《驯兽师与帝厉魔编年史》
早期网络与数码生命的诞生
现实世界的网络还很年轻时，一群研究者已经试图在计算机中培养能够自主变化的生命。李镇宇、涩果、黛西、巴别、海豚等人组成后来被称作 Monster Makers 的团队，他们把程序、进化模型和人工生命实验放进早期网络，让被设计出来的数据形态拥有学习、竞争和自我变化的能力。项目后来停止，研究者各自离散，可那些原型没有随实验室一起消失。数据在网络深处继续流动，逐渐脱离人类的监督，形成了另一个能够让生命活动的空间。
这个空间后来被称作数码世界。数码兽在那里成长、战斗、吸收资料、进化，也在危险来临时寻找能让自己延续的方式。现实世界的人类把数码兽当成游戏、卡片和玩具传播，孩子们在商店、学校和街头用卡组模拟战斗，却不知道这些图案和名字背后存在着真正的生命。现实的娱乐产品像影子一样复写了数码世界，数码世界也借助人类网络不断接近现实城市。
早期网络还遗留着一套清理程序。它原本只负责删除过量增长、失去控制的数据，后来在漫长的沉寂中变成帝厉魔。数码世界越复杂，数码兽越接近真正生命，帝厉魔越把这种增长视为异常。四圣兽意识到它的威胁，将进化之光封入古乐兽，让这份力量离开帝厉魔的直接视野。古乐兽进入现实世界时，数码世界的未来已经被推到两个方向之间：数码兽需要进化来抵抗毁灭，进化本身又会吸引帝厉魔重新醒来。
卡牌游戏、蓝卡与基尔兽现身
新宿的孩子们把数码兽视为卡牌和屏幕里的怪物。松田启人也是其中之一。他在课间和朋友打牌，在笔记本上画出自己想象的数码兽，并给它取名基尔兽。那张画本原本只属于孩子的幻想，可蓝卡出现后，卡片刷过读卡器，普通玩具变成了 D-Ark，画纸上的基尔兽也在现实中获得身体。启人在公园地下通道找到它时，自己创造的怪物正用真实的眼睛看着他。
启人最初只想把基尔兽藏起来。他把它带到公园深处，教它说话，给它食物，也在它无法理解现实规则时一次次慌乱补救。基尔兽拥有强大的力量，却像刚出生的孩子一样分不清玩闹和破坏。启人因此从卡牌玩家变成驯兽师：他必须在现实城市里照顾一个真正的数码兽，还要承担每次战斗留下的后果。
李建良已经知道数码兽不止是游戏。他曾在电子游戏中得到大耳兽，也见过强迫伙伴战斗会把关系推向失控。大耳兽来到现实后，建良选择压制战斗欲望，尽量让它远离危险。牧野留姬则站在相反方向。她是卡牌比赛中的强者，把数码兽战斗视作证明力量的方式，与妖狐兽结成冷静而尖锐的搭档。启人、建良和留姬在野生数码兽出现的战场上相遇，他们的伙伴关系也从互相试探开始改变。
野生数码兽与 Hypnos 的封锁
数码领域开始在新宿各处展开。雾状的数字空间突然覆盖街道、工地和隧道，野生数码兽从其中出现，寻找战斗、资料和生存机会。留姬让妖狐兽迎战它们，试图用吸收资料让妖狐兽变强；启人在恐惧中学习用卡牌支援基尔兽；建良则总在战斗边缘阻止大耳兽走向过度破坏。三名孩子面对同一种现实裂缝，却把数码兽伙伴理解成武器、朋友和责任的不同形态。
山木满雄领导的 Hypnos 监控到这些异常。他把数码兽视为入侵现实世界的数据威胁，利用系统追踪数码领域，并试图用程序将它们清除或送回数码世界。Hypnos 的屏幕上，孩子、伙伴和野生数码兽都只是正在扩大的人类安全问题。山木的冷酷行动让现实世界第一次形成对数码兽的官方防线，也让驯兽师意识到，他们既要面对来自数码世界的生命，也要面对现实世界对这些生命的恐惧。
妖狐兽与留姬的关系在连续战斗中松动。妖狐兽追求力量，却在留姬的孤独与执拗中看见自己也被困在战斗逻辑里。大耳兽为了保护建良而进化成加鲁哥兽，失控的枪火让建良更害怕力量。基尔兽则在启人的情绪中成长，越是战斗，越显出两者之间会互相影响。驯兽师们还没有共同目标，却已经被同一座城市、同一种裂缝和同一群伙伴绑到一起。
古乐兽、小妖兽与伙伴关系的裂口
古乐兽在现实世界中游荡，像一只无法解释自己来历的幼小数码兽。它没有战斗欲望，却能在关键时刻触发进化之光，让其他数码兽越过原本的极限。孩子们最初只把它当成需要照顾的同伴，数码世界的强大存在却知道它携带着进化的核心力量。古乐兽越接近驯兽师，现实世界与数码世界之间的争夺也越接近孩子们身边。
小妖兽同样在现实世界流浪。它没有人类搭档，也不愿承认自己羡慕那些被孩子保护、被孩子呼唤的伙伴。它用恶作剧掩饰失落，用挑衅靠近启人和树莉，又在每次被忽视后更加怨恨。对小妖兽来说，驯兽师与伙伴之间的信任像一道关上的门，它站在门外，看见别人获得力量、名字和归属，自己却只能用伤害证明存在。
加藤树莉在古乐兽和基尔兽身边靠近驯兽师的世界。她没有立刻得到属于自己的伙伴，却用温柔对待数码兽，把基尔兽和古乐兽当成能交谈、能受伤、能害怕的生命。她后来与狮子兽相遇时，这份温柔终于得到回应。狮子兽在危险中承认她、守护她，让她第一次真正站到搭档的位置上。树莉获得伙伴的同时，也被卷进一条更残酷的命运线。
十二神将降临与现实世界公开暴露
四圣兽派出的十二神将开始进入现实世界。它们带着数码世界的意志行动，力量和目标都远超普通野生数码兽。它们寻找古乐兽，试探人类与驯兽师，也把新宿的战斗规模推到 Hypnos 无法遮掩的程度。留姬与妖狐兽、建良与大耳兽、启人与基尔兽在这些战斗中不断进化，力量越强，两个世界之间的通道越明显。
安底罗兽与李小春的相遇改变了神将阵营中的一角。小春只是误入危险的孩子，她没有把安底罗兽当成敌人。安底罗兽违背原本的命令保护她，后来以黑大耳兽的形态成为她的伙伴。这个选择让神将不再只是追捕古乐兽的执行者，也让孩子们看见数码世界内部并非只有单一意志。命令、忠诚和伙伴关系之间开始出现裂缝。
野猪兽在新宿显现时，城市终于无法继续把数码兽事件当成局部事故。巨大的身体穿过街道，现实世界的建筑、交通和人群都被迫面对数码世界的存在。山木启动歼灭程序，试图用人类系统摧毁入侵者，却撕开更大的通路，令古乐兽被带回数码世界。Hypnos 的行动没有关闭危机，反而把人类、驯兽师和四圣兽的冲突推向更深处。孩子们失去古乐兽后，必须主动进入数码世界。
暑假里的 V-Pet 病毒危机
在十二神将全面改变局面前，暑假的冲绳之行曾让启人和建良遭遇另一场现实入侵。南海美带着一台与父亲记忆相连的原型 V-Pet，被一群数码兽追逐。梅菲斯兽利用病毒让数码兽进入现实，试图通过那台 V-Pet 扩大控制，将人类世界变成自己的猎场。启人、建良和留姬分散在不同地点，却因为同一场异常被迫重新并肩行动。
启人在冲绳保护南海美和基尔兽，建良调查海底遗迹附近的异常，留姬则在东京面对被操纵的数码兽。梅菲斯兽把人类对玩具和数据的记忆扭曲成通道，让现实世界的商品、家庭纪念和数码生命纠缠在一起。孩子们不再只是阻止街头野生数码兽，还要面对有人利用人类制造的数码媒介主动打开入侵路线。
最终的战斗中，梅菲斯兽进化为海湾兽，试图用更强大的身体压制驯兽师。基尔兽、大耳兽和妖狐兽在孩子们的指挥下迎战它，奥米加兽也从网络侧介入，切断梅菲斯兽扩张的力量。南海美与 V-Pet 的联系被保存下来，病毒危机随战斗结束而平息。这次事件没有改变四圣兽与帝厉魔的主线，却提前证明现实世界中任何承载数码记忆的装置都可能成为通道，驯兽师的战场已经不再局限于新宿的数码领域。
进入数码世界与朱雀兽的怒火
孩子们为了救回古乐兽进入数码世界。现实世界的街道、学校和家庭被抛在身后，眼前变成荒漠、巨柱、断裂空间和不断移动的地形。数码世界拥有自己的重力、边界和危险，游戏里的想象在这里变成真实环境。孩子们在那里分散、重聚、寻找线索，也第一次直接面对数码兽社会中对人类的怀疑。人类创造了早期数码生命的起点，也带来了帝厉魔可能苏醒的原因，这让他们在数码世界中既像客人，又像潜在灾源。
留姬在迷失中与妖狐兽重新确认关系。她过去只把胜利和强大放在前面，进入数码世界后却在生死边缘看见妖狐兽的每次选择都来自伙伴的意志。建良带着大耳兽和其他孩子寻找道路，也在父亲过去的研究阴影下理解人类与数码兽的关系。启人则始终把救回古乐兽当成目标，他对基尔兽的信任让基尔兽继续成长，也让两者的情绪联系越来越危险。
朱雀兽认为人类会把数码世界推向毁灭。他派遣神将行动，试图回收古乐兽的进化之力，以此抵抗帝厉魔和人类带来的不确定性。青龙兽等四圣兽之间也存在分歧，它们知道帝厉魔才是更深的威胁，却无法完全信任进入数码世界的孩子。驯兽师在这场冲突中被迫证明自己：他们来到这里是为了带回同伴，并阻止两个世界互相毁灭。
小妖兽堕入别西卜兽与狮子兽之死
小妖兽在数码世界中终于获得梦寐以求的力量。神将给了它进化的机会，它从被忽视的恶作剧者变成别西卜兽，骑着摩托在荒野中追逐驯兽师。力量没有填补它的孤独，只把怨恨放大成杀意。它想证明自己强过那些拥有搭档的数码兽，也想让曾经轻视它的人类孩子付出代价。
狮子兽保护树莉时迎上别西卜兽。树莉刚刚得到伙伴，刚刚相信自己也能站在驯兽师之中，却在眼前看见狮子兽被贯穿、资料被吸收。那一刻改变了整条历史。别西卜兽得到了更多力量，却把树莉推入无法承受的空洞；启人目睹树莉崩溃，愤怒和自责灌入基尔兽体内，让基尔兽朝错误方向进化。
基尔兽失控进化成灭世龙兽。启人想用力量替狮子兽复仇，结果让伙伴变成几乎毁灭一切的形态。那场暴走让他第一次明白，驯兽师的情绪会通过 D-Ark、伙伴关系和进化机制直接改变数码兽的命运。启人从废墟般的恐惧中重新呼唤基尔兽，随后与它合体进化为红莲骑士兽。真正的究极进化不再来自愤怒，而来自人类和数码兽愿意共同承担同一个身体、同一场战斗。
四圣兽和解与帝厉魔真相
红莲骑士兽的出现改变了驯兽师与四圣兽的对峙。孩子们不再只是被保护或被怀疑的人类，他们已经用身体和伙伴共同进入数码兽的命运。建良与大耳兽、留姬与妖狐兽也相继抵达究极形态。撒多格杜兽的火力、沙古牙兽的结界和红莲骑士兽的圣枪，让孩子们具备了与数码世界最高危机对话的资格。
四圣兽揭开帝厉魔的真相。它是旧网络中遗留的清理机制，拥有远超敌对数码兽的删除逻辑。它沉睡在深处，等待数据过度增长后执行删除。数码兽的进化、现实世界的网络扩张、古乐兽释放出的力量，都让它重新判定数码世界失控。朱雀兽曾试图用古乐兽的力量守住世界，却在恐惧中把人类视为敌人。现在他必须承认，帝厉魔已经超出四圣兽单独处理的范围。
古乐兽释放进化之光后，数码世界获得短暂的反击机会。许多数码兽因此进化，抵御帝厉魔的侵蚀。孩子们救回古乐兽，也带着四圣兽的警告返回现实世界。可是帝厉魔已经锁定了新的入口。树莉的悲伤、狮子兽之死留下的裂口、别西卜兽造成的罪债，都给了帝厉魔理解并利用人类情绪的机会。它沿着孩子们回家的路进入现实，将清理资料的逻辑带到人类城市。
帝厉魔占据树莉与新宿陷落
树莉回到现实世界后已经被帝厉魔盯上。她失去狮子兽后无法重新接住外界的声音，悲伤和麻木让她像一块空白区域。帝厉魔复制她、囚禁她、用她的外形观察人类，也利用她的绝望扩张自身。新宿上空出现红色的实体化区域，街道被数字结构覆盖，普通居民开始撤离，现实世界第一次在公开视野中变成数码战争的前线。
山木不再只是清除数码兽的官僚。他亲眼看见自己的歼灭逻辑无法处理帝厉魔，也看见孩子们和伙伴一次次挡在城市前方。他重新召集 Monster Makers，让当年创造数码生命原型的人回到这场历史的责任中心。李镇宇面对儿子建良的战斗，也面对自己早年研究留下的后果。研究者们开始设计反制程序，试图把帝厉魔退回早期无害状态。
帝厉魔的代理体不断出现，侦查、压制、吞噬和扩张。红莲骑士兽、撒多格杜兽、沙古牙兽、裁决兽和其他伙伴在新宿周围迎战。战斗从孩子躲在数码领域里刷卡支援，扩大到现实城市的天空、街区和屏障边缘。每一次进攻都要争取时间，让 Monster Makers 完成程序，也让树莉在帝厉魔内部保留最后的自我。
方舟、葛拉尼与最后反攻
Monster Makers 建造出方舟，用它接应驯兽师与伙伴，也把人类工程重新接入数码兽的战争。方舟后来拥有更接近生命的形态，成为葛拉尼。它没有与某个孩子结成搭档，却在战场上承载红莲骑士兽飞向帝厉魔核心。现实世界的技术、数码世界的生命和孩子们的伙伴关系在葛拉尼身上汇合，形成一条直通最终战场的路线。
别西卜兽带着罪债回到战斗中。他曾杀死狮子兽，曾让树莉坠入深渊，现在他试图冲进帝厉魔内部救出她。树莉无法立刻接受他的赎罪，她的恐惧和拒绝让救援失败，也让别西卜兽明白力量不能抹去已经造成的死亡。他在战场上继续抵抗，力量从证明自己的工具变成偿还罪债的方式。
最终反攻必须同时在多个层面进行。外部的驯兽师压制帝厉魔代理体，内部的树莉必须重新抓住生存意志，现实侧的研究者则启动程序，让帝厉魔回退到早期清理状态。红莲骑士兽与葛拉尼突入核心，葛拉尼把自身力量交给红莲骑士兽，使其进入真红莲形态。启人和基尔兽突破帝厉魔的防线，抵达树莉所在的中心。树莉终于回应外界的呼唤，帝厉魔失去利用她继续扩张的支点。
伙伴分别与门户重现
帝厉魔被击退后，两个世界没有恢复到最初的无知状态。新宿见过红色灾难，Hypnos 和 Monster Makers 见过自己的技术边界，孩子们也见过数码世界与现实世界互相伤害的方式。反制程序将帝厉魔退回深处，同时影响了留在现实世界的数码兽。伙伴们的身体开始无法维持，基尔兽、大耳兽、妖狐兽和其他数码兽被迫返回数码世界。
告别发生得很快。启人追着基尔兽，建良抱住大耳兽，留姬看着妖狐兽，树莉则带着狮子兽永远缺席的位置面对未来。孩子们拯救了两个世界，却无法把伙伴永久留在人类城市中。数码兽离开时，驯兽师们失去的是一起战斗后形成的日常：公园里的藏身处、学校后的秘密、深夜的通信、战斗后的互相确认，都随着通道关闭而中断。
启人后来回到基尔兽曾经藏身的公园。他在旧入口处发现通往数码世界的门户再次显现。那道入口没有立刻展开新战争，也没有抹去所有分别，却证明两个世界的联系仍未被帝厉魔和反制程序彻底切断。驯兽师时代在这里停下：孩子们已经知道数码兽是真实生命，数码兽也已经通过他们理解人类，门重新出现时，未来不再属于无知，而属于曾经共同承担灾难的人与伙伴。
暴走数码特急与后日谈边界
帝厉魔事件结束约半年后，现实世界再次出现异常。留姬的生日惊喜尚未顺利展开，火车型数码兽机车兽突然在城市轨道上暴走。启人、留姬、建良和伙伴们被迫登上或追赶列车，山木也在指挥中心重新接入战局。机车兽的路线制造出新的扭曲，现实轨道被数码力量改造成不断扩张的危险通道。
寄生兽隐藏在事件背后，利用机车兽打开通路，试图让大量同类进入现实世界。留姬在列车中面对自己的孤独、骄傲和与妖狐兽的关系。她过去把弱点藏在强硬后面，生日这一天却被迫在失控列车和伙伴呼唤中承认，自己身边已经有愿意并肩战斗的人。妖狐兽回应她，驯兽师们重新合力压制寄生兽的入侵。
这场后日谈没有推翻帝厉魔之后的结局。它让现实世界确认，通道仍会短暂打开，数码兽仍可能卷入人类城市，驯兽师与伙伴之间的联系也仍然能在危机中重新显现。机车兽事件平息后，Tamers 线停在一种开放但稳定的边界上：帝厉魔没有继续吞噬世界，四圣兽仍守着数码世界，孩子们回到现实生活，却已经无法再把数码兽当成卡牌上的图案。新宿的驯兽师历史由此收束在门仍可能打开、伙伴仍可能回应的状态。