《黑山事件与联合军占领当前编年史》
黑山地下的传送实验
新墨西哥沙漠深处，黑山研究设施把国家、军方和科学机构的秘密工程埋进山体内部。那里的科学家研究高能物理、传送技术和来自 Xen 边境世界的异常物质，把危险样本送进反质量光谱仪，试图用受控实验打开通往异维度的通道。设施中的普通秩序建立在权限、安保、实验流程和庞大地下交通上，研究人员每天穿过升降机、轨道车和防护门，进入一层又一层被钢筋、混凝土和警卫隔开的实验区。
戈登·弗里曼来到异常物质实验室时，黑山已经在准备一次强度极高的测试。伊莱·凡斯和其他科学家对样本表现出不安，警告实验条件正在接近极限。G-Man 在这一历史节点投下了最关键的一块石头：他把用于实验的样本送到黑山，又在戈登进入测试室前向伊莱留下“准备面对不可预见的后果”的警告。那句话没有阻止实验，却让后来的一切都带上被提前安排过的阴影。
戈登穿上 HEV 防护服，进入反质量光谱仪核心。他把晶体样本推入光束时，设备失控，能量场撕开空间边界，Xen 的生物和黑山设施在混乱闪回中互相重叠。科学家被传送异常吞没，安保人员在走廊里被怪物撕开，实验室的防爆门和自动系统很快失去意义。共振级联从一间测试室扩散为整座设施的灾难，黑山从国家实验基地变成了地球和异维度之间的破口。
共振级联与设施崩塌
事故爆发后，戈登从废墟中醒来。他穿过破裂的走廊、塌陷的电梯井和布满猎头蟹的实验区，看到黑山内部秩序一层层瓦解。幸存科学家只能躲在控制室、储藏间和维护通道里，安保人员用手枪和霰弹枪守住临时阵地。每向外走一步，戈登都要在断电设备、失控实验、外星生物和崩塌结构中寻找通路。
军方随后进入黑山，最初的名义是控制局势，实际行动很快转向清除证据和灭口。HECU 部队在设施中布防，对外星生物开火，也对幸存研究人员开火。戈登在地下铁路、仓库和试验场之间躲避装甲车、直升机和士兵围堵，被迫从幸存者变成战斗者。黑山内部从科学事故升级为三方战争：Xen 生物不断涌入，军方压制所有目击者，戈登则在夹缝中寻找能够结束灾难的核心路径。
黑山的科学家逐渐把希望压到 Lambda 复合体。那里保留着对 Xen 的研究、传送设备和少数能够理解共振级联后果的人。戈登抵达 Lambda 之前，必须穿过被军方封锁的地面、被外星巢穴占据的设施和一系列濒临崩溃的实验区。他的行动改变了黑山幸存者的局面：分散的抵抗被他连接起来，原本只想逃命的科学家开始把他送向更深层的目标。
Lambda 复合体的幸存者告诉戈登，地球上的裂口受到 Xen 另一端力量的维持。只要那个源头仍在，黑山内部的传送风暴就会继续把怪物送进设施。科学家启动传送装置，把戈登送入 Xen。戈登离开地球时，黑山已经失去被封锁和修复的可能，设施中仍在战斗的人只能等待一场更大的清算落下。
Xen 战场与 G-Man 的收束
Xen 呈现为一组悬浮在虚空中的异界岛屿，与地球熟悉的行星形态完全不同。戈登穿过漂浮岩块、外星巢穴和诡异工厂，看到曾经闯入黑山的生物在这里有自己的生态和等级。那里充满逃亡和奴役的痕迹：弗地冈人被迫服从更高层的意志，巨大的异形工厂把生命和机械拧在一起，空间本身随时会把入侵者抛向深渊。
戈登在 Xen 的战斗把黑山事件推向源头。他击败巨型生物、穿过异形制造设施，最终进入尼赫伦斯所在的空间。尼赫伦斯用传送和精神攻击压制入侵者，把戈登一次次抛回战场，试图阻止他切断裂口。戈登凭借 HEV 防护服、武器和一路积累的战斗经验击穿它的防御，摧毁维持黑山裂口的核心敌人。
尼赫伦斯死亡后，黑山事件没有恢复原状。裂口的力量被改变，Xen 与地球之间的创口失去原本的控制结构。G-Man 在战斗结束后出现，把戈登带离 Xen。他用几乎礼貌的语气把戈登的生存解释成一次雇佣，把拒绝和接受都摆成单向选择。戈登被放入停滞状态，离开了正常时间流动。
黑山设施随后从地表历史中消失。那里留下了幸存者、被遮蔽的真相、散落的 Xen 生物，以及一个足以吸引更大外来力量的空间伤口。戈登以为自己完成了关闭灾难的任务，地球却已经被暴露在更强大的异维度帝国面前。黑山的爆炸性一天，成为后来人类文明崩塌的起点。
门户风暴与七小时战争
尼赫伦斯死后，地球没有得到喘息。门户风暴在世界各地爆发，Xen 生物通过撕裂的空间涌入城市、乡村和荒野。原本只属于黑山地下设施的灾变扩散到全球，人类政府和军队面对的局面已从单一事故扩展成无法预测位置、无法彻底封堵的跨维度入侵。城市交通、能源系统和社会秩序被不断出现的怪物冲击，普通人开始在避难、迁徙和恐慌中度日。
联合军正是沿着这些裂口找到了地球。这个跨维度帝国拥有远超人类的传送能力、合成军队和殖民技术。人类各国的军事力量在入侵面前迅速崩塌，战争持续不到一天就结束。七小时战争之后，地球投降，旧国家体系失去实质权力，联合军开始把整个星球改造成资源抽取、人口管控和生物改造的殖民地。
华莱士·布林在这场投降中取得了特殊位置。他原是黑山管理者，能够理解事故后的人类处境，也愿意代表地球向联合军交出主权。联合军需要一个可以用人类语言维持秩序的代理人，布林因此成为地球行政官。他通过广播向城市居民解释服从、进化和保存文明的必要性，同时把真正的权力交给联合军的城堡、警备系统和顾问。
占领改变了人类生活的每一层。幸存者被迁入编号城市，城市十七号成为联合军在地球上的核心据点之一。生育被压制，迁徙被控制，公民被配给、监视、审讯和重新编号。愿意合作的人进入民防系统，进一步接受改造成联合军士兵的路径；反抗者被送往审讯、实验和转化设施。黑山事件最终释放出一整套殖民秩序，局部灾难由此变成人类文明的长期囚笼。
城市十七号的反抗火种
城市十七号的街道被高墙、检查站、列车和扩音广播切割。联合军通过民防部队维持日常恐惧，通过城堡俯视整座城市，通过新星监狱处理反抗者和政治犯。普通市民被迫穿上统一服装，在公寓楼和车站之间排队、迁移、接受搜查。联合军的技术压在生活细节上：扫描器飞过窗外，警棍敲击门板，广播把布林的声音送进每个公共空间。
伊莱·凡斯、艾萨克·克莱纳、巴尼·卡尔霍恩和其他黑山幸存者没有被这套秩序完全吞没。他们在城市和废墟之间建立地下网络，保存传送研究，寻找能够突破联合军封锁的技术。伊莱的女儿艾莉克斯·凡斯在占领时代成长，她熟悉联合军巡逻、城市屋顶、废弃建筑和反抗组织的藏身方式。她和机械伙伴 Dog 一起行动，成为反抗组织中最可靠的侦察者和战斗者之一。
联合军对反抗组织的压迫不断升级。伊莱被抓捕后，艾莉克斯在拉塞尔的帮助下逃过追捕，进入城市十七号的隔离区。那里布满从 Xen 生态蔓延而来的污染，猎头蟹、藤壶和其他生物占据了废弃住宅、地铁与工业区。艾莉克斯原本只想救出父亲，却很快发现联合军正在隔离区上空维持一座巨大的保险库。联合军把极高能量消耗在悬浮设施上，说明里面关押着他们也恐惧的东西。
艾莉克斯沿着电缆、变电站和废墟深入隔离区。她破坏支撑保险库的能源网络，救出被囚禁的弗地冈人，也从他们的预言式话语中听到伊莱未来死亡的阴影。她截停押送伊莱的列车，把父亲从联合军手中抢回。伊莱在囚禁中得知保险库里关押着某个强大囚徒，联合军把庞大资源投入其中，正是因为它也畏惧里面的存在。艾莉克斯继续前进，想把这件“武器”夺给反抗组织。
保险库里的 G-Man
保险库坠落后，艾莉克斯进入内部，看到联合军用多重力场、金属结构和能量牢笼困住了 G-Man。联合军没有真正掌握他，只能把他锁在城市上空，用庞大系统隔离他的行动。艾莉克斯以为自己正在释放能够改变战争的武器，牢笼打开后，G-Man却像从容离开一间临时办公室一样站到她面前。
G-Man没有直接帮助反抗组织夺回地球。他带艾莉克斯看见未来的一刻：白森林机库中，伊莱被联合军顾问杀死，艾莉克斯只能跪在父亲身边哭喊。艾莉克斯要求拯救伊莱，G-Man接受这份选择，把她的愿望变成一项交易。未来的顾问攻击被改写，伊莱从死亡中被拉回，艾莉克斯则被 G-Man带离。
这次交易的后果在当时没有显露给城市十七号。艾莉克斯回到占领时代时，反抗组织仍然在联合军阴影下运转，伊莱仍然带着对黑山和 G-Man的旧恐惧继续准备未来战争。保险库事件却已经在时间线上埋下新节点：G-Man不再只把戈登当作最重要的工具，他在艾莉克斯身上选中了新的执行者。
联合军从这件事里失去了一个被他们勉强囚住的存在。反抗组织则没有真正获得他们以为的超级武器。地球占领秩序表面上继续运行，城市十七号仍被城堡统治，伊莱和克莱纳仍在地下推进传送实验。历史表面回到原轨，真正的分岔藏在未来白森林机库的那一瞬间。
戈登回到城市十七号
约二十年后，G-Man把戈登从停滞中唤醒，送进开往城市十七号的列车。戈登没有经历门户风暴、七小时战争和漫长占领，却在下车时直接面对后果：车站被民防看守，市民在摄像头和广播下沉默排队，布林在屏幕上宣讲人类未来，联合军城堡像一根金属尖刺插在城市中心。黑山的幸存者已经老去，地球已经投降，戈登成了迟到二十年的幽灵。
巴尼在民防伪装下认出戈登，把他送向克莱纳的秘密实验室。克莱纳和艾莉克斯原本准备通过传送装置把戈登送往黑山东区，伊莱在那里继续反抗军研究。传送过程被克莱纳的宠物猎头蟹和联合军追踪打乱，戈登在布林办公室、城市上空和联合军监控系统之间短暂闪现，让布林意识到黑山事件中的戈登回来了。联合军开始全城追捕，戈登只得沿运河逃离城市。
运河追逐让戈登重新成为反抗的可见符号。他夺取气垫船，穿过排水系统、废弃工厂和联合军路障，击退直升机和巡逻部队。城市边缘的地下抵抗点一个接一个为他打开通道，把物资、武器和消息交到他手中。联合军越是追捕，越把戈登的归来传给更多幸存者；黑山时期那个被军方追杀的科学家，开始变成占领时代反抗组织的行动核心。
戈登抵达黑山东区后，伊莱、艾莉克斯、朱迪思·莫斯曼和其他反抗者短暂重建了失去二十年的联系。伊莱把重力枪交给戈登，艾莉克斯用 Dog 训练他掌握新武器。那一刻，反抗组织似乎终于把黑山旧人、传送技术和新一代战士聚集在一起。联合军的突袭很快打碎了这个据点，伊莱被俘，莫斯曼的立场暴露出危险裂缝，戈登被迫穿过莱温霍姆的废城继续追赶。
新星监狱与城市起义
莱温霍姆已经被猎头蟹炮弹摧毁，成为黑夜、火焰和变异尸体组成的陷阱。格里戈里神父在屋顶和墓地之间独自守着这座废城，用霰弹枪、陷阱和祷词清理曾经的镇民。戈登穿过莱温霍姆时，看到联合军处理反抗据点的方式：不必占领每一条街，只要把 Xen 生物当作武器投下，就足以让人类聚落自行崩坏。
离开莱温霍姆后，戈登沿海岸线向新星监狱推进。他驾驶越野车穿过荒凉公路、废弃村镇和联合军哨站，在蚁狮巢穴、炮塔封锁和空中打击中打开道路。沿途的抵抗者把他视作能打破僵局的人，为他指引桥梁、灯塔和秘密路线。联合军在海岸上设置的防线被逐段撕开，新星监狱第一次真正暴露在反抗组织攻击之下。
新星监狱内部是联合军占领秩序最冷酷的核心之一。囚犯被审讯、改造和消失，恐惧被制度化成走廊、牢房、监控和手术设备。戈登与艾莉克斯会合后，从监狱内部突破安保，用蚁狮和炮塔反过来压制守军。他们找到伊莱，也发现莫斯曼已经把伊莱交给布林，却仍在最后关头保留了对反抗者的感情。
新星监狱的崩溃点燃了城市十七号。戈登和艾莉克斯通过传送逃离时，时间误差让他们在克莱纳实验室重新出现已是一周之后。那一周里，消息已经传开：新星监狱被攻破，戈登·弗里曼回来了，联合军可以被撼动。市民和抵抗组织开始公开作战，街垒在城市中出现，民防和联合军士兵陷入持续巷战。
城堡崩塌与逃离城市
戈登重新进入城市十七号时，起义已经把城市变成战场。巴尼带领抵抗者在街区推进，Dog 为戈登打开通往城堡的道路，艾莉克斯在战斗中不断协助破解联合军设备。联合军用装甲车、炮舰、合成机甲和狙击封锁街道，反抗者则用地下通道、火箭筒和临时阵地一点点逼近核心。城市十七号第一次从被管理的殖民城市变成主动反抗的战区。
戈登进入城堡后，联合军的权力结构向他显露出来。重力枪在城堡防御系统中被改变，获得足以撕开联合军士兵和能量屏障的力量。戈登穿过货运舱、拘束装置和高耸核心区，看到人类囚徒被当作物资输送，顾问的影像在深处闪现，布林则在顶层试图维持自己与联合军主人的联系。城堡远超单纯军事基地的范围，它集中着地球投降后所有控制关系。
布林挟持伊莱和艾莉克斯，试图通过联合军传送门离开地球。莫斯曼在最后一刻背叛布林，释放伊莱和艾莉克斯，戈登则用被强化的重力枪破坏传送核心。布林的逃亡失败，城堡核心失控，爆炸即将吞没顶层。G-Man在时间凝滞中出现，准备再次把戈登从历史现场带走，像黑山之后那样收起自己的工具。
弗地冈人在这一刻介入。他们把艾莉克斯从爆炸边缘救出，也把戈登从 G-Man的控制中夺回。G-Man被阻挡在远处，无法像过去那样随意收束结果。Dog从废墟中挖出戈登和艾莉克斯时，城市十七号仍未安全；城堡核心正在走向熔毁，爆炸足以摧毁整座城市。反抗胜利的中心，立刻变成需要所有人逃离的死亡源。
戈登和艾莉克斯重新进入城堡底部，稳定核心，为城市撤离争取时间。他们在塌陷平台、能量反应堆和联合军残兵之间抢回一段延迟，也夺得一份联合军试图发送回本土维度的加密信息。联合军并不只想摧毁城市，它还想利用城堡爆炸打开求援通道，让更大的军力重返地球。戈登和艾莉克斯带着信息离开核心，穿过正在崩坏的城市，协助平民登上撤离列车。
城市十七号最终在他们身后爆炸。城堡喷出能量，顾问逃生舱划过天空，冲击波追上列车，把戈登和艾莉克斯抛入废墟。联合军失去了地球上最重要的据点，反抗组织获得了前所未有的机会；同一场爆炸也在城市上空形成超传送门，残留联合军试图借此召回本土维度的增援。战争从城市起义进入地球命运的下一阶段。
白森林与超传送门
戈登和艾莉克斯从列车残骸中逃出后，必须把城堡信息送到白森林。克莱纳和伊莱在那里准备火箭，计划利用加密数据关闭超传送门。通往白森林的路穿过矿洞、废弃村落和蚁狮领地，联合军猎兵在森林和山谷间追杀他们。艾莉克斯被猎兵重伤后，戈登跟随弗地冈人进入地下巢穴，采集蚁狮幼虫提取物，帮助弗地冈人完成治疗。
弗地冈人为救艾莉克斯集中力量时，G-Man终于找到缝隙重新接触戈登。他让时间凝滞，把戈登带回自己的话语空间，提到自己曾在黑山事件中从废墟里救出年幼的艾莉克斯。随后，他把“准备面对不可预见的后果”这句话交给昏迷中的艾莉克斯，让她在醒来后带给伊莱。那句黑山测试前的警告重新落到伊莱身上，把过去的实验样本、G-Man的安排和白森林的未来连成一条线。
艾莉克斯恢复后，二人与伊莱、克莱纳、马格努森会合。白森林基地把残余科学力量、抵抗组织和火箭计划集中在一起。莫斯曼传来的影像显示，她在北方找到了失踪的光圈科技船只“北极光号”，那艘船可能携带足以改变战争的传送技术。克莱纳希望利用它对抗联合军，伊莱则坚决要求摧毁它，因为黑山的教训已经证明，不受控制的传送技术会把人类再次拖入更大的灾难。
联合军对白森林发动最后攻击，试图阻止火箭发射。戈登在基地外用马格努森装置摧毁三脚机甲，抵抗猎兵保护和地形压迫，把一波波进攻拦在发射前。火箭升空后，白森林的设备把城堡信息转化为关闭超传送门的关键，天空中的裂口被逆转，联合军本土增援被切断。留在地球上的联合军残部失去最直接的外部支援，反抗组织第一次让全球战局出现真实转向。
胜利刚刚形成，顾问便在机库中发动袭击。戈登、艾莉克斯和伊莱被精神力量按在墙上，伊莱在原本的未来里被顾问刺杀，艾莉克斯跪在父亲尸体旁崩溃。Dog撞入机库赶走顾问时，已经来不及改变那条旧历史。白森林本该以关闭超传送门和伊莱死亡同时收束，把寻找北极光号的任务留给戈登和艾莉克斯。
当前边界：伊莱幸存与艾莉克斯消失
保险库中的交易在这一刻显出结果。G-Man把艾莉克斯带到白森林机库的未来，让她亲眼看见父亲被顾问杀死，再允许她出手改变结局。顾问的攻击被打断，伊莱没有死在机库。艾莉克斯完成了她向 G-Man要求的拯救，也因此被带离戈登和伊莱身边。那条曾经停在伊莱尸体旁的历史，被改写成伊莱醒来、艾莉克斯消失的新边界。
伊莱在机库中恢复意识，立刻意识到 G-Man夺走了自己的女儿。他把愤怒和恐惧压向戈登，发誓要杀死 G-Man。Dog从废墟边拿来撬棍，伊莱把它交给戈登，像把黑山以来所有未完成的债务重新压回他手中。北极光号仍在远方，联合军残部仍在地球上，反抗组织刚刚切断超传送门，却失去了艾莉克斯。
这就是当前已发布正史停下的地方：黑山共振级联打开了地球通往异维度的裂口，尼赫伦斯死亡引来门户风暴，联合军借此征服地球；戈登从停滞中归来，推动城市十七号起义、城堡毁灭和白森林胜利；艾莉克斯在占领时代释放 G-Man，又在白森林未来救下伊莱，代价是自己被 G-Man带走。地球没有恢复旧世界，联合军占领也没有彻底结束，历史停在伊莱幸存、艾莉克斯消失、戈登重新握住撬棍的时刻。