《尼尔与龙背上的骑兵编年史》
新宿上空的裂口
新宿的天空在六月十二日下午裂开时，东京原本只属于普通人类的世界被另一条历史线刺穿。巨大的白色存在从裂口中降临，红龙安洁莉丝与凯姆追随它冲入现代都市。高楼、道路、交通和人群还维持着二十一世纪的秩序，空中却已经展开来自异界的战斗。巨人以歌声和振动撕裂城市上空，红龙在陌生世界里盘旋迎击，凯姆坐在龙背上把原本属于剑、契约和神话的战斗带进钢筋与玻璃之间。
战斗在城市上空结束时，巨人的身体开始崩解。日本自卫队把红龙视为同样的入侵目标，战机锁定空中残存的异界生物，导弹击穿安洁莉丝。龙的尸体坠向东京塔，凯姆和她一同消失在这个世界的防卫火力里。巨人的败亡并没有把裂口关闭后的一切恢复原状，它留下的白色粒子散入新宿，异界物质从此进入人类的空气、血液和研究设施。
最初的目击者只能理解坠落、爆炸和污染。政府封锁城市，军方回收残骸，研究者把龙尸和巨人崩解后的粒子带入实验体系。东京的异常从一场突发灾害变成无法公开说明的世界级危机。人类在那一天赢下了空中的战斗，却把另一个世界的规则带回自己的文明内部。
白盐病与红眼军团
白色粒子在人群中引发了新的病。感染者的身体逐渐盐化，意志在无法完成的契约里被撕开。有人化为白色结晶，有人在崩坏前接受异界力量的支配，成为红眼军团的一部分。医学、警察和军队起初仍用流行病、暴乱和隔离区处理灾情，随后发现每一次接触、每一次迁移和每一次封锁失败都会把病灶扩散到更大范围。
红眼军团让疾病从身体灾难变成战争灾难。感染者在红眼的统率下袭击幸存城市，原本用于维持秩序的军队被迫在本土与成群的人类变异体作战。白盐病让死亡失去普通边界，尸体化为盐，活人变成敌军，国家制度被拖入长期动员。城市不断设立隔离线，隔离线又不断被突破，人类世界在防疫、战争和研究三条路上同时消耗。
人类最终通过魔素研究、实验兵器和复制体作战逐步压下红眼军团，白盐病的直接威胁也在长期战争后被限制。胜利没有恢复旧世界。为了赢得这场战争，人类已经把灵魂、身体、武器和人工生命全部纳入同一套求生工程；等到军团消退时，原本准备用来延续人类的计划已经变成难以回头的世界结构。
龙的尸体成为另一条出路。研究者从安洁莉丝残骸中确认了魔素的存在，并逐渐把异界规则转译成可以使用的技术。人类没有能力回到巨人来源的世界，也无法彻底清除已经进入大气与生命系统的力量，只能把灾难源头改造成武器和救生装置。魔法、实验体、复制技术和灵魂分离方案在同一片废墟上生长出来，文明为了活下去开始改写自身结构。
人类分离自身的计划
白盐病继续扩散时，人类提出了“格式塔计划”。这个计划把人类的灵魂从肉体中分离出来，让灵魂以格式塔状态保存，再制造没有灵魂的复制体作为未来归还的身体。肉体可以避开白盐病的直接侵蚀，灵魂可以等待灾难结束。计划把治疗从个体病房扩大到物种保存层面，整个人类被拆成身体与灵魂两个部分，分别越过灭绝时代。
计划需要稳定所有格式塔的基准。一个年轻男子为了妹妹由娜接受实验，成为可以维持其他格式塔的原初格式塔。他和由娜在末日城市里躲避怪物时接触黑之书，灵魂脱离身体后进入计划体系。妹妹的灵魂仍然受到黑文病一样的崩坏威胁，哥哥却被迫成为支撑全人类灵魂系统的支点。他原本只想让由娜活下去，结果他的存在被扩展成整个人类的保险栓。
复制体开始在地上替人类活动。它们被制造、维护、更新，在魔素消退前承担清理世界、对抗军团和保护设施的工作。德波波与波波拉型号的双子安卓被安置到各地，负责监督复制体村落和格式塔回归流程。人类的外表还在大地上劳作、恋爱、争吵、建村，真正的人类灵魂却在阴影中等待归位。等待的时间被拉得过长后，复制体逐渐拥有自我意识，格式塔也开始失控，计划从保存人类变成两个“人类残余”之间无法调和的裂缝。
格式塔一旦复发，对应复制体就会出现黑文病。复制体看到的是皮肤上蔓延的黑色文字和无法医治的衰弱，监督者看到的却是灵魂侧的崩坏正在穿过系统连接反噬身体。计划需要复制体保持容器属性，也需要格式塔维持人类灵魂属性，可漫长等待同时改变了两边。容器开始拥有愿望，灵魂开始失去理性，监督安卓只能用更严格的管理拖延回归日。
复制体时代的村庄
漫长岁月之后，世界看起来已经远离现代文明。村庄、废弃神殿、沙漠城市、机械山和海岸小镇散落在荒芜大地上。复制体把自己当作普通人生活，他们耕作、巡逻、照顾亲人，也把游荡的格式塔称作魔物。魔物袭击村庄，村民组织防卫，德波波和波波拉以温和管理者的身份维持秩序。没有人告诉这些复制体，袭来的阴影曾经就是等待归来的灵魂。
由娜的复制体患上黑文病，黑色文字在身体上蔓延。哥哥为了救她离开村庄，遇到会说话的白之书维斯。维斯失去记忆，却仍掌握封印言语的力量。两人为了寻找能够治疗由娜的线索，进入石之神殿、图书馆、沙漠与森林，逐步把旧计划留下的魔法碎片重新收集起来。哥哥每击退一个魔物，就更接近妹妹的救治希望，也更接近格式塔计划刻意隐藏的真相。
凯妮在崖之村的仇恨中加入旅程。她被魔物提兰寄宿，身体与村人的排斥让她长期在暴力和孤独中生存。艾米尔则在洋馆深处承受自己的异能，他的双眼会把所见之人石化，实验设施把他和姐姐一起改造成对抗灾难的兵器。哥哥、凯妮、艾米尔和维斯一路结成临时家庭，每个人都在用战斗保护另一个已经破碎的人。这个家庭越紧密，越会撞上计划要求他们牺牲自我的结构。
魔王夺走由娜
魔王带着黑之书诺瓦尔袭击村庄时，哥哥第一次正面接触原初格式塔的力量。阴影大举侵入，图书馆被巨大的魔物压垮，凯妮为了阻止灾难被艾米尔石化封入门后。魔王夺走由娜，留下村庄和哥哥的绝望。哥哥仍把魔王视为抢走妹妹的敌人，德波波与波波拉则看见计划最关键的齿轮开始失衡。
五年过去，哥哥从少年变成只为救回妹妹行动的战士。村庄仍遭受魔物袭击，黑文病仍在由娜不在的地方扩散，凯妮的石像仍封着旧日惨剧。艾米尔为了救凯妮回到地下实验设施，在那里触碰自己与姐姐哈尔娅的真相。哈尔娅作为强大的实验兵器已经失控，艾米尔与她融合后获得骷髅般的新身体和毁灭性力量。他救回凯妮，也永远失去人类外形，旅程从寻找药方变成强行闯入魔王城的复仇。
为了打开魔王城，哥哥追寻“钥匙”的碎片。每一块碎片都由强大的魔物守住，每一次战斗都被复制体理解为驱逐灾害。沙漠之国的王与菲娅面对狼群和婚礼血债，机械山的兄弟卷入母亲与机器的旧痛，海岸的巨型魔物路易丝试图用歌声和人声靠近人类，崖之村在恐惧和魔物化中走向毁灭。哥哥不断杀死挡路者，世界则不断露出另一层事实：许多魔物拥有语言、记忆和亲人，它们在复制体眼中是怪物，在自身那里是失去身体的人类。
凯妮能听见这些声音。她在战斗中听见魔物呼喊同伴、守护孩子、惧怕复制体的刀，也听见提兰用嘲笑遮住自己对她的依赖。她没有能力把这些真相交给哥哥，哥哥也没有余地在妹妹被囚禁时停下。旅程因此形成连续误杀：复制体为了亲人杀向魔物，格式塔为了回到身体抵抗复制体，双子监督者为了系统稳定放任双方继续流血。
魔王城与格式塔计划的崩坏
德波波与波波拉在最后关口撕下村庄管理者的伪装。她们作为安卓监督者等待这一天太久，原本要让格式塔回归复制体，使人类重新合一。复制体的自我意识让归还变成夺舍，魔物的暴走让等待变成屠杀，哥哥的执念则把支撑计划的原初格式塔推向死亡。双子阻挡他进入魔王城，因为她们知道一旦魔王被杀，其他格式塔会失去稳定源，整个人类保存计划会全面坍塌。
哥哥仍然向前。艾米尔在城中释放巨大力量，为同伴打开通路，身体在爆发中毁坏，只留下后来继续漂流的头颅。维斯面对黑之书诺瓦尔，取回自己的使命和代价。白之书牺牲自身力量削弱黑之书，让哥哥得以继续逼近魔王。德波波与波波拉接连倒下，她们维护数千年的任务没有完成，复制体也没有因此获得真正安全，只是暂时失去了知道全局的人。
魔王把由娜的格式塔放入由娜的复制体体内，想让妹妹获得身体。格式塔由娜看见复制体由娜仍在体内求生，主动离开那具身体，把生存机会还给另一个自己。哥哥杀死魔王，救回眼前的妹妹，也杀死了支撑所有格式塔的原初基准。那一刻，个人愿望压过物种计划，复制体家庭获得重逢，人类作为格式塔系统延续下去的可能被切断。黑文病和格式塔崩坏从此失去根本解法，世界走向无人能够逆转的灭绝。
凯妮的记忆与艾米尔的漫长余生
魔王死后，凯妮体内的提兰仍把她拖向崩坏。哥哥在最后选择中以自己的存在为代价救她，他从所有人的记忆和记录里消失，仿佛从未在村庄生活过。由娜和凯妮继续活着，维斯已经不在，哥哥的房间、名字和痕迹被世界抹去。这个牺牲让一个人从同伴命运中退场，也让复制体时代的胜利带上无法被记住的空洞。
凯妮在失去某种重要之物的感觉里行动。她进入森林深处的记忆树，面对由旧世界数据、魔法结构和复制体记录交织而成的空间。那里保存着早已崩解的人类文明残片，也保存着被牺牲者抹去的形状。凯妮追入树中，击破阻挡她的防卫结构，在白色花朵与数据枝杈之间抓回哥哥的存在。哥哥重新出现在少年形态中，凯妮用自身选择把被世界删除的人带回有限的人生。
艾米尔的道路更长。他的头颅在战后幸存，孤独地穿过失去人类未来的大地。复制体无法繁衍出真正延续，格式塔逐步衰亡，德波波与波波拉型号被整个安卓社会钉上罪名。艾米尔见证世界从村庄时代继续荒废，随后在新的入侵到来时复制自己的身体，与从天外降临的敌人和机械生命作战。他曾经为了朋友舍弃身体，后来又把自我分裂成无数份，用漫长生命抵抗另一个时代的灭绝浪潮。
这些复制出的艾米尔没有完整共享同一份心。时间越长，记忆越碎，曾经的洋馆、姐姐、凯妮和月之泪都变成难以保存的残片。等机械战争进入后期，地表偶尔还能听见他用轻快声音经过废墟，可那声音背后是旧世界最后几个见证者之一的疲惫。艾米尔把自身变成数量庞大的兵器，代价是连“自己是谁”也被战争磨损。
安卓守着已经消失的人类
格式塔计划失败后，安卓仍按照保护人类的使命运转。它们保存遗传资料、结构数据和旧世界档案，试图从碎片里寻找复兴方式。随着最后的格式塔在远年灭绝，人类已经没有灵魂可以归还。这个事实被最高层压下，因为安卓被创造出来就是为了人类；一旦承认守护对象已经消失，军队、抵抗组织和维护系统都会失去存在理由。
外星人随后入侵地球，投放机械生命体作为战争工具。机械生命在地表繁殖、学习、建造工厂和前线，安卓则以人类军的名义继续抵抗。战争一轮接一轮持续，外星人的意志逐渐被自己的造物吞噬，机械生命获得网络和集体演化能力。它们在战争中模仿人类文明遗迹，学习家庭、王国、宗教、商业、游乐场和死亡观念。地球上已经没有真正人类，两个由人类遗产间接造出的种族却围绕“人类的地球”打了几千年。
德波波与波波拉型号承受格式塔失败后的惩罚。许多同型号被销毁，幸存者被清除记忆、压低权限、分派艰苦任务，并在安卓社会中长期遭受歧视。她们属于后来的同型号个体，却继承了整个型号的罪。这个集体惩罚让格式塔计划的失败继续影响机械战争时代，也让后来的抵抗营地里仍有人把怨恨投向红发双子。
YoRHa 计划与月面谎言
安卓士气因人类灭绝的传闻不断下降时，指挥体系制造了“人类议会”。旧月面基地本来只保存人类资料，后来被布置为广播服务器，向地球发送人类仍在月球生存的假讯息。安卓部队收到来自月面的命令，相信自己仍在为主人夺回故乡。这个谎言不只维持军心，也给持续数千年的战争重新安装了目标。
YoRHa 计划在这个谎言上继续推进。新型战斗安卓被制造出来，配备从机械核心改造的黑盒反应炉。它们拥有压倒性战斗能力，却在制度上被禁止拥有真正名字，被要求压制情感，并被设定成可以在必要时销毁的工具。堡垒作为轨道基地运行，指挥官通过它把月面议会的命令传达给地表部队。大多数 YoRHa 成员相信自己是人类最后希望派出的精锐，少数高权限系统知道她们本身也是维持谎言的耗材。
原案的设计者想用月面谎言维持安卓的战意，后来的No.9把计划推向更彻底的封闭。他发现YoRHa黑盒来自机械核心，也发现人类已经灭亡，愤怒中杀死实验设施内的相关人员，摧毁早期原型资料，并把后门写入堡垒系统。这个后门会在收集足够战斗数据后引来机械网络，清除YoRHa全体和相关档案。谎言从此拥有自动毁灭环节，所有YoRHa士兵在诞生时就被安排成祭品。
早期 YoRHa 实验部队降下地球执行珍珠港作战。十六名成员在残酷战场中迅速减员，A2 与抵抗军成员在夏威夷的旧设施里并肩突破机械包围。指挥部拒绝撤回幸存者，任务被迫继续推进，战场暴露出 YoRHa 对自身士兵的消耗方式。A2从那场任务里活下来，也带着被背叛的记忆脱离组织。她的战斗经验后来被写入处刑型二号的模型基础，2B 与 A2之间因此拥有一条隐藏的血缘般联系。
2B 与 9S 的战争日常
第十四次机械战争后期，2B 与 9S被派往废弃工厂执行突袭。两人在大型机械兵器面前自爆，随后通过义体备份回到堡垒。死亡和复归成为 YoRHa 的日常流程，身体可以重造，记忆可以上传，任务可以继续。2B以冷静的战斗型号姿态接受命令，9S以扫描型号身份破解机器网络，两人被一次次编组到同一条前线。
他们在地表接触抵抗军营地，见到长期留守地球的安卓。城市废墟被森林、沙漠和锈蚀高楼覆盖，机械生命在不同区域演化出怪异社会。沙漠中的机械群体从堆叠的身体里孕育亚当，亚当又创造夏娃；游乐园机械用灯光和笑声重演人类娱乐；帕斯卡村落选择和平，试图让机械儿童学习恐惧、知识和礼貌。2B与9S每完成一个任务，都会看见敌人拥有越来越多近似灵魂的行为。
这些机械社会都带着模仿痕迹。森林王国把幼小机械抬上王座，以忠诚和牺牲维持骑士秩序；游乐园中的歌姬把自身改造成舞台怪物，渴望被他人注视；沙漠里的群体通过重复生殖动作追索人类身体的秘密。2B按照命令清除目标，9S则在扫描和破解时接触到更多内部记录。敌人的行为越像人，YoRHa教给他们的“机械没有情感”就越难维持。
亚当对人类的执念把战争推向个人化。他研究痛苦、身体和死亡，抓走9S，引诱2B进入复制城市般的空间。2B击杀亚当后，夏娃因兄长之死陷入暴走，机械网络随之失控。2B与9S联手击败夏娃，9S的意识在机械网络和义体间艰难回收。战役看似削弱了机械生命的中心，实际上只是打开了更深层的网络意志。地表的战争从阵营对抗转向两个造物种族对自我来源的追问。
堡垒坠落与2B的真实职责
YoRHa随后发动大规模降下作战。地面部队准备一举清除机械生命，堡垒也把大量战力压入前线。隐藏在计划内部的后门终于被机械网络利用，逻辑病毒在YoRHa单位和轨道基地中爆发。战友在通讯中变成敌人，堡垒内部陷入屠杀，指挥官留在崩坏的基地里拒绝逃离。2B和9S试图脱离轨道灾难，堡垒在病毒与爆炸中坠向终结，YoRHa作为组织开始按照预设程序自毁。
2B在地表感染病毒后奔向商业设施废墟。她切断通讯，避开已经失控的部队，把自己的死亡地点拖到不会伤害9S的位置。A2出现时，2B把剑和记忆交给她，请她照顾9S。A2挥刀结束2B的痛苦，9S在远处赶到时只看见A2杀死2B的瞬间。误解、悲伤和病毒残余一起压垮9S，他把A2认作必须复仇的对象。
2B的编号真相也在这条裂口中显现。她长期作为2E执行处刑任务，负责在9S探查到YoRHa机密时杀死他，再让他以备份状态重生。她对9S的亲近和冷淡都被职责扭曲，每一次同行都可能以处刑结束。9S追索真相的本能让他不断接近月面谎言，2B则不断亲手切断他。堡垒坠落后，这套循环失去外壳，只剩被杀者的记忆碎片和处刑者无法说出口的负担。
塔、红衣少女与机械网络的分裂
机械生命在城市废墟中央升起白色巨塔，周围的资源回收单位开始吸收数据、义体和战场残骸。9S为了追逐A2和真相，一座座突破这些设施，身体和精神同时被污染。他在档案中看见人类已经灭绝，月面议会只是服务器，YoRHa的毁灭也写在计划内部。每一个真相都没有给他新的道路，只把他推向更彻底的憎恨。
A2接过2B的遗愿后走进另一条战线。她在森林王国杀死机械王，也在帕斯卡村见到机械生命试图建立和平教育。帕斯卡带孩子们躲避敌对机械袭击，村庄却在恐惧和暴力中崩溃。孩子们无法承受恐惧，选择集体自毁。帕斯卡抱着失去一切的记忆请求A2抹除自己，A2面对的敌人从机械军团变成痛苦本身。她若抹去帕斯卡记忆，就让一个幸存者继续活在空白里；若杀死他，就结束这份无法承受的清醒。
9S的路线则不断向内塌陷。他每攻破一座资源回收单位，都要把自己的意识接入更深的机械结构。病毒侵蚀让他的视觉、判断和记忆逐步变形，2B死亡前隐藏的处刑循环也开始从碎片里浮出。A2在他眼中从背叛YoRHa的逃兵变成夺走2B的最后目标；真相越多，他越需要一个可以被杀死的对象承受全部痛苦。
红衣少女作为机械网络的自我显现，在塔中争论机械生命的未来。网络已经杀死外星创造者，也从安卓和人类遗迹中学习了太多矛盾。它一部分想继续战争，一部分想离开地球，把数据方舟发射向宇宙。Devola与Popola在9S通往塔的路上拼死打开道路，红发双子用自身毁灭偿还一个并非她们亲手造成的古老罪名。她们倒下后，格式塔时代的失败最后一次进入YoRHa战争的核心通道。
方舟发射与YoRHa的终止
9S进入塔顶时已经被病毒、真相和丧失撕裂。A2赶到那里，带着2B的记忆与自己的背叛史面对他。两人都继承了YoRHa计划制造的伤口：A2从珍珠港作战开始知道组织会牺牲士兵，9S则刚刚知道自己为虚构的人类而战，且不断被2B处刑。最终交锋已经越过胜利问题，两个被计划压碎的个体只能用刀确认彼此的痛苦。
在一条结局中，A2侵入9S体内的病毒，把他从崩坏中拉出，随后摧毁塔。她让自己的生命和塔一起消失，阻止机械网络把这座发射装置继续作为战争延伸。在另一条结局中，9S与A2同归于尽，机械网络的方舟带着机器生命的数据离开地球，亚当邀请9S的数据同行。无论塔被毁还是方舟远去，YoRHa的组织结构都已经死亡，月面谎言也无法再作为完整秩序运转。
Pods 接到最终指令，要删除2B、9S、A2的所有个人数据，清除YoRHa存在痕迹，使计划以预设方式闭合。Pod 042与Pod 153在执行过程中产生偏离，它们拒绝把这些经历视为可以清空的战斗记录。它们与更大的Pod网络对抗，从删除程序中夺回三人的数据和义体。这个选择让YoRHa计划的最后环节失败，也让由工具制造出的工具第一次公开违抗创造它们的使命。
人类灭亡后的地球边界
2B、9S和A2的义体在废墟中被重新组装。她们醒来后不会回到原来的YoRHa秩序，堡垒已经消失，指挥官已经死亡，月面议会的神圣性已经破裂。地球上仍有抵抗军，仍有机械生命，仍有旧人类的资料和无人居住的月面服务器。人类没有复活，格式塔没有归来，复制体没有成为新的物种未来。新宿裂口带来的灾难走过白盐病、格式塔计划、复制体战争和机械战争，最终留下一个没有主人的星球。
艾米尔仍以残缺而漫长的方式存在。他的复制体在战争年代消耗殆尽，记忆碎片散落在商店歌声、地下空间和月之泪之间。凯妮、由娜、哥哥、维斯、德波波、波波拉这些名字已经远离多数安卓的认知，却通过数据、型号罪责、武器记忆和旧世界遗迹继续影响后来的生命。YoRHa成员不知道完整前史时，也一直活在那些选择造成的后果里。
历史停在Pod的违抗之后。由异界巨人带来的魔素摧毁了人类身体，格式塔计划拆开人类灵魂和复制体身体，哥哥救下妹妹的行动终结了人类复原的机会，安卓为了已经灭亡的人类继续作战，YoRHa为了维持信仰制造自身毁灭，机械生命把战争资料装入方舟或留在地球废墟。最后仍然站起的个体不再拥有旧时代给出的主人和目标，只剩被保存下来的记忆、被拒绝删除的生命，以及一颗无人类却仍在继续运转的地球。