《新世纪福音战士新剧场版编年史》
第二次冲击后的红色世界
第二次冲击之后，地球已经失去旧时代的平衡。南极被灾变撕开，海水染成赤色，生命与文明都被迫在残余秩序中延续。联合国、特务机关 NERV、秘密议会 SEELE 和碇源堂各自保存着通向补完的知识，却把普通人留在灾后重建的表层世界里，只让他们相信下一轮威胁来自被称为使徒的巨大生命。
第三新东京市建立在要塞化的地下都市之上。城市白天像人类重新站起的证明，地下却藏着 NERV 总部、EVA、莉莉丝，以及通向人类补完计划的仪式场。葛城美里在作战部维持日常防线，赤木律子照看被技术和秘密支撑的系统，碇源堂坐在更深的位置，等待使徒逐一抵达，把战斗、牺牲和孩子们的痛苦引向他预先设计的路线。
EVA 以人形兵器的面目出现，实际承担着接近神之领域的器皿功能。零号机由绫波丽驾驶，初号机等待碇真嗣，二号机属于从欧洲调来的式波·明日香。驾驶员都被安置在“孩子”的位置上，他们被要求进入插入栓，承受同步、伤害、孤独和命令。世界把他们称为希望，NERV 把他们当作钥匙，源堂则把其中每一步都推进到他与碇唯重逢的终点。
真嗣进入第三新东京市
碇真嗣被父亲召回第三新东京市时，第四使徒已经逼近地面。真嗣原本只是被抛弃多年后才重新见到父亲的少年，源堂却直接把他带到初号机前，让他在逃离和驾驶之间选择。零号机的驾驶员绫波丽重伤倒在担架上，真嗣看到她仍要被推上战场，最终进入插入栓，让初号机在陌生疼痛和城市毁坏中站起。
初号机击退使徒后，真嗣被美里接回住所。美里给他提供生活空间，也把他放进 NERV 的作战节奏；学校、城市避难、出击命令和父亲沉默一起挤压他的日常。真嗣每一次驾驶都要先承受恐惧，再被战斗结果推回人群。他击败来袭的使徒，却无法从胜利里得到稳定的归属，只能在美里的照顾、同学的接近和父亲的冷淡之间摸索自己留下来的理由。
第五使徒袭来时，真嗣仍没有把自己和初号机真正连接起来。他在城市外缘与使徒缠斗，插入栓内的疼痛和战场上的惊吓同时压住他，铃原冬二和相田剑介也被卷入避难失误后的危险地带。真嗣最终刺穿使徒核心，却在战后崩溃离开。美里放弃用命令把他拖回 NERV，转而让他看见第三新东京市地下巨大的莉莉丝，告诉他自己所防守的地方到底承载着什么。真嗣回到初号机前时，已经知道逃离也会把别人留在灾难里。
第六使徒以几何形态压制第三新东京市，NERV 无法用常规战术突破它的 AT 力场。美里发动“屋岛作战”，把日本全国电力集中到阳电子炮上，让真嗣从远距离狙击核心。丽驾驶零号机为他挡下反击，机体装甲被高能射流烧穿，真嗣冲到零号机前撬开插入栓，第一次在丽面前露出不受命令控制的关心。丽的微笑让真嗣感到自己与他人之间仍有可以抵达的缝隙。
明日香、真希波与偏离的战局
式波·明日香来到日本后，二号机把 NERV 的战斗方式推向更强的个人对抗。她在海上迎击第七使徒，以压倒性动作证明自己的价值，又在美里家中与真嗣形成紧张的共同生活。她渴望被承认，拒绝让脆弱暴露在别人面前，驾驶二号机成了她维持自我边界的方式。真嗣看见她的自负，也看见她在日常细节里无法安放的孤独。
真希波·真理·伊拉斯多莉亚斯在更早的战斗中驾驶临时五号机迎击封印设施中的使徒。她的行动方式与 NERV 内部的孩子不同，带着对 EVA 的熟悉和危险的兴奋。五号机毁坏后，她并未退出历史，随后在后续战局中多次闯入关键节点。她像一枚来自旧秘密的棋子，能够驾驶多种 EVA，也能够在真嗣、明日香和 WILLE 都濒临断裂时进入战场。
加持良治在这一时期带着源堂需要的“尼布甲尼撒之钥”回到日本。他在美里、律子和 NERV 之间穿行，像一个仍在旧组织内活动的人，也像已经看清 SEELE 与源堂计划的人。那把钥匙后来成为源堂舍弃人类形态的重要凭据；加持本人则在灾变真正扩大时选择阻断第三次冲击，把自己的生命留在十四年空白里。
第八使徒从轨道坠落时，三台 EVA 在城市中奔跑接力。美里把战术建立在驾驶员之间的配合上，真嗣、丽和明日香在巨大的坠落阴影下各自承受冲击，最终合力阻止使徒贯穿地表。那次胜利短暂地形成了共同生活的幻觉：真嗣愿意为大家做饭，丽尝试组织源堂与真嗣见面，明日香也在竞争与孤立之外感到自己可能被纳入某种关系。
三号机事件与近第三次冲击
NERV 接收三号机后，明日香主动成为启动试验驾驶员。她选择驾驶并不只为战斗，也为了让丽筹备的聚餐能够继续，让自己在团队中的位置不再依赖直接争夺。试验当天，第九使徒侵蚀三号机，机体失控，明日香被困在插入栓中。真嗣驾驶初号机出击，却因为插入栓里有人而拒绝攻击。
源堂切断真嗣的控制，启动傀儡系统。初号机在无人性指令下撕碎三号机，咬碎插入栓，明日香在真嗣眼前被重创。真嗣从战场回到 NERV 后不再相信父亲和组织，驾驶初号机胁迫总部，随后离开。他以为拒绝驾驶就能切断暴力链条，但第十使徒很快突破城市防线，零号机被吞噬，丽也被卷入使徒核心。
真希波临时驾驶二号机出击，强行释放兽化形态仍无法阻止第十使徒。真嗣看到丽被吞噬后重新进入初号机，不再为 NERV 的命令而战，只把全部意志压进“救出绫波”这一件事。初号机突破人类控制，伸手进入使徒核心，把丽的存在拉回自己身边。真嗣救人的选择引发初号机觉醒，近第三次冲击在第三新东京市上空展开，城市、生命和世界规则都被神化能量卷入红色光流。
渚薰从月面降临，驾驶 Mark.06 投下卡西乌斯之枪，贯穿初号机并中止觉醒。真嗣和丽被封入初号机内部，近第三次冲击留下无法逆转的开口。灾变并未就此完全收束，后来围绕 Mark.06、莉莉丝和第十二使徒展开的第三次冲击继续撕裂世界，直到加持良治以生命阻断仪式。地表大片区域核心化，幸存者失去城市和旧秩序，NERV 也从人类防卫组织变成被旧同伴反抗的灾变源头。
十四年后的 WILLE 与破碎地表
十四年后，真嗣从初号机中被回收。外面的世界已经变成他无法辨认的第三新东京市：大地赤化，海洋红色，城市废墟被核心化痕迹覆盖，人类只能在有限空间里维持生存。美里率领反 NERV 组织 WILLE，驾驶 AAA Wunder 与 NERV 对抗。WILLE 使用初号机作为 Wunder 的动力核心，却把真嗣视为曾经引发灾变的危险源，给他戴上 DSS 项圈，禁止他再次驾驶 EVA。
真嗣无法理解十四年的空白，也无法承受昔日同伴的敌意。明日香仍停留在少年外貌，EVA 诅咒让驾驶员的身体不再按普通时间成长；她对真嗣的愤怒来自被遗弃在灾变后的十四年，也来自他始终像被保护的孩子一样回到世界。美里把私人情感压在舰长职责之下，只给真嗣最低限度的解释。真嗣在 WILLE 舰上找不到位置，很快被绫波丽外貌的少女带回 NERV。
那名少女驾驶 Mark.09 突入 Wunder，把真嗣从 WILLE 的控制中夺走。真嗣听见她的声音，以为自己终于重新接近被他救出的绫波丽，却很快发现她缺少过去的记忆和情感反应。WILLE 追击失败后，美里没有按下引爆项圈的开关；她放走真嗣的瞬间保留了仍未说出口的信任，也让源堂得到再次使用真嗣的机会。
NERV 总部已成为空旷废墟。源堂和冬月继续执行计划，SEELE 的石板仍在等待约定仪式。真嗣在那里遇见渚薰。薰没有像其他人那样审判他，转而陪他弹钢琴，让他在同步的节奏里重新呼吸。真嗣从薰口中得知近第三次冲击后的世界状态，也被告知可以用两支枪修复一切。修复世界的希望抓住了真嗣，他再次把行动理由交给一个看似温柔的承诺。
第十三号机与第四次冲击
真嗣与薰共同驾驶第十三号机，进入中央教条，寻找朗基努斯之枪与卡西乌斯之枪。明日香和真希波驾驶改装后的 EVA 阻拦他们，明日香不断告诉真嗣那里的枪不对，真嗣却把所有阻力都理解成别人阻止他赎罪。他已经无法忍受自己造成灾变的事实，只能抓住“拔出枪就能恢复世界”的单一路径。
中央教条深处悬挂着断首的莉莉丝，Mark.06 与第十二使徒的残余纠缠在一起。薰发现两支枪都变成朗基努斯，明白 SEELE 与源堂早已改写局面，但真嗣在恐慌中拒绝停止。他强行拔出双枪，第十二使徒释放并被第十三号机吸收，薰从第一使徒被降格为第十三使徒，仪式条件随之成立。源堂让真嗣的悔罪变成钥匙，第四次冲击开始展开。
薰在失控前还试图把责任从真嗣身上移开。他告诉真嗣自己误判了枪，也试图让第十三号机停下；明日香和真希波在外部用兵器撕扯仪式结构，仍无法改变核心条件已经完成的事实。真嗣越想修复世界，越被源堂推向新的冲击。他在插入栓中抓住操纵杆，做出的动作却再次成为别人计划的启动步骤。
薰为了阻止冲击，把 DSS 项圈转移到自己身上。明日香以改二号机强行刺入第十三号机，真希波拖住濒临失控的局面，但真正停止仪式的是薰的死亡和真希波拔出真嗣的插入栓。项圈爆炸时，薰在真嗣面前死去，真嗣再次失去他刚刚建立的依靠。WILLE 勉强压下第四次冲击，世界没有恢复，真嗣也没有获得赎罪，只剩下更深的沉默。
第三村与重新学习生活
明日香把失去反应的真嗣拖出废墟，绫波丽的复制体跟在他们身后。三人穿过赤色荒野，抵达由幸存者建立的第三村。村庄依靠反核心化设施、农作、铁路和互助维持，铃原冬二成为医生，洞木光成了母亲，剑介在旧设备和观察站之间支撑生活。这里没有 NERV 的命令，也没有 EVA 的战斗，只有需要每天完成的劳动、食物和人与人之间缓慢恢复的信任。
绫波丽的复制体在村中第一次学习普通生活。她不知道问候、工作、名字、婴儿和感情的意义，却在村民的耐心中一点点建立经验。她被叫作“小绫波”，抱过光的孩子燕，插秧，洗澡，收下衣服，也学会把“谢谢”和“再见”说给具体的人。她的身体受限于 NERV 制造的维持条件，离开设施后无法长期存活，但她在短暂时间里真正触碰了人类生活。
真嗣最初拒绝吃饭、说话和回应。剑介没有逼迫他解释灾难，只把他安置在能够看见人们工作的地方。明日香用粗暴方式迫使他维持身体，随后也承认自己早已在十四年中变成无法回到普通孩子的人。小绫波消散前向真嗣告别，她的死亡让真嗣再次面对失去，却也让他第一次不再躲进完全沉默。他回到 WILLE 之前，已经在第三村看见一种没有补完、没有神化、也没有父亲计划的生存方式。
第三村也让真嗣看见成年人在灾后承担的另一种责任。冬二没有继续停留在学生身份中，他为伤病者处理身体，把过去无法保护妹妹的悔恨转化成日常工作；剑介保存设备、修理设施，也给明日香提供一个不必立刻战斗的房间。这里的幸存者没有掌握神的力量，只靠互相分配食物、维护封印柱、照顾孩子来延续世界。真嗣从这些微小行动中重新获得站起来的尺度。
巴黎复原与最终作战
WILLE 在巴黎执行复原作战时，赤化城市被核心化封锁。Wunder 的成员降落到封印柱上，必须在短暂时间内启动反核心化系统，恢复欧洲支援设施。真希波驾驶八号机拦截大量 NERV EVA，明日香也在后续战斗中持续作为 WILLE 的主力。巴黎被重新拉回可用状态后，WILLE 获得补给与部件，最终作战不再停留在逃亡状态，转向带着恢复地表的可能性进入 NERV 的仪式场。
源堂已经放弃普通人类身体，用尼布甲尼撒之钥进入接近神的状态。他切断 SEELE，宣告旧议会完成使命，又利用 NERV 剩余的 EVA、亚当斯容器和黑月继续推进补完。冬月协助他清理道路，明知结局会吞没自身，仍选择陪他走到最后。源堂的目标从未改变：他要在补完中抵达碇唯所在之处，让所有阻隔个体的界限消失。
WILLE 发动“大和作战”，Wunder 进入南极旧冲击区域。那里像世界伤口的中心，布满红色地表、旧十字爆心和被仪式牵引的遗迹。美里率舰队推进，真希波和明日香负责突入，真嗣请求同行。舰上成员仍记得他引发的灾难，铃原樱甚至用枪阻止他再次驾驶，但美里选择承担舰长和监护人的责任。她承认真嗣曾造成灾变，也承认成年人把孩子推向 EVA 的罪。真嗣因此获得最后一次面对父亲的机会。
南极、明日香与附加冲击
明日香驾驶改二号机突入第十三号机所在区域，试图以停止信号封锁它。源堂预先布置的力量让第十三号机保持沉默的诱饵状态，二号机的攻击无法完成终结。明日香在绝境中释放体内封印的第九使徒力量，让二号机进入更深层形态。她以自身作为代价冲向目标，却发现第十三号机需要的正是使徒驾驶员。
明日香被第十三号机吞没前，看见“式波系列”的真相和原型的影子。她一直以为自己必须独自变强，因为她作为被制造、筛选、复制的驾驶员，从一开始就被训练成不依赖任何人的兵器。第十三号机接纳她后，源堂取得仪式所需条件。她的战斗未能摧毁源堂计划，却把她长期压抑的孤独推到终局前台，让真嗣后来必须回应她曾经真实存在的感情。
源堂夺取 Wunder 的同型舰与黑月结构，打开通向反宇宙的入口。WILLE 的舰队被接连压制，冬月释放多台 EVA 作为真希波的路径，真希波驾驶八号机不断吸收亚当斯容器，追向源堂制造的仪式深处。美里意识到普通武器无法抵达源堂所在之处，决定把 Wunder 本身、舰上剩余力量和自己的生命投入最后一击，为真嗣造出新的盖乌斯之枪。Wunder 作为人类意志的船撞向仪式核心，美里在爆炸中完成对真嗣的送行。
反宇宙内部出现各各他对象，记忆、舞台、现实和想象在那里失去普通边界。源堂试图利用虚构与现实之间的缝隙发动附加冲击，让人类在他设计的补完中重新组合。盖乌斯之枪的诞生改变了这场仪式的方向：它来自 WILLE、来自美里的决断，也来自幸存者拒绝交出未来的意志。真嗣进入反宇宙时，已经不再只代表一个被父亲召来的驾驶员。
反宇宙中的父子对话
真嗣进入反宇宙后，与源堂在不同记忆舞台中交战。第十三号机与初号机的战斗穿过第三新东京市、NERV 总部和旧日场景，外部战争逐渐变成父子之间的对话。源堂拥有两支旧枪和补完仪式，却无法用战斗压倒已经不再逃避的真嗣。真嗣不再只要求父亲解释，也不再把自己关进被遗弃的痛苦里，并一步步走进源堂真正害怕的空洞。
源堂的过去在补完中展开。他少年时代无法与他人建立关系，借由知识、音乐和孤独保护自己，直到遇见碇唯。唯让他第一次愿意进入别人所在的世界，也让失去变成他无法承受的断裂。唯消失在 EVA 计划后，源堂把所有人际关系、组织、孩子和仪式都变成通向重逢的工具。他伤害真嗣，源于他把情感封进只允许自己抵达唯的道路里。
真嗣看见源堂的恐惧后，没有用新的冲击覆盖旧冲击。他让父亲面对自己一直逃避的儿子，也让源堂承认自己与真嗣拥有同样的孤独。唯在初号机中等待的事实最终浮现，源堂发现他寻找的对象始终与真嗣的生命连接在一起。父子之间的封闭墙壁被打开，源堂不再继续推进补完。他与唯一起接过初号机和第十三号机所承载的终结，把离别归还给自己。
真嗣的告别与没有 EVA 的新世界
真嗣随后逐一进入其他人的补完场景。明日香回到儿时孤独的空间，面对自己长期渴望被看见的伤口。真嗣承认自己曾喜欢她，也把她送回第三村，送到剑介所在的现实之中，让她不再被困在对他的等待和怨恨里。明日香的插入栓落回现实，她终于以成年后的身体躺在海边，离开了只属于驾驶员的停滞时间。
薰的场景显露出重复相遇的痕迹。他一直试图让真嗣幸福，却把自己的存在绑定在拯救真嗣的循环里。加持在补完中与他交谈，让他看见自己也需要从“让真嗣幸福”的使命中释放。薰接受了不再作为真嗣救世主的结局，走向属于自己的安宁。绫波丽也在补完中得到告别，她从源堂和唯的复制回声中脱身，以曾经与真嗣相遇、在不同形态中学习生活的人这一身份离开 EVA 的结构。
真嗣最后选择“新世纪”：他不让世界进入所有人融合的补完，也不再重设一个继续需要 EVA、使徒和冲击的循环。他用盖乌斯之枪让所有 Evangelion 消失，让神化兵器、父辈计划和孩子们被迫驾驶的命运一起退出世界。初号机中，唯和源堂承担最后的消失；外部世界的红色废墟开始退去，第三村仍然存在，人们不靠补完也能继续生活。
真希波抵达正在消失的空间，把真嗣从最后的海岸带走。终局处的车站里，真嗣已经长大，明日香、丽和薰在另一侧站台保持各自的距离，列车驶来，旧舞台不再把他们锁回 EVA 的座舱。真希波解开真嗣颈上的残余束缚，牵着他冲出车站。世界停在没有 EVA 的现实之中：NERV 的仪式结束，SEELE 的计划消散，美里与加持把希望交给幸存者，真嗣带着失去、理解和选择进入新的日常。