《C.E. 纪元编年史》
基因被公开的时代
C.E. 纪元在人类试图修复旧世界战争创伤时开始。地球上的国家重新分配资源，月面都市、宇宙开发和殖民卫星工程把人类带离地表。乔治·格伦在这个时代公开了自己经过基因调整的事实。他拥有超出常人的身体、智力和适应力，又把调整方法向世界公布，原本被视为科技胜利的生命工程从此变成社会裂缝。自然出生的人类被称为自然人，经过受精卵阶段基因调整的人类被称为调整者，两者在同一颗地球和同一片宇宙中生活，却开始围绕出生方式、能力差异和未来资格互相审判。
第一代调整者带着成绩、体能和适应能力进入学校、企业、科研机构和太空开发，他们证明了人类可以按意愿改写下一代，也让自然人家庭感到自己的孩子被未来抛下。富有阶层把基因调整当成对子女的投资，宗教团体、伦理组织和民粹政治把调整者称为威胁。乔治·格伦后来遇刺，死亡让两类人之间的争论失去调停象征。越来越多调整者离开地球，进入被称为 PLANT 的太空殖民卫星群工作和居住。
PLANT 最初依附地球经济。调整者在农产、工业和科研上创造巨大产出，却受制于地球方面的原料、贸易和安全控制。地球各国在表面上需要 PLANT 的生产能力，内部又害怕调整者在太空形成独立政治共同体。反调整者组织蓝色宇宙把这种恐惧转化成行动，袭击、宣传和政治渗透不断扩大。调整者在 PLANT 内部建立自治机构，扎夫特从民兵组织成长为军事力量，西格尔·克莱因主张通过政治自治维持共存，帕特里克·萨拉则在丧亲和仇恨中逐渐相信武装对抗才是生存道路。
PLANT、扎夫特与血色情人节
PLANT 争取经济自主时，地球联合与大西洋联邦把太空殖民地的独立倾向视为分裂。贸易限制、粮食压力和政治暗杀不断累积，扎夫特开始把机动战士作为太空战核心兵器。调整者驾驶员能承受更高操作负荷，扎夫特的机动战士在宇宙战中迅速压制传统舰队。地球联合拥有更庞大的军工体系和人口，却在新式战场上多次被迫后退。
C.E.70，尤尼乌斯 7 遭到核攻击，大量 PLANT 居民在农业殖民卫星中死去。血色情人节把原本仍可谈判的自治冲突推入全面战争。帕特里克·萨拉失去妻子，仇恨在 PLANT 政坛获得压倒性力量。扎夫特随后向地球散布中子干扰器，核能与核武器大范围失效，能源危机蔓延到地表。地球城市停电、工业减速、军事补给受限，自然人社会把痛苦归咎于调整者，调整者则把血色情人节视为自然人已经选择灭绝他们的证明。
战争在太空和地球轨道展开。扎夫特用机动战士控制战场节奏，地球联合在劣势中秘密研发自己的 G 兵器，并把计划藏进中立国家奥布所有的工业殖民卫星赫利奥波利斯。奥布以中立和独立技术立国，阿斯哈家族希望在两类人之间保留不卷入仇恨的空间。赫利奥波利斯的学生基拉·大和、托尔、米丽雅莉亚、赛伊和卡兹原本只在战争边缘生活，他们所在的殖民卫星却已经被秘密军工和扎夫特侦察一起推向崩塌。
赫利奥波利斯的五机高达
扎夫特克鲁泽队突入赫利奥波利斯，目标是夺取地球联合新造的五台 G 兵器。阿斯兰·萨拉、伊扎克·玖尔、迪亚哥·艾尔斯曼、尼高尔·阿玛菲等年轻驾驶员分别夺走圣盾、决斗、暴风和迅雷，强袭高达在混乱中留在地球联合手中。基拉在避难途中发现了军方工厂和学生朋友的危险，他为了让同伴活下去，坐进强袭驾驶舱，用调整者能力快速改写操作系统，挡住扎夫特追击。
基拉在驾驶舱内看见阿斯兰。两人曾在月面城市相识，战争让一个成为扎夫特士兵，一个被迫坐上地球联合兵器。赫利奥波利斯的装甲外壁在战斗中破裂，殖民卫星结构不断崩坏，平民和军人一起被卷入撤离。大天使号带着基拉和学生们逃出残骸，原本用于地球联合的秘密兵器暴露在宇宙中，扎夫特追击舰队也把这艘新型战舰列为目标。
大天使号在逃亡中吸纳了赫利奥波利斯的幸存学生。玛琉·拉米亚斯必须在人员不足的情况下指挥战舰，穆·拉·弗拉格负责空战支援，娜塔尔·巴基露露维持军纪。基拉明知自己在保护自然人朋友时会击落调整者同胞，仍一次次驾驶强袭出击。芙蕾·阿尔斯塔在父亲死亡后把恐惧和仇恨投向调整者，又把基拉当成复仇工具。基拉的每一次胜利都救下同伴，也把他推向更深的孤立。
大天使号的地球降下
大天使号试图前往地球联合控制区，途中俘获了拉克丝·克莱因。拉克丝是 PLANT 温和派领袖西格尔的女儿，也是阿斯兰的婚约者。基拉在战舰内看见她平静面对敌舰、保护平民的样子，第一次感到敌我标签无法解释每一个人。大天使号释放拉克丝后，基拉和阿斯兰之间的私人联系被双方军纪继续撕扯。阿斯兰以扎夫特士兵身份追击强袭，基拉以朋友守护者身份挡在大天使号前方。
战舰降向地球时，尼高尔在战斗中为保护阿斯兰冲入基拉的攻击范围，被强袭斩杀。尼高尔的死击碎阿斯兰最后的犹豫。随后托尔驾驶空中霸王支援基拉，被阿斯兰的圣盾击落。基拉和阿斯兰在孤岛附近爆发死斗，强袭与圣盾纠缠到能源耗尽，阿斯兰启动自爆，基拉在爆炸中重伤失踪。阿斯兰带着胜利和失去朋友的痛苦回到扎夫特，基拉则被马尔基奥导师救起，送到拉克丝身边。
地球上的战争把大天使号带进沙漠、海峡和奥布近海。卡嘉莉·尤拉·阿斯哈以奥布公主身份在中东抵抗组织中行动，她与基拉相遇时还不知道两人同源。安德鲁·巴尔特菲尔德率领扎夫特北非部队与大天使号交战，他在战斗之外展现出对敌人的理解，又在战场上承担军人职责。基拉击败巴尔特菲尔德后，对战争中敌人的面孔有了更清楚的认识。每一个驾驶舱里都有名字和选择，杀死敌人已经无法被简单地包装成保护同伴。
奥布、阿拉斯加与自由高达
大天使号抵达奥布后，乌兹米·纳拉·阿斯哈允许战舰暂避。奥布的理念是在自然人与调整者之间保持自主，不接受任何阵营命令。曙光社的技术、奥布的质量加速器和中立宪法，让这个岛国成为两大阵营都无法忽视的战略节点。基拉在奥布与卡嘉莉逐渐接近，卡嘉莉发现自己并非乌兹米亲生女儿，基拉也在后来的门德尔殖民卫星真相中得知两人是双胞胎，诞生自响博士的人工子宫实验。
地球联合把大天使号引向阿拉斯加基地。扎夫特发动“割喉作战”攻击阿拉斯加时，联合高层撤离主力，并启动地下的独眼巨人系统，把扎夫特突入部队和仍留在基地的友军一起消灭。大天使号在穆、玛琉和基拉旧友的努力下逃出死亡陷阱，娜塔尔被调离，巴基露露军人式的服从与玛琉保护船员的选择从此分道。阿拉斯加让大天使号明白，地球联合高层也会把己方士兵当成消耗品。
基拉在 PLANT 接受拉克丝庇护时，拉克丝偷出扎夫特最新机体自由高达交给他。自由搭载中子干扰器消除装置，拥有核动力和压倒性火力。拉克丝没有把它交给父亲派系的政治口号，也没有交给扎夫特的复仇意志；她把它交给仍在痛苦中试图保护生命的基拉。基拉驾驶自由重返地球，在阿拉斯加战场救下大天使号，又在奥布攻防战中阻止地球联合推进。他的战斗目标从为某一方取胜，转向切断继续屠杀的行动。
三舰同盟与雅金·杜维
地球联合向奥布施压，要求交出质量加速器和大天使号。乌兹米拒绝把国家交给大国战争机器，奥布军与地球联合舰队开战。卡嘉莉被迫离开故土，乌兹米和留守者引爆质量加速器与岛上设施，让奥布技术不落入联合手中。卡嘉莉带着父亲的遗志进入宇宙，大天使号、草薙号和永恒号逐渐合流，拉克丝、基拉、阿斯兰和卡嘉莉形成三舰同盟。
阿斯兰在拉克丝的质问和父亲的命令之间崩裂。他驾驶正义高达离开扎夫特，追上基拉，与曾经死斗的朋友并肩。西格尔·克莱因被帕特里克政权清洗，拉克丝从歌姬和议员之女变成被追捕的叛逆者。克鲁泽则把门德尔的秘密推向终局：他是穆父亲阿尔·达·弗拉格的克隆体，短命和被制造的命运让他厌恶人类对生命的操纵。他把中子干扰器消除装置资料送到地球联合手中，诱使双方走向核毁灭。
地球联合在穆尔塔·阿兹拉埃尔推动下用核弹攻击 PLANT，扎夫特用创世纪伽马射线炮反击，巨大的光束一次次消灭舰队并瞄准地球。芙蕾带着克鲁泽交给她的资料被卷回战场，又在逃离中死亡，她的死让基拉失去曾经被自己保护、利用和伤害过的人。穆驾驶强袭挡下阳电子炮，玛琉以为他死在大天使号前方。阿兹拉埃尔在主天使号上被娜塔尔的最后选择拖向毁灭，帕特里克·萨拉在命令创世纪攻击地球时被部下枪击。阿斯兰进入创世纪内部引爆正义，基拉在宇宙中击败克鲁泽。雅金·杜维战役结束后，尤尼乌斯条约签订，第一场联合—PLANT大战停火。
停战后的裂缝与尤尼乌斯 7 坠落
停战没有清除仇恨。PLANT 换上新的最高评议会议长吉尔伯特·迪兰达尔，奥布由年轻的卡嘉莉承担重建，自然人与调整者之间仍有武装组织、难民、经济封锁和复仇宣传。基拉与拉克丝隐居奥布附近，试图离开战争；阿斯兰以“亚历克斯·迪诺”的身份协助卡嘉莉，希望让奥布在复杂外交中保持独立。曾在奥布侵攻中失去父母和妹妹的真·飞鸟离开故国，加入扎夫特，成为密涅瓦号上的脉冲高达驾驶员。他记得奥布战火中飞走的高达，也把失去家人的痛苦与对强者的愤怒一同带进军服。
C.E.73，卡嘉莉与迪兰达尔在扎夫特军工殖民卫星军械库一号会谈时，地球联合特殊部队幻痛突袭基地，夺走混沌、深渊和盖亚三台新型机。真驾驶脉冲追击，阿斯兰重新卷入扎夫特。密涅瓦号离港后，尤尼乌斯 7 残骸突然脱离稳定轨道坠向地球。伊扎克率领拆解队试图粉碎残骸，却遭到扎夫特极端派攻击。阿斯兰自愿出击，真和密涅瓦也投入阻止坠落。残骸被分割后仍有大量碎片进入大气层，城市、海岸和陆地遭受大规模打击，世界把这场灾难称为“Break the World”。
地球上的自然人再次把灾难视为调整者袭击。蓝色宇宙和联合军方推动报复，地球联合向 PLANT 发动核攻击，扎夫特拦截后战争重新燃起。迪兰达尔在公开场合表现为冷静的调停者，他安抚 PLANT、争取地球民众，又把扎夫特塑造成灾后救援和秩序维护力量。战争重启的第一阶段中，密涅瓦号被视为扎夫特希望，真在战斗中因果断和能力受到重视，阿斯兰则再次被迪兰达尔授予 FAITH 权限，试图用个人判断限制战争失控。
星见者、幻痛与地表战争
尤尼乌斯 7 碎片落向地球时，许多战场之外的人同样被卷入历史。DSSD 技术开发中心的瑟蕾妮·麦克格里夫和同伴在水淹城市中寻找返回基地的道路，救援部队、避难民和残破城区被不明机动战士的炮火打乱。DSSD 推进深空探测用机体星见者，目标本来是让人类走向更远的宇宙，战争却把这台白色机体的自律 AI 和推进技术变成被抢夺的军用目标。
幻痛部队把被训练、洗脑和强化的年轻驾驶员投入战场。史温·卡尔·巴扬在反调整者教育中成长，驾驶漆黑强袭执行任务；史黛拉·路西耶、奥尔·尼达和斯汀·奥克雷驾驶夺取的高达，与密涅瓦反复交战。联合军研究设施、扎夫特地面部队和 DSSD 特洛伊站先后遭到攻击，星见者启动试验被迫变成防卫战。瑟蕾妮和史温在战斗中一同被拖向深空，星见者的光帆把他们从杀戮现场带离，也把这场战争中最沉默的矛盾留在宇宙边缘：有人仰望星辰，有人从小被训练得只会瞄准敌人。
密涅瓦在地球各地支援扎夫特行动。真在印度洋、直布罗陀、欧亚战线中不断积累战功，也不断把对奥布和联合的恨投向眼前敌人。他偶然救下落海的史黛拉，看见她在恐惧中像普通少女一样害怕死亡，随后又发现她是联合强化人驾驶员。真把史黛拉交给尼奥·罗亚诺克，希望她远离战场；联合却把她送上毁灭高达。柏林被毁灭高达踏碎时，史黛拉在驾驶舱中失控攻击城市。基拉驾驶自由试图阻止屠杀，真冲入战场想救她，史黛拉最终死在真怀里。真把这场死亡归咎于基拉，自由高达成为他必须击落的目标。
大天使号回到战场
奥布在停战后被亲联合势力和塞兰家族牵引。卡嘉莉为了保住国家，被迫承受与尤纳·罗马·塞兰的政治婚约，又在联合压力下看见奥布逐渐被拉回战争。基拉和大天使号无法继续旁观。婚礼当天，基拉驾驶自由闯入奥布，带走卡嘉莉。这个行动让奥布政局震动，也让大天使号重新成为被两大阵营追捕的第三方力量。卡嘉莉在舰上痛苦地意识到，父亲留下的理念需要权力、军队和决断支撑。
大天使号介入扎夫特与联合的战斗，常常以击毁武器、阻止扩大伤亡为目标，却破坏密涅瓦和迪兰达尔的作战节奏。真把他们视为战场干扰者，阿斯兰则夹在扎夫特军纪、迪兰达尔信任、卡嘉莉处境和基拉判断之间。迪兰达尔表面上尊重阿斯兰，暗中安排米娅·坎贝尔假扮拉克丝，用歌声和形象引导 PLANT 民意。真正的拉克丝遭到暗杀未遂后返回宇宙，开始追踪迪兰达尔的意图。
迪兰达尔随后公开揭露 LOGOS，把蓝色宇宙背后的军工、金融和政治网络塑造成世界战争根源。愤怒的民众袭击 LOGOS 成员，联合内部失去统一指挥，许多国家转向支持扎夫特。迪兰达尔把战争从“调整者对自然人”改写为“世界人民对战争操纵者”，这个叙事给扎夫特带来广泛正当性，也让反对他的人更难开口。真在这样的局势中击落自由高达，基拉坠海生还，阿斯兰因怀疑迪兰达尔被列为叛徒，与美玲驾驶老虎逃亡，又被真击落。密涅瓦的胜利扩大了迪兰达尔的权威，也把真推向更深的服从。
奥布攻防与命运计划
洛德·吉布列逃往奥布后，迪兰达尔以追捕 LOGOS 为由要求扎夫特攻击奥布。塞兰政权企图继续与联合和扎夫特之间周旋，卡嘉莉驾驶晓高达回到战场，用乌兹米留下的机体和奥布军人重新夺回国家命令。基拉驾驶强袭自由从宇宙归来，阿斯兰驾驶无限正义重回战线。真驾驶命运高达攻击奥布，仍把自己家人的死与这个国家绑定在一起；卡嘉莉的声音和基拉、阿斯兰的行动让奥布军重新选择守卫本土，而非替他国战争开路。
吉布列逃到月面戴达罗斯基地，启动镇魂曲轨道炮攻击 PLANT。巨大的曲射光束穿过中继站，击中 PLANT 殖民卫星，平民死亡再次点燃调整者社会的恐惧。扎夫特攻陷戴达罗斯，吉布列死亡，迪兰达尔掌握镇魂曲后宣布命运计划。这个计划以基因解析为基础，为每个人指定最适合的位置、职业和社会角色，用天赋匹配来消除竞争、嫉妒和战争。迪兰达尔相信人类只要接受基因所决定的道路，就能从无休止的仇恨中退出。
拉克丝、基拉、阿斯兰、卡嘉莉和大天使号阵营看见了计划背后的封闭秩序。命运计划会把出生时的基因变成一生的命令，也会让掌握解释权的人拥有支配世界的力量。米娅在被利用后试图找回自己的声音，最终为保护拉克丝而死。拉克丝通过公开讲话夺回身份，奥布拒绝接受命运计划，成为迪兰达尔镇压目标。密涅瓦、真、雷·扎·巴雷尔和露娜玛丽亚站在扎夫特主力中，基拉与阿斯兰则带着大天使号和永恒号准备迎向第二次决定人类未来的宇宙战。
弥赛亚的终战
扎夫特机动要塞弥赛亚逼近地球圈，镇魂曲瞄准奥布。迪兰达尔把奥布视为命运计划最后的公开反对者，计划用轨道炮摧毁这个中立国家的政治中心。基拉驾驶强袭自由、阿斯兰驾驶无限正义、大天使号与奥布舰队突入战场，目标是阻止镇魂曲和弥赛亚继续发射。伊扎克、迪亚哥等扎夫特军人也在战局中做出自己的判断，他们转向保护 PLANT，让殖民卫星免于被迪兰达尔的计划彻底绑架。
真驾驶命运迎战阿斯兰。真带着史黛拉、家人和被承认的渴望冲锋，阿斯兰则不断迫使他看见自己正在为谁开火。露娜玛丽亚介入战斗，脉冲被击破，命运也被无限正义压制。真失去战斗能力后在宇宙中崩溃，露娜玛丽亚陪在他身边，他终于被迫停下。雷驾驶传说高达迎战基拉，把自己作为克鲁泽同类的存在推向战场。他相信迪兰达尔给了自己存在理由，也试图用克鲁泽的绝望证明人类需要命运计划。基拉没有接受这种结论，他击败雷，却没有把雷当成必须消灭的仇恨象征。
基拉进入弥赛亚内部面对迪兰达尔。迪兰达尔用战争、欲望和人类反复犯错说明命运计划的必要，基拉坚持未来需要由人自己选择，哪怕选择会带来痛苦和混乱。雷在最后关头开枪击中迪兰达尔，塔莉亚·格拉迪斯留下陪伴将死的议长和雷。弥赛亚在爆炸中崩毁，镇魂曲被摧毁，命运计划随议长死亡终止。战后，真在奥布慰灵碑前遇见基拉，两个曾经在战场上互相夺走一切的人终于站在同一片土地上。第二次联合—PLANT大战结束，世界保住了选择未来的自由，也继承了自由带来的混乱。
COMPASS 与 C.E.75 的未平息战争
C.E.75，战争的主线停火已经过去一年，地球圈仍遍布残党、独立运动和蓝色宇宙袭击。PLANT、奥布和大西洋联邦推动建立世界和平监视机构 COMPASS，拉克丝担任首任总裁，基拉成为前线指挥官，真、露娜玛丽亚、穆、玛琉和旧战友们加入行动。COMPASS 的任务是在局部冲突中压制武装扩散，阻止小规模战斗重新引爆两大人类群体之间的全面战争。基拉在一次次出击中尽力瘫痪敌机、保护平民，却承受着“只要自己还在战斗，和平就仍然没有抵达”的疲惫。
新兴国家 Foundation 在欧亚边界崛起，女王奥拉·玛哈·海贝尔和首相奥尔菲·拉姆·塔奥向 COMPASS 提出联合清剿蓝色宇宙据点。这个国家表面上宣称自然人与调整者和谐共处，内部却已经按命运计划运行。奥拉曾参与门德尔遗传研究，与迪兰达尔的理念相连，制造出被称为 Accord 的高级调整者。Accord 拥有更强的感应与精神干涉能力，他们被设计为管理人类的上位者。拉克丝本人也被纳入这个计划，被预定与奥尔菲配对，成为命运计划统治世界的象征。
艾尔多尔作战中，Foundation 利用 Accord 的能力干涉基拉意识，让他看见蓝色宇宙首领逃入欧亚边界的幻象。基拉越界追击后，Foundation 以 COMPASS 失控为名派出黑骑士团围攻。升腾自由和不朽正义被击毁，大天使号遭到突袭沉没，玛琉下令弃舰后带着船员逃生。Foundation 同时夺取欧亚核导弹，将核弹射向自己首都和蓝色宇宙据点，再把灾难嫁祸给 COMPASS 和欧亚方面。世界以为基拉和大天使号成员死于核爆，拉克丝则被 Foundation 带往宇宙。
Foundation、镇魂曲与自由的边界
Foundation 夺取重建的镇魂曲，轰击欧亚首都莫斯科，并宣告世界必须接受命运计划。奥尔菲公开利用拉克丝的身份，试图让调整者和自然人都相信 Accord 将带来新的秩序。PLANT 内部发生政变，部分军官倒向 Foundation，合法议长被迫隐藏。地球、奥布和残存 COMPASS 力量面对同一套旧逻辑：只要有人掌握绝对武器和基因解释权，命运计划就能在新的名字下重新出现。
阿斯兰和美玲救出基拉幸存者，奥布的晓岛秘密基地成为反击起点。基拉从自责和动摇中重新站起，真也不再把自己当成只会听命令的兵器。幸存者夺取千禧号，换装强袭自由二式、命运二式和无限正义二式，向 Foundation 的宇宙据点发起反击。基拉突入空间救出拉克丝，拉克丝向世界说明自己没有支持 Foundation。奥尔菲失去用她统合民意的核心，黑骑士团只能用武力维持谎言。
最终战中，真驾驶命运二式迎击黑骑士团，以曾经被命运计划利用过的士兵身份击碎 Accord 的优越感。阿斯兰驾驶无限正义二式与修罗交战，用经验、意志和对卡嘉莉的羁绊抵抗精神干涉。基拉与拉克丝合流，强袭自由获得“骄傲守护者”支援后成为强袭自由弐式的最终形态，压制奥尔菲与英格丽特。伊扎克和迪亚哥协助夺回 PLANT，Foundation 舰队被击破，镇魂曲中继与本体遭到摧毁。奥拉和奥尔菲的计划随战场崩溃，Foundation 用命运计划统治地球圈的企图结束。
C.E.75 的历史在 Foundation 战后停下。蓝色宇宙遭到沉重打击，Foundation 的核心统治层被消灭，PLANT 政变被平定，COMPASS 重新获得继续维持和平的空间。大天使号已经沉没，密涅瓦的继承舰千禧号载着幸存者进入新的战后秩序。基拉和拉克丝离开最后的战场，真、阿斯兰、卡嘉莉、玛琉、穆与曾经互为敌人的人们仍在同一地球圈中承担善后。自然人与调整者的裂痕没有被一道命令抹平，C.E. 纪元当前已知的边界停在这里：人类再次拒绝被基因和武器安排一生，也再次把不确定的未来交还给活着的人。