《亚美斯多利斯炼金术编年史》
克塞尔克塞斯的瓶中小人
克塞尔克塞斯王国强盛时，王宫深处有一个没有身体的生命被封在烧瓶里。它从奴隶二十三号的血里诞生，靠玻璃、符文和实验室维持存在。奴隶二十三号只负责清扫和侍奉，连名字都不属于自己；瓶中小人却先给了他一个名字——冯·霍恩海姆，又把文字、知识和炼金术的基础教给他，让他从王宫边缘的奴隶变成能读懂世界构造的人。
克塞尔克塞斯国王害怕死亡。瓶中小人抓住这份恐惧，把一套通往永生的炼成阵献给王权。王国按照它的指示在地底和城中布置巨大的阵，国王以为自己会站在中心接受不朽，霍恩海姆也以为自己正在协助一次王国级仪式。仪式发动的夜晚，炼成阵把全国居民的灵魂一并抽出，宫殿、街道和市集在无声中变成空壳。真正站在成果中心的，是瓶中小人和霍恩海姆。
瓶中小人借霍恩海姆的血获得了与他相似的身体，又把克塞尔克塞斯全境的灵魂化作贤者之石分进自己和霍恩海姆体内。霍恩海姆在废墟中醒来时，耳边已经塞满无数死者的声音；他得到不老的身体，也背上了一个国家的死亡。瓶中小人离开废墟，把自己从玻璃里的囚徒变成能行走、能策划、能支配国家的存在。它仍然厌恶自身被世界法则限制，开始寻找一次更大的炼成，让自己摆脱真理之门前的束缚。
亚美斯多利斯的建国阵
瓶中小人来到西方，将炼金术作为知识赐给弱小的亚美斯多利斯。它披上“东方贤者”的外衣，把炼金术推进军队、研究机构和国家建设中，让这个国家靠技术与战争逐渐吞并周边土地。亚美斯多利斯每一次扩张都留下血迹，每一个被纳入版图的地点都被安置在更大图形的节点上。国家看似在凭军事力量成长，地底深处却有懒惰的斯洛斯持续挖掘隧道，把疆域连成一个覆盖全土的炼成阵。
瓶中小人从自己身上剥离欲望，制造七个以罪命名的人造人。拉斯特潜入人间挑动欲望，恩维以变形能力制造混乱，格拉托尼吞噬目标，斯洛斯负责地底工程，格利德带着贪欲追求独立，普莱德藏进布拉德雷家的儿子塞利姆体内监视国家核心。最特殊的拉斯被放进人类候选者中反复实验，最终以金·布拉德雷的身份登上大总统之位，让亚美斯多利斯的最高军权成为父亲大人的外壳。
为了让全国炼成阵拥有足够的牺牲与节点，军部不断制造边境冲突。国家炼金术师制度在表面上服务军队，实质上筛选能抵达真理之门的炼金术师。那些能进行人体炼成并活下来的炼金术师，会成为父亲大人未来仪式的“人柱”。普通士兵、研究员、医生和炼金术师在各自岗位上以为自己服务国家，国家的形状却一代代被推向既定图案。
伊修瓦尔的血痕
伊修瓦尔的内战把亚美斯多利斯的国土计划推向更深处。一次被制造出来的枪击点燃民族与军部之间的仇恨，随后军队以平定叛乱为名进入伊修瓦尔。国家炼金术师被投入战场，火焰、铁壁、强腕与红莲的力量落在城市、寺庙和民居之间。罗伊·马斯坦在火焰中看见军令如何把炼金术变成屠杀工具，亚历克斯·路易·阿姆斯特朗在命令和良知之间崩溃，马尔科医生则被迫用伊修瓦尔人的生命制造贤者之石。
斯卡的兄长在战争中研究炼丹术和炼金术的差异，试图找出亚美斯多利斯炼金术被扭曲的源头。他把破坏与重构分别刻进双臂的理论里，也留下了能反制国土炼成阵的线索。屠杀降临时，金布利的爆炸夺走他和斯卡的家人。兄长临死前把自己的手臂移植给斯卡，让斯卡在濒死中活下来。斯卡醒来后只剩仇恨，他把手臂上的分解阵化成复仇工具，开始追杀国家炼金术师。
伊修瓦尔没有在军部报告中结束。它变成马斯坦争取上位的理由，变成霍克爱的背负，变成斯卡的伤口，也变成父亲大人计划中的一枚血印。军队以胜利保存制度，人造人以秩序掩盖目的，幸存者在废墟外流亡。亚美斯多利斯的国家炼成阵得到新的血之节点，父亲大人距离约定之日又近一步。
艾尔利克兄弟打开真理之门
在雷塞布尔村，爱德华·艾尔利克和阿尔冯斯·艾尔利克跟随母亲特丽莎长大。霍恩海姆离家后，兄弟把父亲留下的炼金术书籍当成通往理解世界的道路。特丽莎病死时，他们拒绝接受死亡的界限，拜伊兹米·卡迪斯为师，经受荒岛训练，学会以身体感知物质循环，也学会炼金术遵循等价交换。
兄弟回到家后准备人体炼成。他们列出人体成分，画下炼成阵，把母亲的残余和自己的愿望一并放进仪式。炼成发动后，真理之门打开。爱德华失去左腿，阿尔冯斯的整个身体被夺走，炼成阵中央只留下扭曲的肉块。爱德华在剧痛中再度付出右臂，把阿尔冯斯的灵魂固定到一具盔甲上。兄弟想取回母亲，最终只把自己拖进了真理的代价。
温莉·洛克贝尔和祖母皮娜可为爱德华装上机械铠，罗伊·马斯坦则把国家炼金术师的道路摆到他面前。爱德华接受军部资格，得到“钢之炼金术师”的称号，也获得能查阅资料和行动的身份。兄弟烧掉老家，把退路切断，踏上寻找贤者之石的旅程。他们最初只想取回身体，却很快走进亚美斯多利斯埋藏数百年的国家计划。
贤者之石的真相
兄弟在利奥尔城遇见以太阳神名义行骗的柯奈洛。爱德华拆穿他手中红石的秘密，解放了被奇迹诱导的信徒，也让罗赛失去虚假的希望。利奥尔的动乱随后被人造人利用，城市从宗教骗局滑向暴力冲突。兄弟第一次看到贤者之石能绕开等价交换，也第一次看到依赖奇迹的人会在真相暴露后跌进更深的混乱。
他们随后进入修·塔克的家。塔克曾以合成兽研究取得国家资格，却为了维持地位，把妻子炼成会说话的合成兽；资格考核再次逼近时，他又把女儿妮娜和狗亚历山大合成在一起。爱德华在地下室看见那只叫他“大哥哥”的合成兽时，终于明白炼金术师的才能可以如何吞噬亲情。斯卡闯入后杀死塔克，也结束了妮娜的痛苦。兄弟无法救回那个孩子，只能带着无力感继续追索。
马尔科医生给兄弟指出第五研究所的方向。爱德华和阿尔冯斯闯入废弃设施，发现贤者之石的材料来自活人的灵魂，守卫研究所的铠甲也曾经是死刑犯。拉斯特和恩维摧毁证据，阻止兄弟把真相带出地下。阿尔冯斯因自身灵魂被固定在盔甲上而动摇，怀疑记忆是否被制造；爱德华用伤口、争吵和一路同行的事实把他拉回现实。贤者之石从救命工具变成一条通往军部、人造人和无数被消耗人命的线索。
休斯之死与中央的阴影
马斯·休斯在军部档案和兄弟的经历中拼出国家地图的异常。他发现亚美斯多利斯的战争地点与炼成阵节点相连，意识到军部高层正在把整个国家推向一次仪式。休斯赶往电话亭准备通知马斯坦，恩维先后变成军人和休斯的妻子，利用他最后一瞬的迟疑射杀了他。休斯带着关键情报倒在中央，马斯坦只能在葬礼上压住愤怒，把朋友之死变成向上攀升的理由。
兄弟回到师父伊兹米身边，得知她也曾因失去孩子而进行人体炼成，并因此被真理夺走内脏。伊兹米对兄弟的遭遇没有温柔赦免，她用拳头和泪水承认他们犯下同类错误，也让他们明白自己并非孤独的人柱候选。与此同时，格利德带着嵌合兽部下藏在达普利斯的恶魔巢穴中。他想夺取阿尔冯斯灵魂固定的秘密，追求不会死亡的自由。
金布拉德雷亲自清剿恶魔巢穴，展现出超越常人的速度和杀意。格利德被带到父亲大人面前，拒绝重新服从后被熔回贤者之石。兄弟在这一连串事件中看见国家首脑与人造人的联系，却还无法触及真相的中心。父亲大人保留爱德华、阿尔冯斯和伊兹米这些打开过门的人，像保存工具一样放任他们行动，只要他们在约定之日仍能被带到阵中。
来自东方的长生追索
新国皇子姚麟和侍从兰芳、傅进入亚美斯多利斯，寻找能让皇族夺权的长生之法。梅·张也从新国来到西方，她寻找炼丹术与贤者之石，希望让自己的家族获得皇帝青睐。东方人的到来让兄弟第一次接触不受父亲大人完全压制的能量体系。梅的炼丹术依赖地脉流动，能远距离发动，也能触及亚美斯多利斯炼金术中被遮蔽的部分。
马斯坦为了逼出人造人，利用玛利亚·罗斯被诬陷杀害休斯一案布置假死。他让罗斯逃离亚美斯多利斯，也让中央以为自己已经接受军部安排。巴利屠夫的铠甲身体和残存肉体把拉斯特引向马斯坦阵营。拉斯特割断霍克爱的希望，又重创马斯坦；马斯坦用手背刻下火焰炼成阵，在血与火中一次次点燃拉斯特的贤者之石，直到她的再生耗尽。人造人第一次在反抗者手中真正死亡。
姚麟在格拉托尼和恩维的追击中卷入地下。格拉托尼失控吞下爱德华、姚麟和恩维，把他们送进父亲大人制造的伪真理空间。爱德华在血海般的空间里看到克塞尔克塞斯遗迹的线索，以自己为材料重开出口。三人逃出后被带到父亲大人面前。父亲大人轻易压制兄弟的炼金术，又把新的格利德注入姚麟体内。姚麟选择承受贪婪，让新国皇子的野心和人造人的欲望共处一具身体。
父亲大人的地底王座
爱德华和阿尔冯斯在中央地下见到父亲大人时，终于看清敌人已经盘踞在国家本身的地下核心。父亲大人能封锁他们的炼金术，却无法同样封锁梅的炼丹术。这个差异让兄弟意识到亚美斯多利斯炼金术的源头被人为控制。父亲大人放过兄弟，警告他们不得妨碍计划，并用温莉和身边人的安危迫使他们继续作为人柱存活。
马斯坦向大总统高层逼近，却发现军部上层早已知道国土炼成阵和不死军团计划。那些将领接受父亲大人的诱惑，期待在约定之日后分享不朽。马斯坦的部下被调离，霍克爱被安排到大总统身边当人质，他本人被升迁到更靠近权力也更受监视的位置。中央的制度不需要被外敌占领，它已经从内部向父亲大人的仪式让路。
霍恩海姆回到雷塞布尔，在特丽莎的墓前面对多年逃避。他体内的克塞尔克塞斯灵魂早已被他一个个记住姓名，也被他带着走过漫长岁月。他知道父亲大人要重演克塞尔克塞斯的献祭，只是这次对象扩展到整个亚美斯多利斯。霍恩海姆离开故乡，开始把体内灵魂作为反制力量安置到全国节点。这个曾经被动接受永生的人，终于把自己变成阻止下一场全国献祭的阵。
布里古兹北境与反制炼成阵
兄弟前往北方布里古兹要塞，寻找梅和炼丹术线索，也进入奥利维亚·米拉·阿姆斯特朗统治的严寒军营。布里古兹以生存效率维持秩序，奥利维亚不接受中央的空话，只看行动与结果。斯洛斯从地底隧道撞入要塞，暴露了横贯全国的地下工程。北方军人在寒冰、机械和陷阱中压制斯洛斯，兄弟则确认地底隧道正是国土炼成阵的一部分。
金布利被中央释放，带着贤者之石来到北境。他要求爱德华追捕斯卡和马尔科医生，并在布里古兹制造新的血印。爱德华被迫在命令、温莉安全和自身原则之间周旋，最终在矿坑中反抗金布利，却被爆炸钢筋贯穿身体。嵌合兽海因凯尔和达利乌斯救下他，爱德华用自己的生命力封住伤口，付出寿命般的代价继续行动。曾经只想恢复身体的少年，开始主动把自己押进反抗国家计划的战场。
斯卡、马尔科医生、梅和阿尔冯斯在北方汇合后，解读斯卡兄长留下的研究。资料显示，父亲大人把贤者之石的力量铺在地下，截断炼金术师对地壳能量的直接使用；若以炼丹术思路重画阵式，就能在约定之日反转这层封锁。斯卡从单纯复仇者转向承载兄长遗志的人。他仍背负杀戮，却开始把毁灭国家炼金术师的手臂用于保存更多人的未来。
约定之日前夜
塞利姆·布拉德雷暴露为普莱德后，中央的家庭外壳被撕开。普莱德以影子吞噬一切，连母亲的亲情都只是他学习人类表情的环境。阿尔冯斯、姚麟、格利德、嵌合兽和霍恩海姆先后与普莱德周旋。霍恩海姆用光与土困住普莱德，阿尔冯斯把自己封进黑暗中拖延时间。普莱德无法在无光处展开影子，这个最古老的人造人第一次被人类的协作限制。
约定之日临近时，马斯坦阵营发动政变。霍克爱、布雷达、法尔曼、菲利和哈博克从不同位置切断中央通讯，马斯坦则用大总统夫人作为保护牌，迫使舆论和军部基层暂时站到自己一边。奥利维亚进入中央司令部，表面服从高层，实则为布里古兹部队打开通道。阿姆斯特朗家族、北方军和马斯坦旧部在同一天把中央撕开一道缝。
地底的不死军团被启动，注入贤者之石的人偶士兵从培养槽中爬出，先吞噬唤醒它们的研究员，再向入侵者扑去。人类高层期待的不朽露出真实形态：没有人格的饥饿肉体，只会把周围生命当成补充。中央之战由政变变成生存战，梅的炼丹术、阿尔冯斯的盔甲身体、士兵的枪械与格利德的硬化能力都被卷入地下防线。
人造人的崩毁
恩维在追击马尔科医生和梅时被反制，庞大的本体被打回虫状核心。它后来落入马斯坦手中，休斯之死的真相也随之暴露。马斯坦用火焰一次次烧毁恩维的舌头、眼睛和再生组织，几乎把复仇变成自己唯一的行动。霍克爱、爱德华和斯卡挡在他面前，让他停在成为复仇工具之前。恩维看见人类在仇恨边缘仍能互相拉住，最终撕碎自己的核心，死在嫉妒无法承认的关系面前。
金布拉德雷从被炸毁的列车后归来，单人突破中央正门。傅和巴卡尼亚以身体阻挡他的剑，姚麟与格利德接住他们用生命制造的破绽。傅抱着炸药扑向布拉德雷，却被对方斩开；巴卡尼亚把刀锋穿过傅的身体刺入布拉德雷腹部。格利德和姚麟继续追击，兰芳赶回战场接住祖父的死亡。大总统的最强之眼仍能看穿攻击，却第一次被人类以牺牲和接力逼向衰竭。
普莱德在地下追逐爱德华一行时吞噬金布利，试图补充力量。金布利的灵魂在普莱德体内仍保留自我，阻止他夺取爱德华身体。爱德华抓住瞬间进入普莱德内部，把他还原成婴儿般的核心。普莱德曾以父亲大人的长子自居，最终被他轻视的人类意志击碎。人造人的优势逐个崩落，父亲大人的仪式却仍按时间推进。
国土炼成阵发动
父亲大人需要五名打开过真理之门的人柱。爱德华、阿尔冯斯和伊兹米已经落入计划，霍恩海姆也主动进入地下。马斯坦本来没有进行人体炼成，金牙医生和普莱德便以霍克爱的生命威胁他，强行让他参与开启真理之门。马斯坦被夺走视力，成为第五人柱。五人被固定在阵中时，亚美斯多利斯地底的圆环闭合，约定之日的日食遮住天空。
国土炼成阵发动后，全国居民的灵魂被同时抽离。街道上的士兵、平民和孩子倒下，整个国家像当年的克塞尔克塞斯一样陷入死寂。父亲大人借五名人柱的门打开更高层的通道，把亚美斯多利斯数千万灵魂收入体内，又把他称为“神”的存在拖进身体。地面上的月影和地下的阵式合为一体，他终于得到能够制造太阳般能量的力量。
霍恩海姆等待的反制阵随即启动。他在多年旅行中把体内克塞尔克塞斯灵魂安置到亚美斯多利斯各处，那些灵魂在此刻回应他的呼唤，沿着另一个圆环把全国居民的灵魂送回身体。人们从死亡般的停滞中醒来，父亲大人体内刚得到的巨大力量开始失衡。斯卡也在中央地下与布拉德雷决战，他用兄长另一只手臂完成重构阵，发动覆盖全国的逆转炼成，让亚美斯多利斯炼金术师重新接触被压制的地脉力量。
中央地下的终局战
斯卡与布拉德雷在炼成阵旁厮杀。布拉德雷身负重伤，仍以剑和最强之眼压迫对手；斯卡把破坏与重构合在双臂之间，承受伤口继续逼近。日光穿过破口照入地下，布拉德雷的眼被光夺去瞬间优势。斯卡击败大总统，让亚美斯多利斯由人造人掌权的象征倒在约定之日。这个曾经追杀国家炼金术师的伊修瓦尔人，成为打开反制阵的最后行动者。
父亲大人失去全国灵魂后仍试图保存体内的“神”。爱德华、阿尔冯斯、伊兹米、马斯坦、姚麟、梅、霍恩海姆和幸存士兵在地下围攻他。父亲大人释放能量、制造冲击、吞噬贤者之石，试图用剩余生命维持超越者的形态。格利德在姚麟体内做出最后选择，他假装协助父亲大人夺取自己，实际把最硬之盾的碳化能力反向作用在父亲大人身体上。父亲大人撕碎格利德，贪婪的人造人在消散前承认自己真正想要的是朋友。
爱德华的机械臂被毁，阿尔冯斯看见兄长即将被杀，选择让梅发动炼成，把自己的灵魂送回真理之门，换回爱德华的右臂。爱德华带着弟弟交还的手臂冲向父亲大人，用拳头把他体内残余贤者之石打到崩溃。父亲大人被真理拖回门前，他质问自己为何失败，却只能面对自己从诞生起就想逃离的界限。真理把他带回门内，瓶中小人的国家计划在中央地下终结。
兄弟归还代价之后
阿尔冯斯的灵魂回到门后，身体也仍在门的另一侧。爱德华拒绝再用贤者之石换回弟弟，他走到真理面前，把自己的真理之门作为代价交出。真理承认这个答案，爱德华放弃炼金术，换回阿尔冯斯完整的身体。兄弟从不同的代价回到同一处地面：爱德华失去施展炼金术的能力，阿尔冯斯失去在盔甲中度过的年月，却重新拥有饥饿、疲惫、疼痛和呼吸。
霍恩海姆在战后回到雷塞布尔，跪坐在特丽莎墓前。他体内的贤者之石几乎耗尽，漫长生命终于走到终点。这个因克塞尔克塞斯而背负不死的人，在阻止亚美斯多利斯重演惨剧后获得死亡。皮娜可发现他时，他已经带着平静表情离开。霍恩海姆没有亲手抚平儿子们全部伤口，却用数百年时间把最初的罪推回终点。
马斯坦接受马尔科医生带来的贤者之石治疗眼睛，条件是把余生投入伊修瓦尔复兴。斯卡没有被写成无罪之人，他作为幸存者和见证者参与重建，把兄长留下的知识和伊修瓦尔人的历史带回被战争摧毁的土地。姚麟带着贤者之石和格利德的记忆返回新国，承诺保护梅的家族，把争夺皇位的野心转成更大的责任。奥利维亚和马斯坦继续在军部内部推动改变，亚美斯多利斯从父亲大人的地下支配中脱身，却仍要面对战争留下的债。
爱德华回到雷塞布尔，在温莉身边重新学习没有炼金术的生活。阿尔冯斯的身体虚弱，却拥有继续旅行的意志。兄弟后来分别踏上西方与东方的道路，去学习炼金术、炼丹术和不同土地上的知识，把曾经用于取回自身的旅程扩展成连接他人的旅程。亚美斯多利斯的国土炼成阵已经崩毁，贤者之石的秘密也不再只是诱惑。这个国家停在战后重建的起点：人造人的王座消失，死者不能被廉价换回，活着的人必须用不依赖牺牲的方式继续前进。