒气杀死营房里的研究人员，本亲手在车中杀死罗杰，把父亲的尸体留在山坡上。达摩计划的标志仍然遍布岛上，食物、录像和地下设施继续残存，真正的组织已经灭亡。“他者”接管营房，本逐渐取代查尔斯·威德莫尔成为领袖。他对外声称服从雅各布，实际把雅各布的缺席、理查德的中介和岛上的恐惧都变成自己的权力工具。达摩计划留下的科技设施与“他者”的古老信仰重叠在一起，孤岛从此由两套遗产共同支配：一套相信科学可以测量奇迹，一套相信名单、规则和神秘意志可以筛选人类。
卢梭、按钮与 815 航班坠落
1988 年，丹妮尔·卢梭和她的科考队收到数字广播，改变航向后漂到孤岛。黑烟在前往无线电塔的途中袭击队伍，拖走蒙唐，把其余队员引向神庙下方。幸存者回来后性情变得危险，卢梭怀孕、恐惧、孤立，最终亲手杀死同伴，以免他们继续受岛上力量支配。她生下女儿亚历克斯，却很快被本和“他者”夺走。卢梭在丛林里独自生活十六年，把原本的数字广播改成求救讯息，用陷阱、步枪和记忆守着自己失去的一切。
德斯蒙德·休姆后来因航海比赛漂到岛上，被凯尔文·英曼带入天鹅站。凯尔文告诉他必须每一百零八分钟输入数字，否则世界会出现灾难。德斯蒙德在地下空间里按键、注射、听录像、记录日子，把自己的生命交给一台电脑和一个倒计时。他以为外面的世界已经无法回去，也以为凯尔文和自己一样被困。直到他发现凯尔文一直修理帆船，准备独自离开，追逐中意外杀死对方，来不及回到电脑前输入数字。
2004 年 9 月 22 日，天鹅站能量失控，电磁脉冲穿透天空。澳洲飞往洛杉矶的海洋航空 815 航班被拉向孤岛，在空中断裂，机身、尾段和驾驶舱落入不同地点。杰克·谢泼德在竹林里醒来，冲向海滩救人；凯特、查理、洛克、索耶、赛义德、赫利、克莱尔、金、孙、迈克尔、沃尔特、波恩、香农等幸存者从火焰、残骸和尖叫中重新组织生命。外界以为他们消失在海上，岛屿却把这些带着创伤、罪责、愿望和未完成关系的人纳入了雅各布漫长筛选的最后阶段。
海滩幸存者、舱门与第一次共同体
坠机后的最初日子里，幸存者以海滩为中心建立临时秩序。杰克用医生身份承担领袖位置，凯特在逃犯身份和求生行动之间来回，索耶用嘲讽和囤积保护自己，赛义德修复通信设备，赫利用幽默维持人群士气，金和孙在语言、婚姻和秘密中重新认识彼此。洛克在坠机后恢复行走能力，把孤岛视为给自己的召唤。他追踪野猪，带领波恩深入丛林，也最早把舱门当成岛屿正在交给他的使命。
幸存者不断撞见岛上旧秩序的残影。驾驶员被黑烟拖走，极地熊从丛林冲出，卢梭的求救讯息在无线电里循环十六年，黑石号停在内陆，舱门埋在地面之下。“他者”最初像传说一样逼近，他们偷袭、留下低语、夺走孩子，让幸存者明白岛上已有一套熟悉地形和规则的敌对组织。迈克尔为了让儿子沃尔特离开，组织木筏出海；木筏在夜里被“他者”的船截住，沃尔特被夺走，迈克尔、金、索耶被迫回到更深的冲突中。
舱门被打开后，幸存者进入天鹅站，看见德斯蒙德留下的生活痕迹和那台必须按时输入数字的电脑。杰克把按钮视为心理控制，洛克把按钮视为信仰试炼，两人的分歧让海滩共同体第一次围绕岛屿规则撕裂。尾段幸存者也从另一处海岸穿越丛林而来，安娜·露西亚、伯纳德、利比、埃科带着更残酷的遭遇加入营地。天鹅站成了食物、枪支、药品和信念的中心，也成了本·莱纳斯第一次真正进入幸存者内部的门。
本的囚局、背叛与天鹅站毁灭
本以“亨利·盖尔”的假身份被卢梭抓住，又被带到天鹅站囚禁。他在审讯、沉默和细小挑拨中观察杰克、洛克、赛义德和安娜·露西亚，逐渐找到每个人的裂缝。洛克想确认按钮的意义，本便暗示他整套制度只是实验；杰克想控制局势，本便让他面对自己无法完全掌握的信息；迈克尔想救回沃尔特，本便用父子之情向他开出交易。幸存者以为关住了敌人领袖，本却已经把他们的恐惧和欲望串成逃脱路线。
迈克尔按本的交易杀死安娜·露西亚和利比，放走本，再把杰克、凯特、索耶、赫利带入“他者”的陷阱。他得到船和沃尔特，离开岛屿，却把幸存者的信任彻底撕裂。另一边，洛克带着埃科进入珍珠站，看见监控录像和实验痕迹，开始怀疑按钮只是达摩计划的骗局。他阻止德斯蒙德输入数字，天鹅站倒计时归零，金属和光再次失控。德斯蒙德终于理解自己当年延误输入导致了 815 坠机，便转动安全钥匙，释放能量，把天鹅站毁成白光和废墟。
天鹅站爆发后，岛屿被外界短暂捕捉到。佩妮·威德莫尔派出的监听人员发现异常信号，查尔斯·威德莫尔也重新看见进入孤岛的机会。德斯蒙德从爆炸中活下来，却开始经历时间意识的断裂，看见查理将死的未来片段。按钮的毁灭结束了达摩计划最关键的日常机制，也把孤岛从隐藏状态推向外部势力的视野。幸存者从此不再只是被困者，他们成了威德莫尔、本、“他者”、雅各布和黑衣人之间争夺的活棋。
九头蛇岛、镜站与求救信号
杰克、凯特和索耶被带到九头蛇岛，关进达摩计划旧动物笼。索耶和凯特在囚禁中互相依靠，杰克被迫为本做脊椎手术。朱丽叶原本是被“他者”招募来的生育医生，她为了研究岛上孕妇死亡的问题离开外界，却被本困在岛上多年。她对本的控制心怀怨恨，又看见幸存者身上有离开的可能。杰克在手术台上用本的性命换取凯特和索耶逃跑，朱丽叶随后逐渐脱离“他者”，进入海滩阵营。
洛克在此时向岛屿的神秘一面越走越深。他相信自己与岛有特殊关系，炸毁本用于离岛的潜艇，切断杰克等人通过“他者”设施回家的机会。他进入雅各布小屋，听见求助的声音，看见本对雅各布之名的利用，也被本开枪丢进达摩尸坑。本害怕洛克真正获得岛的认可，因为洛克能直接听见那些本只能伪造的召唤。洛克从尸坑中活下来，他的信仰因此更加坚硬，也让黑衣人日后拥有了最可利用的外壳。
海滩幸存者终于联系到来自外部的娜奥米。杰克认为救援近在眼前，本和洛克则警告那艘船会带来毁灭。德斯蒙德的预见一次次显示查理将死，查理最终自愿潜入水下镜站，关闭干扰通信的设备。他在舱内收到佩妮的信号，得知外面的船并非佩妮派来；米哈伊尔引爆手雷，水涌入舱室，查理把“不是佩妮的船”写在手上给德斯蒙德看，随后溺亡。杰克仍然用卫星电话呼叫货船，救援通道被打开，岛屿也迎来了更直接的入侵。
货船战争、海洋六人与孤岛移动
货船上的人分裂成两种目的。丹尼尔·法拉第、夏洛特、迈尔斯和弗兰克·拉皮杜斯带着研究、寻找和驾驶任务来到岛上，他们知道岛屿周围存在时间差和航向异常，也各自背负与威德莫尔有关的秘密。马丁·基米率领的雇佣兵则带着更冷酷的目标，他们要抓住本，必要时杀死岛上所有阻碍者。卢梭和卡尔在埋伏中被杀，亚历克斯被基米押到营房外。本以为对方仍会遵守某种交易规则，拒绝出门投降；基米当着他的面枪杀亚历克斯，本第一次看见自己的操控无法保住女儿。
本释放黑烟攻击雇佣兵，又带幸存者前往兰花站。货船上安装了与基米生命体征相连的炸弹，只要基米死亡，船就会爆炸。迈克尔以“凯文·约翰逊”的身份回到货船，试图用最后行动偿还自己的背叛；金、孙、德斯蒙德和其他人被困在撤离混乱中。本在兰花站杀死基米，货船炸弹随即启动。迈克尔压住冷冻装置延迟爆炸，让一部分人逃离；金留在船上，孙在直升机上看着爆炸吞没丈夫，痛苦变成日后返回岛屿的重要驱动力。
本进入兰花站深处，转动冻结转轮，把孤岛从外部定位中移走。岛屿移动时，海面上的直升机失去落点，杰克、凯特、赫利、赛义德、孙、亚伦、德斯蒙德和弗兰克坠海后被佩妮救起。为了保护岛上留下的人，他们接受隐瞒真相的方案，让外界相信只有“海洋六人”从坠机中生还。杰克以英雄身份回到文明社会，凯特抚养克莱尔的孩子亚伦，赫利被幽灵和罪疚逼入精神病院，赛义德成为本的杀手，孙用财富和复仇意志接近威德莫尔。他们逃离了岛，却把真正经历锁在谎言里，生活因此逐渐崩坏。
时间跳跃、达摩年代与雅各布之死
本转动转轮后，留在岛上的人被抛入时间裂缝。索耶、朱丽叶、金、迈尔斯、夏洛特、丹尼尔和洛克在不同年代间闪回，身体在每次白光中被拖向新的岛屿状态。他们看见过去的卢梭队伍、尚未坠落的黑石号痕迹、正在修建的达摩设施，也看见理查德在不同时代保持同一张脸。夏洛特因时间错位死亡，丹尼尔意识到只有停止岛屿跳跃才能让幸存者活下去。洛克接受自己必须离岛带回海洋六人的任务，最后转动转轮离开，却被抛入外部世界。
洛克以“杰里米·边沁”的假名拜访海洋六人，试图说服他们回去。没有人真正相信他，杰克已经沉入药物和悔恨，凯特守着亚伦，孙只想找回金，赫利恐惧岛上的幽灵，赛义德拒绝再被本利用。洛克失败后准备自尽，本赶来阻止，从他口中套出埃洛伊丝·霍金的名字，又亲手勒死他。洛克的尸体被放上阿吉拉 316 航班，杰克、凯特、赫利、赛义德、孙、本、弗兰克等人借助神灯站计算出的窗口返回岛屿。航班落到九头蛇岛时，洛克也“醒来”了，只是那具行走的身体已经成为黑衣人的伪装。
部分返回者被送到 1977 年，加入索耶等人在达摩营房中的生活；另一部分留在 2007 年，卷入雅各布与黑衣人的最后局面。1977 年，索耶以“拉弗勒”的身份维持三年安稳，朱丽叶和他建立家庭般的关系，金在达摩巡逻中寻找失踪者，迈尔斯在父亲皮埃尔·张身边压抑复杂情感。杰克等人的到来打破这段伪装生活，丹尼尔返回后被母亲埃洛伊丝亲手射杀，杰克转而相信引爆氢弹可以改写一切。2007 年，黑衣人借洛克面貌操纵本和理查德，带本进入石像脚下。多年被雅各布忽视的怨恨在本心中爆发，他刺死雅各布，黑衣人把寻找了几千年的漏洞终于变成现实。
神庙崩塌、候选人之战与黑衣人的出逃计划
氢弹白光之后，1977 年的幸存者回到 2007 年。朱丽叶死在索耶怀里，索耶把失去归咎于杰克，杰克则被自己无法改写过去的事实压住。幸存者前往神庙，那里由道根和“他者”残余守护。赛义德在泉水中复活，却被判定心中出现黑暗；克莱尔多年受黑衣人影响，在丛林中孤立生存，把所有夺走亚伦的人都视作敌人。黑衣人杀死道根后，神庙防线失效，黑烟冲入庭院，许多“他者”被屠杀，愿意跟随黑衣人的人离开神庙，岛上的旧宗教秩序彻底崩塌。
雅各布死后以幽灵形态继续推动最后几名候选人。他在灯塔、洞穴和灰烬边缘留下名字，杰克、赫利、索耶、赛义德、金、孙等人逐渐明白自己被带到岛上并非偶然。雅各布曾在他们人生低谷中触碰他们，把他们从破碎家庭、罪案、病痛、债务、孤独和失败中牵向同一个航班。他没有替他们选择命运，却把他们置于能够选择的地点。黑衣人也利用同一组创伤，向每个人承诺离开、团聚或解脱。他的目标是杀死所有候选人，借规则漏洞让他们互相毁灭，再乘坐阿吉拉飞机离开岛屿。
威德莫尔带着团队和德斯蒙德回到岛上。德斯蒙德因天鹅站爆炸后拥有承受电磁能量的特殊体质，被威德莫尔视为进入岛心的关键。黑衣人夺走德斯蒙德，把他当成拔除岛屿核心的工具。与此同时，候选人登上威德莫尔潜艇准备逃离，黑衣人在杰克的背包里放入炸弹。杰克看出黑衣人不能直接杀他们，认为只要不碰炸弹就不会爆炸；索耶在恐惧中拔线，倒计时启动。赛义德抓起炸弹冲向远处，以自己的死换取片刻生机；金和孙被困在漏水舱室，金放弃逃生，握着孙的手一起沉入海中。候选人数量被血腥压缩，杰克、凯特、索耶、赫利等人带着新的死亡继续走向岛心。
杰克继承守护者与孤岛终局
雅各布在火边向最后的幸存者讲清自己把他们带来的原因。他承认自己造成了许多痛苦，也承认守护者的位置需要有人自愿接过。索耶、凯特和赫利都被命运折磨到疲惫，杰克却在所有失败之后第一次主动接受一件无法用外科手术控制的使命。他喝下雅各布递来的水，成为新的守护者。这个选择让杰克从最初那个只相信修复伤口的医生，变成愿意用自己的生命维护岛心的人。
黑衣人带着德斯蒙德进入光源洞穴。德斯蒙德以为那里会把他送到另一个更安宁的世界，便进入水流，拔出石塞。光熄灭，河道干涸，岛屿开始震动、裂开、下沉，黑衣人也失去烟雾与不死能力，变成会流血的洛克形体。杰克追上他，在悬崖和暴雨中搏斗。黑衣人刺伤杰克，准备乘船离开；凯特开枪击中他，杰克把他踢下悬崖。困住岛屿数千年的兄弟战争至此结束，黑烟再也不能以亡者面貌操纵活人。
杰克带着重伤回到洞穴，让赫利接任守护者。赫利原本害怕自己的善意不足以承担岛屿，却在杰克倒下时接住责任。本成为他的助手，那个曾经用谎言和恐惧控制岛屿的人第一次被邀请用经验服务另一种更温和的秩序。杰克进入洞穴，把石塞重新推回原位，水流恢复，光再次充满地下。他被能量推出洞外，跌回竹林。另一边，弗兰克修好阿吉拉飞机，凯特、索耶、克莱尔、迈尔斯、理查德与弗兰克飞离岛屿。克莱尔带着多年疯癫和母亲身份的裂口重返外界，索耶和凯特带着死者记忆离开，理查德终于开始变老。杰克在竹林里看见飞机越过天空，文森特躺到他身边，他在最初醒来的地方闭上眼睛。
相聚之地与最后的放下
在死亡之后，幸存者们共同抵达一个看似平行的人生空间。杰克仍是医生，却有一个儿子；凯特仍在逃亡，却逐渐被熟悉的牵引拉回；洛克坐在轮椅上，等待杰克替他手术；索耶成了警探，追查与自己过去相似的骗局；赫利拥有幸运和财富，本在学校里守着亚历克斯和卢梭的另一种生活；金和孙重新经历相爱与危险；查理、克莱尔、德斯蒙德、朱丽叶、赛义德、香农、伯恩等人也在不同身份中靠近彼此。这个世界没有海滩求生的日常，却保留着每个人最需要完成的情感缺口。
德斯蒙德最早推动众人醒来。他让查理接触克莱尔，让赫利找回利比，让赛义德遇见香农，让索耶和朱丽叶在自动售货机旁重新触到彼此的记忆。每一次相认都伴随岛上真实经历的回流：坠机、按钮、火焰、拥抱、牺牲、死亡、重逢。洛克在手术后重新行走，也原谅本曾经杀死自己的罪。本留在教堂外，没有立即进入最后的光；他还需要陪伴亚历克斯和卢梭，处理自己漫长生命中的亏欠。那些已经准备好的人则聚到杰克父亲克里斯蒂安的灵柩旁，等待杰克完成最后一次醒悟。
杰克触摸父亲的棺材，记起自己已经死去，也记起岛上的一切都真实发生过。克里斯蒂安告诉他，每个人都会死，只是有人早于他，有人晚于他；这些人在岛上共同经历的生命最重要，所以他们在这里相聚，然后继续前行。教堂门打开，光涌入，人们在彼此身旁放下恐惧、罪责和执念。孤岛留在赫利和本手中，外界带走了仍活着的人，死者在相聚之地完成告别。达摩计划的按钮、黑石号的锁链、“他者”的名单、黑烟的漏洞、海洋六人的谎言和候选人的牺牲，都收束到同一个终局：孤岛的光仍被守住，离开与留下的人都在各自的时间里走完了自己的路。