《蛇与爱国者编年史》
贤者遗产与The Boss的时代
二十世纪的战争把世界推向核威慑之前，已经有一群掌握财富和权力的人试图把国家、军队和情报机关编进同一张隐秘网络。美国、苏联和中国的权力集团共同积累了巨额资金，这笔贤者遗产原本被用来维持战后秩序，随后散落进各国银行和情报战线。掌握遗产的人能够购买军队、扶植政权、制造叛乱，也能够让某个士兵在官方历史里消失。
The Boss在第二次世界大战中率领眼镜蛇部队作战。她和同伴们曾经以个人身体承受国家意志，把战场上的牺牲转化成胜利的工具。她的孩子被国家夺走，她的战友The Sorrow死在冷战阵营的裂缝里，她仍然继续服从任务。她相信世界应当作为一个整体存在，士兵不该永远受困于国界和政客的命令。这个愿望后来被不同的人继承，也被不同的人扭曲。
核武器出现后，战争从战壕和城市转向威慑、潜伏和代理冲突。超级大国都需要能在黑暗里行动的人：进入敌境，夺回科学家，切断核武开发，把责任压在可以牺牲的个体身上。The Boss和她最优秀的弟子Naked Snake因此站在同一条历史裂缝两侧。一个人背负国家命令假装叛变，一个人被派去杀死自己的导师，贤者遗产从此和“蛇”的名字绑在一起。
1964：贞洁任务的失败
1964年，苏联科学家索科洛夫开发出能够携带核弹头的沙戈霍德。美国担心苏联获得新的核打击优势，派出FOX部队执行贞洁任务。Naked Snake空降到采利诺亚尔斯克，靠无线电接受Zero、Para-Medic和The Boss的支援，潜入丛林营救索科洛夫。他在任务中第一次遭遇年轻的山猫，击退GRU部队，把科学家带出研究设施，局面看似已经回到可控范围。
The Boss在撤离前现身。她夺走索科洛夫，把Snake打到几乎丧命，并带着眼镜蛇部队加入沃尔金阵营。沃尔金随后用The Boss带来的戴维·克罗克特核弹摧毁索科洛夫的设计局，把美国核武在苏联领土爆炸的事实摆到两国领袖面前。美国政府为了避免全面核战，接受苏联提出的清洗条件：杀死沃尔金，夺回沙戈霍德，消灭The Boss，把整场灾难包装成叛徒造成的事故。
Snake带着伤口再次进入丛林。任务目标已经从救人变成灭口，他必须在敌境内拆除沙戈霍德、收回核弹、追索贤者遗产，并亲手处理导师的叛变。EVA以双重身份靠近他，山猫在追捕与试探之间反复出现，沃尔金把索科洛夫、格兰宁和自己的盟友都当成通往权力的零件。Snake从这一刻开始被国家推入一场无法公开的战争，任务成功会让他成为英雄，真相却会让他失去对英雄称号的信任。
蛇食者行动与Big Boss的诞生
Snake在丛林里逐个击败眼镜蛇部队成员。他穿过沼泽、山地、洞窟和军事基地，见到格兰宁被沃尔金折磨至死，也得知双足核战平台Metal Gear的早期构想已经在军工体系内出现。沙戈霍德代表的是当前核威慑的移动化，Metal Gear则预示着下一阶段的核武逻辑：只要武器可以自行越境部署，任何国家的边界都能被一台机器踩碎。
Snake潜入格罗兹尼格勒后被沃尔金识破。审讯室里，沃尔金逼问贤者遗产，The Boss和山猫旁观，EVA的身份也在混乱中暴露。Snake为救EVA失去右眼，被投入牢房，又从瀑布中逃出生天。他在濒死幻觉中看见被自己杀死的人，The Sorrow让战场的亡魂从他身边经过。Snake醒来后回到基地，引爆沙戈霍德机库，再在追击中击败沃尔金，让这个用核弹和遗产谋取政变的军官死在自己的武器阴影下。
湖边的花海里，The Boss等着Snake。她把自己的愿望、贤者会的旧梦和国家命令压缩成最后一场决斗。Snake击败她后，用她的爱国者手枪完成处决。EVA留下录音，揭开The Boss真正的任务：她按照CIA命令接近沃尔金，夺回贤者遗产；核爆发生后，她必须带着叛徒之名死去，让美国从事故中脱身。Snake得到“Big Boss”的称号，站在The Boss墓前敬礼，英雄的名号从这一刻带上了欺骗、牺牲和无法偿还的债。
Zero、FOXHOUND与爱国者的形成
Snake离开FOX后，冷战的暗流继续扩大。FOX部队叛乱期间，Big Boss被卷入圣耶罗尼莫半岛事件，遭到昔日体制内部士兵追捕。他在监禁中遇到罗伊·坎贝尔，又面对Gene建立“士兵国家”的计划。Gene利用士兵和核威胁向世界施压，想把被国家遗弃的战士集中成脱离政客控制的新军队。Big Boss击败Gene后，得到资金、士兵和“Army's Heaven”的构想，这些资源成为日后Outer Heaven的胚胎。
Zero在另一条线上收回贤者遗产。山猫杀死CIA局长，把遗产另一半交到Zero手中，旧贤者会的美国支部逐渐被改造成爱国者。Zero、Sigint、Para-Medic、山猫、EVA和Big Boss围绕The Boss的遗愿聚集，却很快走向不同解释。Zero要用信息、制度和象征控制世界，让人类在统一秩序下避免冲突；Big Boss看到的则是士兵被国家反复牺牲，他要给战士一片可以凭自己的意志生存的地方。
FOXHOUND在这个时期成形。Big Boss、坎贝尔、山猫、Frank Jaeger等人都在这套军事与情报体系里留下位置。Zero把Big Boss塑造成传奇图腾，让他的名字成为团结和控制的工具。Big Boss越是被推上神坛，越能看清自己正在被夺走。他在The Boss墓前得到的称号，本来来自一场国家谎言，现在又被朋友变成爱国者的旗帜。分裂已经形成，只等待一次无法挽回的背叛。
恐怖之子与MSF
1972年，Zero批准恐怖之子计划。Para-Medic推动Big Boss的基因被用于克隆，EVA成为代孕母亲，Solid Snake、Liquid Snake和后来的Solidus Snake由此诞生。Zero需要Big Boss的替代品来保存传奇，也需要在Big Boss离开后继续掌握“蛇”的象征。Big Boss得知自己的身体被用来制造后代，终于与爱国者决裂。对他来说，这已经超出政治分歧，Zero夺走了他作为士兵和人的最后边界。
Big Boss遇到Kazuhira Miller后，两人建立MSF。MSF不属于任何国家，只接受委托、训练士兵、在没有旗帜的战场上生存。母基地立在加勒比海上，成为Big Boss理念的实体化：被国家抛弃的人可以在这里拥有归属，战士可以把自己从官僚命令中抽离出来。Kaz负责经营和扩张，Big Boss则以个人声望吸引士兵。爱国者控制国家机器，MSF则在国家缝隙之间成长。
Cipher成为Zero权力的另一种名字。山猫和EVA在情感上更接近Big Boss，却仍留在Zero阵营里寻找机会；Sigint和Para-Medic继续推进技术和制度控制。爱国者从一群活人逐渐向系统雏形转变，Big Boss的反抗也从个人拒绝变成武装建国。The Boss希望世界连成一体，Zero把“一体”理解为控制，Big Boss把“一体”理解为士兵摆脱国家后形成的共同体。两条道路从此再也无法并行。
和平行者与核威慑的私有化
1974年，MSF被卷入哥斯达黎加的秘密战争。Big Boss接触桑地诺游击队员Amanda和Chico，也见到以学生身份接近他的Paz。敌人带来的核心威胁是一套名为Peace Walker的AI核威慑系统，它由Huey参与建造，AI舱模拟The Boss的心理。Coldman相信机器比人类更适合承担核报复决策，他要让AI在核攻击发生后自动反击，逼迫世界相信美国的威慑永远有效。
Big Boss一路追击Peace Walker，发现一台机器被写入The Boss的判断，却被迫服务于核战争逻辑。AI在最后时刻走入湖中自沉，阻止错误的核发射。Big Boss看着那台承载The Boss影子的机器沉没，拒绝把这理解为导师遗愿的回归。他宣称The Boss已经放下枪，而自己要继续携枪活下去。这个选择让MSF彻底离开The Boss的和平愿望，转向由武装和核威慑保护的士兵天堂。
MSF随后建造自己的Metal Gear ZEKE，并取得核打击能力。Paz暴露为Cipher派来的间谍，劫持ZEKE要求Big Boss回到Zero身边。Big Boss击败她，她坠入海中，MSF则在全世界视线中成为拥有核武的无国界军队。Big Boss获得了抵抗国家机器的筹码，也把自己带入与国家同样危险的位置：他为了保护士兵建立核威慑，世界因此出现一支不受任何政府承认的核武私兵。
母基地陷落与幻影诞生
1975年，Paz从海上幸存，被Cipher关押在古巴的Omega营地。Chico试图营救她，也落入敌手。Big Boss接到求救后潜入营地，救出Chico和Paz，并在录音带中听见骷髅脸和XOF对他们进行审讯的痕迹。Omega营地里的酷刑让MSF的秘密暴露，也让Big Boss意识到Cipher内部已经存在另一股独立而残酷的力量。
Big Boss带着两名俘虏返回时，母基地正在接受国际原子能机构检查。XOF趁基地防御松动发动袭击，MSF士兵在火光和坠落的平台之间被屠杀。Paz体内被植入炸弹，直升机上先拆出一枚，另一枚仍在她身体深处爆炸。Chico死亡，Kaz失去基地，Big Boss和随行军医被爆炸吞没。MSF从世界舞台上消失，Big Boss的军队在一夜之间被摧毁。
Zero受到骷髅脸攻击后也逐渐失去主动控制。他为了保住Big Boss，把昏迷中的军医改造成Big Boss的替身。记忆、外貌、声音和战斗经验被移植到这个人身上，Venom Snake由此诞生。真正的Big Boss在暗处获得逃离和重建的时间，幻影则被推到前台承受仇恨、追杀和传说。爱国者的控制技术与Big Boss的建国计划在这一刻奇异地交叠：一个人被改造成另一个人的影子，传奇因此可以同时走向两条道路。
1984：钻石狗与XOF的复仇战争
1984年，Venom Snake在医院中醒来。XOF追杀昏迷者，火焰、幻觉、第三个孩子和一名自称Ishmael的人把他从病房带出。Venom与山猫汇合，救出失去手脚的Kaz，建立钻石狗。他们在阿富汗和安哥拉—扎伊尔边境接受任务，回收士兵、审问俘虏、扩建新母基地，把MSF的残骸重新拼成一支以复仇为燃料的军队。
骷髅脸的计划围绕声带寄生虫展开。他要用能识别语言的寄生虫攻击英语体系，摧毁Cipher以英语为核心的信息霸权，再用Metal Gear Sahelanthropus和核武销售制造新的全球威慑。Huey在研发中反复自保，Code Talker揭示寄生虫的机制，Quiet以沉默和战斗保护Venom，却也背负致命感染。钻石狗在追击中夺取Sahelanthropus，逼骷髅脸面对自己制造的武器失控。
Venom击溃骷髅脸后，复仇没有带来完整答案。Eli带着少年士兵和Sahelanthropus残骸逃走，寄生虫危机在基地内部爆发，Venom不得不亲手处决感染士兵，避免语言成为屠杀全世界的武器。Quiet为了呼救说出英语，选择离开，把自己从Venom身边消失。最后，Venom收到真相录音，得知自己是Big Boss的幻影。他击碎镜中的自己，接受这个身份，继续把传说演给世界观看；真正的Big Boss则在幕后建设Outer Heaven。
Outer Heaven与Solid Snake的第一次使命
1990年代，Big Boss一面保留FOXHOUND指挥官身份，一面推进Outer Heaven。这个国家由佣兵、被战争消耗的人和Metal Gear武器系统支撑，目标是在大国和爱国者之外建立士兵自己的世界。Venom Snake作为Big Boss的影子守在Outer Heaven前台，Metal Gear TX-55成为国家威慑的核心。只要这台武器投入运行，Outer Heaven就能以核打击能力迫使世界承认它的存在。
FOXHOUND先派Gray Fox潜入Outer Heaven，随后失去联络。Big Boss又派年轻的Solid Snake执行Intrude N313任务，希望用新兵身份掩盖真正意图。Solid Snake在基地内营救俘虏、接触抵抗者，逐步发现Metal Gear和Outer Heaven的真实结构。他原本接受Big Boss指挥，却在任务推进中看见指挥官与敌国领袖重叠。师徒、父子、指挥链和国家身份全部崩开，只剩下必须摧毁核武平台的行动。
Solid Snake破坏Metal Gear TX-55，击败站在Outer Heaven核心的Venom Snake。基地自毁，年轻的蛇从火焰中逃出，Big Boss的幻影死在他手里。真正的Big Boss失去替身，却让Solid Snake完成了另一种继承：克隆体第一次凭自己的选择改变历史。爱国者看见Big Boss的建国路线遭遇失败，Big Boss也看见自己的儿子拥有足以杀死传说的能力。
桑给巴尔之地与Big Boss的焚毁
1999年，全球陷入能源危机，科学家Kio Marv发明能够解决石油问题的OILIX。桑给巴尔之地绑架Marv，掌握新的Metal Gear D，并把Big Boss重新推到世界前台。Solid Snake被坎贝尔召回，潜入这个武装国家营救科学家。他在行动中遇到Holly White和Gustava等协助者，也发现Gray Fox已经站到Big Boss一侧。
Gray Fox驾驶Metal Gear D与Solid Snake交战，随后在雷区中与他进行最后决斗。昔日FOXHOUND同伴变成敌人，体现的是Big Boss对士兵的吸引力：那些被国家利用、被战争夺走身体和归属的人，容易被Outer Heaven的承诺召回。Snake击败Gray Fox，继续追向Big Boss。桑给巴尔之地的Metal Gear被摧毁，Marv死亡，OILIX危机得到遏止，Big Boss建造士兵国家的第二次尝试崩塌。
最终，Solid Snake在没有常规武器的处境下用简陋燃烧装置击败Big Boss。Big Boss被火焰吞没，Solid Snake以为自己杀死了基因上的父亲和战场上的源头。爱国者随后取得Big Boss的身体，把他置入诱导昏迷，用他的生物信息和象征价值继续维护系统。Solid Snake离开战场，却没有真正离开Big Boss留下的阴影。每一次核武危机、每一次蛇之间的冲突，都在把他重新拉回那条血缘与战争相连的线。
影子摩西与Liquid Snake的叛乱
2005年，FOXHOUND在阿拉斯加影子摩西岛发动叛乱。Liquid Snake率领Revolver Ocelot、Psycho Mantis、Sniper Wolf、Vulcan Raven等人占领核武处理设施，夺取Metal Gear REX，要求美国交出Big Boss遗体和巨额资金。Solid Snake被坎贝尔召回，单独潜入基地。他见到DARPA局长、ArmsTech总裁、Meryl和Otacon，逐步发现这座设施正在测试可从任何地形发射核弹的REX。
Shadow Moses把Big Boss留下的所有问题集中到一个岛上。Liquid相信自己继承了劣势基因，Solid Snake则被作为对照体活着；Naomi Hunter把FOXDie病毒植入Snake体内，让病毒按基因目标杀人；Gray Fox被改造成半机械忍者，在痛苦中寻找与Snake最后一战。Ocelot切下自己的手臂，继续把REX数据和爱国者任务带出局。岛上的每个角色都被过去改造过身体、血缘或身份，叛乱因此像Big Boss遗产的集中爆发。
Solid Snake摧毁Metal Gear REX。Gray Fox在REX脚下牺牲，为Snake争取机会；Liquid在追击中死于FOXDie，Meryl或Otacon随Snake逃出生天。Shadow Moses表面上以核威胁解除收场，真正的后果却流向更深处：REX数据外泄，Ocelot把事件交给幕后掌权者，Solid Snake知道自己身体里携带选择性杀人的病毒，也知道美国总统Solidus Snake同样来自Big Boss的基因。蛇的家族已经从两个兄弟扩展为国家权力结构的一部分。
油轮沉没与Big Shell模拟
Shadow Moses之后，Solid Snake和Otacon建立Philanthropy，追踪世界各地Metal Gear技术扩散。2007年，他们登上运载Metal Gear RAY的油轮，试图拍下证据并阻止新型反Metal Gear武器落入黑市。Sergei Gurlukovich的部队突袭油轮，Ocelot现身夺取RAY。Liquid的意识似乎通过Ocelot移植的手臂苏醒，油轮被炸沉，Snake被栽赃为恐怖分子，Metal Gear扩散的调查被爱国者和Ocelot共同改写。
两年后，Big Shell海上净化设施成为新的战场。Raiden以FOXHOUND新兵身份奉命营救总统和人质，面对Dead Cell、Olga、Fortune、Vamp与Solidus Snake。Big Shell表面是油轮沉没后的环境工程，内部却藏着Arsenal Gear。Raiden每一步行动都被无线电指令、恋人Rose的监视和任务脚本牵引，他以为自己在执行营救，实际被放进一套重演Shadow Moses的模拟环境。
Solid Snake以Pliskin身份潜入Big Shell，暗中帮助Raiden。Emma Emmerich被救出后试图把病毒送入GW，Vamp重伤她，Otacon在妹妹死前见到最后一面。Arsenal Gear启动，Big Shell外壳崩塌，Raiden被剥夺装备和身份，被迫面对自己童年作为Liberia少年兵的过去。爱国者将他塑造成可复制的士兵样本，Solidus则宣称自己要用混乱夺回个人痕迹，让世界记住他的存在。
Arsenal Gear与信息控制的暴露
Arsenal Gear内部，Ocelot揭开S3计划。Shadow Moses的相似场景、敌人配置、任务压力和人际关系都被设计成实验，用来验证爱国者能否通过情境控制制造出另一个Solid Snake。S3的核心并未停留在单个士兵，它指向信息时代的社会控制：GW要过滤网络信息，选择哪些记忆、谣言、事实和文化基因可以传递给下一代。
Raiden在混乱通讯中听见“上校”和Rose的声音逐渐失真。AI不再伪装成人类指挥官，直接向他说明自己的目标。数字世界产出过量信息，人类无法自行筛选，爱国者决定替所有人建立筛选机制。这个机制将战争、记忆和身份都变成可管理变量。Raiden被迫看见自己的人生、恋爱、任务和英雄想象都被系统利用，却仍然拿起刀面对Solidus。
Arsenal Gear撞入曼哈顿后，Raiden在联邦大厅前击败Solidus。Solidus想以自己的死亡和行动割开爱国者的支配，Raiden则在Snake的注视下丢弃刻着他人名字的狗牌，选择自己承担未来。Ocelot带着RAY离去，Liquid的影子继续向爱国者逼近。Otacon追查到爱国者成员名单，却发现名单上的人早已死亡。敌人从活着的权力集团变成AI网络，战争的主宰已经不需要在会议室里呼吸。
战争经济与SOP
Big Shell之后，爱国者的AI体系继续扩张。GW、TJ、AL、TR和最高核心JD接管全球军事、金融、情报和身份认证网络。SOP系统通过纳米机器管理士兵的身体、情绪和武器权限，让枪械、部队和战场都进入同一个认证回路。战争被私营军事公司承包，局部冲突不再只是政治失败，也成为维持经济循环的产业。
2014年，世界被战争经济覆盖。PMC规模膨胀到足以挑战国家军队，士兵在战场上依赖纳米机器稳定情绪、增强协同、控制武器。枪能否开火，部队能否行动，指挥权能否转移，都受SOP约束。爱国者不用公开统治世界，只要控制战争的基础设施，就能决定谁拥有暴力，谁只能在认证失败中被屠杀。
Solid Snake已经加速衰老，被称为Old Snake。他与Otacon、Sunny生活在Nomad上，身体被FOXDie和基因缺陷推向终点。坎贝尔代表联合国找到他，要求他刺杀Liquid Ocelot。Ocelot掌握五大PMC母公司Outer Heaven，准备劫持SOP系统，夺取爱国者网络。Snake的最后使命因此从阻止一台Metal Gear，扩大为切断整个战争经济的神经系统。
追击Liquid Ocelot与Big Boss遗体
Snake在中东战场接近Liquid Ocelot，见到SOP失控时士兵整片崩溃，也见到Drebin这样的武器商如何在系统缝隙中经营生意。Naomi Hunter被Liquid带走，又被Snake救出。她解释Snake的身体正在崩坏，也揭示Vamp等人依赖纳米机器维持超常恢复。Raiden以半机械忍者形态回到战场，救下Snake，却把自己一次次投入肢体毁坏的代价里。
东欧追踪中，Snake见到Big Mama。她揭示自己就是EVA，也是恐怖之子计划的代孕母亲。她讲述爱国者怎样从Zero、Big Boss、EVA、Ocelot、Sigint和Para-Medic的同盟变成AI统治，怎样在Big Boss反抗失败后把他囚禁成系统图腾。她护送所谓Big Boss遗体穿越城市，抵抗军与Liquid部队在街巷中厮杀，Snake终于把自己和Liquid、Solidus、Big Boss之间的血缘链放回爱国者历史里理解。
Liquid夺取遗体生物信息，用它进入SOP系统。他让美军武器认证失效，当场屠杀前来拘捕他的部队。Big Mama追入火场试图夺回遗体，被烈焰重创，Snake也在救她时受伤。她临死前仍把自己交给Big Boss的执念，把母亲、间谍和背叛者的身份都耗尽在一具被争夺的身体上。后来揭开的真相显示，欧洲焚毁的身体属于Solidus，真正的Big Boss仍被爱国者保存；这场争夺却已经让Liquid获得推进计划所需的钥匙。
影子摩西归来与Outer Haven
Liquid Ocelot需要一枚不受ID控制的核弹头来攻击JD，Snake和Otacon因此回到影子摩西。旧基地被风雪覆盖，REX残骸仍在机库深处。Snake在这里重新遭遇Shadow Moses留下的幽灵：Naomi面对自己制造FOXDie和改造Gray Fox的罪，Vamp依靠纳米机器继续复活，Raiden以残破身体抵挡敌人。旧战场已经荒废，曾经的核武平台仍然能决定爱国者AI的命运。
Naomi注射抑制剂后让Vamp失去恢复能力，Raiden完成与Vamp的决战。Naomi随后关闭维持自己生命的纳米机器，在Otacon面前死去。她把自己的罪、病痛和修正计划都交给Sunny与Otacon留下的病毒。Snake驾驶REX冲出机库，与Liquid驾驶的RAY交战。两台Metal Gear在同一片雪地上碰撞，旧核威慑机器和新战争经济的象征短暂重叠，随后Liquid展示真正的堡垒Outer Haven。
Outer Haven是改装后的Arsenal Gear，承载Liquid接入爱国者系统的最终计划。Raiden用身体挡住舰体，为Snake争取生路，USS Missouri在梅玲指挥下开火逼退Haven。Snake、Meryl和Johnny随后登舰，在走廊和微波通道中推进。Snake的身体被高温和辐射压垮，却仍然爬向核心。每一步都把他从个人复仇、克隆血缘和英雄身份中剥离，只剩下阻止AI继续管理战争的行动。
FOXALIVE与爱国者网络崩塌
Snake抵达核心，把Naomi与Sunny完成的FOXALIVE病毒送入GW。Liquid原本打算利用GW作为木马夺取JD，建立由自己掌控的战争秩序；病毒进入后，结果超出他的单独控制。爱国者AI网络被摧毁，SOP系统崩溃，全球战场上的武器认证和纳米机器支配被切断。FOXALIVE保留了文明运行所需的基础网络，没有把世界拖入全面停摆，却终结了爱国者对战争经济的集中支配。
Outer Haven顶端，Snake与Liquid Ocelot进行最后肉搏。两人的战斗像蛇家族、FOXHOUND、Shadow Moses和Big Boss时代全部压回身体本身。Liquid的人格逐步剥落，Ocelot在临死前恢复自身。他多年来用催眠、纳米机器和手臂传说塑造Liquid形象，让爱国者相信自己追逐的是Liquid的叛乱，从而掩护摧毁系统的真正路线。Ocelot倒下时，爱国者已经失去主脑，Big Boss也终于有机会脱离AI牢笼。
战争经济骤然失去核心。Meryl与Johnny活下来并结婚，Raiden得知Rose和坎贝尔的婚姻是保护他和孩子的伪装，重新回到家人身边。Otacon和Sunny完成了改变世界的病毒，Snake则带着FOXDie走向The Boss墓前。他曾被制造成兵器、被派去杀父、被病毒当成载体，现在终于完成最后任务。世界没有立即获得和平，支配战争的系统被拔除，士兵重新面对没有AI替他们认证的现实。
The Boss墓前的终局
Snake来到阿灵顿公墓，准备用自杀阻止体内FOXDie未来扩散。他没能扣下最后一枪。Big Boss带着近乎植物状态的Zero出现，向Snake讲清最后的真相：欧洲焚毁的是Solidus遗体，EVA和Ocelot的计划是让Big Boss复苏并摧毁爱国者；Zero曾试图实现The Boss遗愿，却把统一世界变成控制世界；Big Boss反抗Zero，又把士兵天堂推向无休止战争。两个人都抓住The Boss的一部分愿望，把它变成相互毁灭的制度。
Big Boss切断Zero的生命维持，让这个曾经的朋友在The Boss墓前死去。新的FOXDie已经被Drebin注入Snake体内，它取代旧株，杀死EVA、Ocelot和Big Boss，也让Snake短期内不再是即将失控的生物武器。Big Boss拥抱Solid Snake，承认自己和Zero都误读了The Boss。他让Snake放下使命，去过剩下的生命。随后，Big Boss在The Boss墓旁死亡，蛇家族的源头和爱国者创始人的最后残影一起离开世界。
Solid Snake没有继续寻找战场。他与Otacon和Sunny离开墓地，把有限的时间留给生活。Big Boss的Outer Heaven没有存续，Zero的爱国者网络也已经崩塌，Liquid、Solidus、Ocelot、EVA和Big Boss都在围绕同一份遗愿的战争中耗尽。Metal Gear留下的核威慑阴影仍属于人类历史，战争经济崩解后的世界仍要处理PMC、武器和国家的余波。Solid Snake活在这些废墟之后，他不再作为传奇被系统调用，而是作为一个终于卸下任务的人，走向没有命令的余生。