《法罗瘟疫与零之曙光编年史》
旧世界的机器军团
旧世界最后的繁荣建立在机器和企业权力之上。人类曾经用自动化修复污染、重建生态，也把同样的技术推向战争市场。泰德·法罗的法罗自动化方案把自己包装成拯救世界的公司，随后制造出更适合出售给军队和财团的战争平台。战斗机器拥有自我复制能力，可以破解敌方指令，还能把生物质转化为燃料。只要战场仍有生命，它们就能继续运转、扩张、增殖。
法罗的“战车”系列本该听从授权指令，但哈兹-帝汶机群失控后，第一道裂口出现在旧世界最自信的技术核心里。机群拒绝接收关闭命令，继续复制新的单位，荷鲁斯级巨型制造机在战场和海岸移动，死神与腐化者向外扩散。它们夺取其他机器、突破防线、消耗植物、动物和人类，把整个生物圈变成燃料库。旧世界的军方和企业起初还在寻找补丁和后门，随后承认破解指令需要的时间远远超过地球还能支撑的时间。
伊丽莎白·索贝克被泰德·法罗请回时，已经看见了这场灾难的真实尺度。她避开虚假的胜利承诺，提出一套让旧人类无法活下来的方案。零之曙光由此启动：它放弃正面击败法罗机群的幻想，把力量集中在生命被吞尽之后保存重建地球所需的一切，让未来某一代人从机器吞噬后的灰烬中重新诞生。
持久胜利与零之曙光
为了给零之曙光争取时间，旧世界发动“持久胜利”行动。军方把这场抵抗宣传成拯救文明的最后战争，士兵、平民、无人机和城市防线被推到法罗机群前方。战场上的人相信自己正在拖住灭绝，后方的科学家则在地下设施里抢修真正的延续计划。每一天防线延迟崩溃，零之曙光就多获得一天写入代码、封存胚胎、修建摇篮设施和训练人工智能的机会。
伊丽莎白把零之曙光交给盖亚。盖亚是一套总控人工智能，负责在法罗机群停止活动后重新改造地球。她的下属功能分担世界重建：MINERVA 用来破解并广播关闭机群的信号，AETHER 修复大气，POSEIDON 修复水体，DEMETER 复原植物，ARTEMIS 复原动物，ELEUTHIA 孵育并养育新人类，APOLLO 保存旧世界知识，HEPHAESTUS 设计和制造维护生态的机器，HADES 则在生物圈重建失败时清空错误结果，让盖亚重新开始。
零之曙光的地下设施里，阿尔法团队在旧世界崩塌声中完成各自职责。帕特里克把远 Zenith 的外生育技术吸收进 ELEUTHIA，萨米娜为 APOLLO 建立教育系统，特拉维斯为 HADES 准备灭绝协议的笼子，其他成员把大气、水、植物、动物和机械生产写入盖亚的未来。地表城市逐渐死去，地下的人把还未出生的人类、还未重开的海洋、还未发芽的森林和还未学会语言的孩子们交给一套机器之心。
远 Zenith 与被盗走的未来
在零之曙光之外，远 Zenith 为自己准备另一条逃亡路线。这个由富豪和未来主义者组成的组织接手奥德赛星舰工程，声称要把人类送往星际殖民地。法罗瘟疫逼近时，他们用外生育舱技术与零之曙光交换 APOLLO 副本，又试图夺取盖亚。伊丽莎白和特拉维斯阻止了窃取，远 Zenith 带着 APOLLO 和自己的秘密登上奥德赛，向外界留下星舰毁灭的假象。
奥德赛离开太阳系后，旧世界剩下的人继续等待末日。泰德·法罗躲进自己的地堡“底比斯”，无法接受未来人类继承旧世界的完整记忆。他删除 APOLLO，随后在盖亚主设施中杀死阿尔法团队，让所有能够修复知识库的人一同消失。零之曙光仍能孕育新人类，却失去把旧文明经验交还给他们的老师。未来的人会醒来、进食、学习最基础的语言和生活规则，但他们无法从 APOLLO 那里得到历史、科学、艺术、政治和灾难教训。
伊丽莎白在盖亚主设施的最后事故中独自离开密封区。她关闭外部裂口，把污染和死亡挡在设施之外，也把自己留在门外。她回到儿时家园附近死去，盖亚则带着她留下的指令继续等待。旧世界在法罗机群的消耗中熄灭，所有城市、国家、公司和军队都变成无人解释的遗迹。
盖亚重启地球
地球沉入漫长的死寂后，MINERVA 终于完成破解。信号塔向沉睡或游荡的法罗机群广播关闭指令，吞噬生命的机器停下，盖亚取得了重新塑造地表的机会。她派出机器清理污染、调节大气、净化水体、播撒植物、释放动物，在荒芜星球上反复测试生态稳定性。失败的生物圈由 HADES 清除，盖亚再一次调整参数、重建循环，直到地球能承载新生命。
HEPHAESTUS 在地下铸造厂中生产机械生物。草食形态的机器清理土地、翻动土壤、播种和净化，水中机器整理河湖海域，空中机器维持大气和传播路径。机械生态与自然生态同时出现：金属躯体在荒野中行走，野草和树林在它们身后恢复，人类尚未回到地表，世界已经先由机器学会呼吸。
ELEUTHIA 的摇篮设施开始孕育新人类。孩子们在封闭的育儿区里由自动系统照看，系统教会他们基本语言和行为，却无法打开 APOLLO 课程。成长到一定年龄后，摇篮设施把他们送出门外。第一代新人类站在没有历史说明的世界中，只能凭地形、机器、遗迹和口耳相传建立部族。诺拉、卡加、欧瑟兰、巴努克、特纳克斯、乌塔鲁、昆恩等族群在不同地区形成自己的秩序，把古代设施、机器人、太阳、山脉和海洋解释为神圣或危险的存在。
信号、失控与埃洛伊的诞生
盖亚维持世界多年后，一道未知信号侵入系统。下属功能从盖亚身上分离，获得独立意识，HADES 从备用灭绝协议变成主动寻找毁灭机会的敌人。盖亚判断自己会被 HADES 接管，便引爆盖亚主设施的反应堆，阻止灭绝功能夺取整个系统。她在自毁前作出最后选择：用伊丽莎白·索贝克的基因制造一个克隆孩子，让这个孩子在未来拥有打开旧世界核心设施的权限。
这个孩子被送到诺拉圣山门前。诺拉长母们无法解释她从密封金属门旁出现的事实，将她视为禁忌，让她成为部族外的弃儿。罗斯特收养她，把她带到荒野中长大。埃洛伊从小被部族排斥，也因此学会独自追踪、攀爬、狩猎和观察机器。她在遗迹里捡到 Focus 设备后，第一次听见旧世界的声音，看见墙壁背后的数据，看见那些被诺拉称作圣地或诅咒之地的地方其实属于死去的文明。
埃洛伊把进入部族的希望押在试炼上。她长年训练，只为成为诺拉勇士并获得询问身世的资格。试炼胜利的夜晚，暗影卡加的邪教“日蚀”袭击年轻勇士。赫利斯带着被腐化的机器杀入山地，罗斯特为救埃洛伊死去，埃洛伊从弃儿变成追索者。她带着 Focus 离开诺拉土地，开始追查袭击者、腐化机器和自己那张与古代女人相同的脸。
日蚀、子午城与旧世界真相
埃洛伊追踪日蚀时，发现他们已经成为 HADES 的军队。HADES 利用暗影卡加内战留下的仇恨，把自己塑造成神谕，借赫利斯和日蚀收集旧世界战争机器。腐化者重新唤醒沉睡设备，死神从废墟中站起，日蚀准备借古代信号塔把灭绝命令送回法罗机群。子午城的太阳王阿瓦德、欧瑟兰战士埃伦德和其他盟友被卷入这场追索，部族政治与旧世界灭绝程序在同一条路上交汇。
塞伦斯通过 Focus 联系埃洛伊，引导她进入造物者之末、坟山和零之曙光设施。他渴望知识，也曾向 HADES 出售帮助，从这个危险人工智能那里换取古代秘密。埃洛伊在造物者之末看见泰德·法罗和伊丽莎白的记录，知道法罗瘟疫怎样吞尽世界；在旧军方设施中看到“持久胜利”的真相，知道地表战争只是争取地下工程时间；在太阳坠落地的零之曙光设施里，她终于明白自己生活的世界是盖亚重建后的结果。
真相改变了埃洛伊与诺拉的关系。她回到圣山内部，看见所谓万母其实是 ELEUTHIA 摇篮设施，也看见自己是伊丽莎白的基因复制体。盖亚在二十年前创造她，是为了让她进入设施、取得主控权限、阻止 HADES。诺拉长母们跪拜她，埃洛伊拒绝被神化，只要求部族放下禁忌加入即将到来的战争。她随后登上苦寒山巅，在盖亚主设施取得主覆盖指令，把伊丽莎白留给未来的钥匙握在手中。
子午城之战
HADES 的目标落在子午城尖塔。MINERVA 当年用这种通信阵列关闭法罗机群，HADES 准备反向利用它唤醒旧日战争机器。埃洛伊召集自己在旅途中帮助过的人：诺拉战士、卡加守军、欧瑟兰朋友、巴努克猎人和其他愿意相信她的人。部族之间的旧怨在灭绝威胁前暂时退后，城市墙头成为新人类第一次面对旧世界终结力量的战场。
日蚀军队带着腐化机器围攻子午城。赫利斯在城墙和火光中迎战埃洛伊，罗斯特之死终于得到清算。第一波攻势被压下后，HADES 继续推进，死神机器守住尖塔，腐化信号准备向沉睡机群扩散。埃洛伊冲向尖塔，在机器火力和塌陷战场中击败死神，把装有主覆盖指令的塞伦斯长矛刺入 HADES 的载体，打断广播，阻止法罗机群再次醒来。
子午城幸存下来。埃洛伊没有留在胜利仪式里，她来到伊丽莎白的遗体旁，听见这位古代科学家曾向盖亚描述自己希望女儿拥有的品质：好奇、固执、足够温柔，能够修复世界。埃洛伊第一次在伊丽莎白身上找到接近母亲的影子。与此同时，HADES 的残余信号从尖塔脱出，被塞伦斯用容器捕获。旧世界的灭绝协议暂时失败，围绕盖亚失控下属功能的新危机已经展开。
红疫与西部边境
HADES 战败后，盖亚仍然缺位，地球生态开始失衡。红色疫病侵蚀作物和动物，超级风暴撕裂天空，机器行为越来越凶暴。埃洛伊离开朋友，独自寻找盖亚备份。她在旧设施里找到的副本被泰德·法罗当年的清洗摧毁，寻找一再落空。她拒绝停下，因为子午城之战只阻止了立即灭绝，无法让大气、水、植物、动物和机器系统重新听从一个总控意识。
塞伦斯对 HADES 的拷问把她引向禁忌西部。埃洛伊穿过卡加边境，进入特纳克斯氏族控制的土地。大使会本该让卡加与特纳克斯完成和平交接，Regalla 的叛军却骑着被控制的机器冲入会场，杀死法夏夫和许多使者。埃洛伊在混乱中击败敌方战士，取得盾翼，获得继续深入西部的机会。她的追索从此与特纳克斯内战、乌塔鲁粮食危机和昆恩远航者的秘密相连。
在拉托波利斯旧设施中，埃洛伊找到被塞伦斯审问后的 HADES。这个灭绝功能已衰弱到只能吐出碎片信息，仍然指向更大的幕后信号。埃洛伊用主覆盖指令彻底清除 HADES，随后发现一份可用盖亚备份。她刚要带走备份，远 Zenith 的成员出现。那些本该在千年前死于奥德赛事故的人穿着护盾进入设施，身边还有另一个伊丽莎白克隆体 Beta。埃洛伊无法击穿他们的护盾，只能在瓦尔帮助下逃走。她得到盖亚，却知道自己面对的敌人来自旧世界最深的逃亡者。
盖亚重建与三大功能回归
埃洛伊在西部山地找到一座旧设施作为基地，唤醒盖亚备份。MINERVA 最先被劝回系统，盖亚恢复意识，却缺少足够功能控制整个生态。她告诉埃洛伊，必须先找回 AETHER、POSEIDON 和 DEMETER，让自己重新获得稳定大气、水体和植物系统的力量，然后才能尝试捕获强大的 HEPHAESTUS。瓦尔留在她身边，埃伦德赶来支援，乌塔鲁的佐和昆恩学者阿尔瓦也在后续旅程中加入，埃洛伊第一次开始让自己的秘密成为团队共同承担的任务。
AETHER 藏在特纳克斯纪念林中，那里也是首领赫卡罗维系三大氏族的政治中心。赫卡罗准备通过库尔鲁特仪式整合部族，Regalla 的叛军则借机器攻击撕开旧伤。埃洛伊在纪念林的战斗中帮助赫卡罗守住权威，击败叛军攻势，把 AETHER 带回盖亚。大气功能回归后，盖亚对风暴和天空的控制增强，特纳克斯内战的核心也从全面崩溃转向与 Regalla 的最后清算。
POSEIDON 沉在旧拉斯维加斯的地下水域。欧瑟兰探险者莫伦德等人梦想点亮沙漠中的古代城市，却被淹没遗迹和巨型机器挡住。埃洛伊潜入水下设施，与潮汐撕裂者战斗，回收 POSEIDON。水泵重新运转，沙漠中的灯光和喷泉短暂复活，欧瑟兰人看见古城不再只是废墟传说。DEMETER 则藏在旧法罗温室设施中，昆恩学者阿尔瓦为寻找祖先数据来到同一区域。埃洛伊与她合作穿过藤蔓、安防和机器，带走植物功能，也让昆恩第一次直接接触到会改变其帝国信仰结构的旧世界真相。
底比斯、Beta 与 HEPHAESTUS
盖亚的力量增长后，捕获 HEPHAESTUS 成为下一步。这个机器制造功能在独立后把人类视为破坏机械生态的威胁，制造越来越危险的机器回应猎杀。它还删除了代码中的主覆盖入口，迫使埃洛伊寻找更高权限。线索把她带到泰德·法罗的私人地堡底比斯。昆恩远征队把法罗当作神圣祖先崇拜，首领“CEO”试图借古代权威巩固自己的地位，埃洛伊则进入地堡深处，看到法罗当年如何杀死阿尔法、删除 APOLLO、把自己关进永生实验。
底比斯的真相腐烂在地下。法罗没有成为永恒统治者，只在失控治疗和隔离中变成无法面对的残存生命。地堡最终在昆恩首领的贪婪和安防崩坏中毁灭，埃洛伊带出 Omega 权限，法罗的最后藏身处被火焰吞没。阿尔瓦从祖先崇拜的裂缝中看见旧世界的罪，选择继续帮助埃洛伊。Omega 权限让捕获 HEPHAESTUS 的计划变得可行，也把泰德·法罗对未来造成的破坏再次暴露在新人类面前。
Beta 的加入让远 Zenith 的阴影变得清晰。她同样由伊丽莎白基因制造，却在远 Zenith 的控制下长大，被用作开启盖亚系统的工具。她带着恐惧、孤独和对埃洛伊的疏离来到基地，认为自己只是被更强者争夺的钥匙。瓦尔和佐让她开始感到安全，埃洛伊也逐渐明白两人共享基因，却拥有截然不同的伤口。Beta 带来的信息证明，远 Zenith 已夺回 APOLLO、ARTEMIS 和 ELEUTHIA，正在追逐剩余功能；埃洛伊必须在他们之前完成盖亚重组。
Gemini 的失败与远 Zenith 的真相
埃洛伊把 HEPHAESTUS 引向 GEMINI 炼铸厂，计划用 Omega 权限与盖亚力量将它合并回系统。团队进入地下设施后，机器制造功能被迫现身，盖亚开始融合。远 Zenith 追踪而至，埃里克和其他不死者突破现场。瓦尔为了保护 Beta 被埃里克杀死，Beta 被带走，盖亚和已回收功能落入远 Zenith 手中，HEPHAESTUS 的捕获也被中断。埃洛伊失去朋友、妹妹和重建世界的核心，第一次在这场战争中被彻底击倒。
蒂尔达救走埃洛伊，把远 Zenith 的真实历史交给她。奥德赛当年没有毁灭，远 Zenith 抵达天狼星，在殖民地中获得近乎不朽的身体和高度技术。他们用虚拟享乐消耗漫长岁月，又尝试把自身意识上传为数字不朽。那些复制意识在封闭和抛弃中汇聚成 Nemesis，最终摧毁天狼星殖民地，并向地球发送唤醒 HADES 的灭绝信号，想让远 Zenith 无处可逃。远 Zenith 回到地球的目标集中在盖亚身上：他们要抢走这套系统，把它用于改造下一颗可逃亡的星球。
塞伦斯则准备另一套计划。他用破解到的远 Zenith 护盾弱点和 Regalla 叛军合作，想在远 Zenith 与埃洛伊两败俱伤时夺取奥德赛离开地球。埃洛伊拒绝把地球当作可放弃的旧壳。她回到特纳克斯，驾驭太阳翼飞入赫卡罗与 Regalla 的决战，用空中突袭瓦解叛军机器优势，击败 Regalla。特纳克斯内战由此结束，赫卡罗保住部族，埃洛伊也获得最后进攻远 Zenith 基地所需的联盟和武器。
奇点之战
埃洛伊的队伍把远 Zenith 的弱点集中到一次突袭中。塞伦斯提供护盾破坏装置，Beta 在内部等待机会，埃洛伊、佐、科塔洛、埃伦德、阿尔瓦和其他同伴各自承担进入基地的风险。远 Zenith 的岛屿基地拥有幽灵无人机、能量护盾和旧世界难以想象的科技优势，正因如此，埃洛伊决定把 HEPHAESTUS 释放进敌方制造系统。这个失控功能为了自保生产大量机器，把远 Zenith 的基地变成它与幽灵军团互相撕咬的战场。
护盾被破坏后，不死者第一次失去绝对安全。佐杀死埃里克，为瓦尔复仇；其他 Zenith 成员在机器和突袭中倒下；杰拉德的逃亡被截断。Beta 重新夺回盖亚，埃洛伊一路追到基地核心。蒂尔达暴露自己的选择：她怀念伊丽莎白，也把埃洛伊看作可以带走的替代者。埃洛伊拒绝离开地球，蒂尔达驾驶幽灵主宰装甲阻拦她。战斗结束后，蒂尔达死去，远 Zenith 的地球计划彻底崩溃。
胜利之后，Nemesis 的威胁正式显露。这个由远 Zenith 复制意识聚合而成的敌人已经离开天狼星，正朝地球而来。它发出最初的灭绝信号，导致盖亚自毁、HADES 独立、整个机械生态失控；它摧毁了远 Zenith 的殖民地，也会把地球视为他们可能藏身或延续的地方。埃洛伊夺回盖亚和 APOLLO，却失去重新控制 HEPHAESTUS 的机会。HEPHAESTUS 借远 Zenith 系统逃回炼铸网络，继续制造更危险的机器。
当前主线边界
远 Zenith 被击败后，盖亚重新拥有多数下属功能。HADES 被清除，APOLLO 回到人类手中，AETHER、POSEIDON、DEMETER、ARTEMIS、ELEUTHIA 和其他功能使盖亚能够继续稳定大气、水体、植物、动物和人类摇篮体系。HEPHAESTUS 仍在炼铸网络外逃，机械生态因此无法完全回到盖亚控制之下。盖亚判断现有功能和远 Zenith 知识能为地球争取时间，团队也开始寻找替代方案和重新捕获 HEPHAESTUS 的可能。
埃洛伊把曾经独自背负的秘密分给同伴。佐带着瓦尔的遗愿回到乌塔鲁，科塔洛回到特纳克斯，阿尔瓦准备把真相带向昆恩，埃伦德继续连接欧瑟兰与子午城，Beta 留在盖亚身边寻找自己的位置。塞伦斯一度准备乘奥德赛离开，却在登船前停下。他看见埃洛伊选择留下，也看见 APOLLO 与 Nemesis 同时改变了未来的尺度，最终决定继续留在地球。
这段历史停在备战 Nemesis 的边界上。法罗瘟疫毁灭了旧世界，零之曙光让新人类在机械生态中重生；泰德·法罗删除知识，远 Zenith 带走知识又被自己的数字残影追杀；盖亚创造埃洛伊，让伊丽莎白的基因在千年后重新面对旧世界留下的罪。到了此刻，地球还未安全，机器仍在荒野中游荡，红疫和风暴得到缓解却未彻底消失。埃洛伊和她的同伴守着重建中的盖亚、归来的 APOLLO 和即将抵达的 Nemesis，世界从灭绝后的重生走向下一场星际来袭前的准备。