《DATS 与世界树危机编年史》
数码之门打开前的远征
人类世界和数码世界之间最初只隔着一道极少数人能够触及的裂缝。大门英带着研究队穿过数码之门，进入那个由数据、森林、荒原、冰壁和数码兽族群组成的世界。他不是为了征服而来，也没有把数码兽当成实验材料；他在异界里寻找的是相互理解的可能。同行的人类中却有仓田明宏。仓田面对数码兽的力量和未知生态时，看到的是威胁、恐惧和可以被控制的样本。
远征队来到数码世界后，人与数码兽的第一次接触很快被仓田扭曲。他对数码兽产生强烈恐惧，随后把恐惧变成研究、捕杀和清除。他开发针对数码兽的兵器，用人类技术切入数码世界，把原本可以继续试探的接触变成屠杀。冰雪中的数码兽族群遭到攻击，守护幼小生命的雪人兽被杀，许多数码兽从此把人类视为入侵者。野口郁人当时还是被带入数码世界的人类孩子，他在灾难中被数码兽抚养长大，也在这场旧案里失去了养母。
大门英没有跟着仓田退回人类世界。他留在数码世界，试图弥补人类留下的伤口，并和墨丘利兽等守护者建立最低限度的信任。墨丘利兽看见过人类的暴行，也看见大门英愿意为和平留下，因此没有把所有人类简单归入敌人。大门英的存在让两个世界之间仍然保留一条细弱的桥；仓田的旧罪则埋在这条桥下，等待下一次数码之门打开时重新爆发。
多年后，人类世界成立了 DATS。这个组织负责处理误入现实的数码兽，把它们送回数码世界，防止普通城市被超出常识的力量撕裂。DATS 的制度建立在隔离和管控之上：数码兽一旦在人类世界引发事件，就由队员出动、捕获、净化或送返。这个制度暂时维持了表面秩序，却没有触及旧远征队留下的问题。仓田仍在暗处保存着对数码兽的恐惧，大门英仍失踪在数码世界，郁人仍以数码兽一方的孩子身份长大，两个世界的裂缝只是暂时没有扩大。
大门大与 DATS 的形成
大门大在普通城市里长大，最相信拳头和正面冲突。他第一次遇见亚古兽时，亚古兽已经逃出 DATS 管控，在街头引发混乱。大没有把它当成需要立刻收押的怪物，而是用自己的方式和它打了一架。拳头、斗志和彼此不服输的冲动让两者形成连接，亚古兽承认大是值得跟随的“老大”，大也第一次把数码兽当成可以并肩行动的伙伴。
DATS 因此把大招入队伍。萨摩队长看见大身上强烈的数码之魂，也看见亚古兽能在这种情绪能量中进化。托马·H·诺斯丁与伽奥兽早已在 DATS 体系中行动，他用计算、纪律和战术处理任务；藤枝淑乃与拉拉兽则在现场判断和普通人保护之间寻找平衡。大进入后，DATS 原本以规程维持的行动方式被改变。每次数码兽在城市出现，大都会冲到最前面，用拳头逼出自己的数码之魂，让亚古兽在战斗中进化。
最初的事件看似只是失控数码兽的个案。食物、愤怒、欲望、孤独和人类社会的混乱情绪会吸引数码兽穿过裂缝，城市里出现鸟兽、昆虫、植物和幽灵般的数据生命。DATS 把它们送回数码世界，普通人继续以为这些只是异常事故。可是大、托马和淑乃逐渐发现，数码兽并非单纯闯入现实的野兽。它们有恐惧、记忆和族群关系，有些被人类刺激，有些被更大的力量驱赶，有些则像是在替另一个世界发出求救。
大与托马的冲突也在这些任务中形成。托马相信计划和判断，大相信正面突破；托马会计算损失，大会先冲向受困的人和数码兽。两人的搭档数码兽也体现这种差异：伽奥兽遵从托马的命令，亚古兽则用和大一样的冲劲撞开局面。多次任务后，托马开始承认大不是单纯鲁莽，大也明白没有托马的判断，自己的拳头会把同伴拖进更危险的位置。DATS 从一支管控队伍变成了由人类和数码兽互相磨合的战斗小队。
郁人、墨丘利兽与旧伤口
数码世界的敌意第一次真正压向 DATS 时，野口郁人站在数码兽一边。郁人被数码兽抚养长大，语言、习惯和身份都属于数码世界。他憎恨人类，因为他记得人类带来的灾难，也相信自己的养母死在人类手中。他与隼鹰兽一起行动，把大和 DATS 视为入侵者，试图阻止人类继续接近数码世界。
大一行人进入数码世界后，现实世界的任务规则失效。那里有自己的领地、族群和守护者，墨丘利兽掌握着强大的力量，也承担着保护数码兽的责任。DATS 想要把郁人带回人类世界，墨丘利兽则认为人类没有资格夺走被数码兽抚养的孩子。双方的冲突不再是单场战斗，而是围绕“郁人是谁”展开：他生来是人类，却在数码世界获得亲情；他拥有亲生父母，却把养母的死亡刻在生命里。
郁人回到人类世界后，身份裂缝反而更明显。他的亲生父母想找回失去的孩子，他却无法把他们当作家人。城市、学校和人类语言都让他感到陌生，DATS 的保护也像另一种囚禁。隼鹰兽陪在他身边，用数码兽的方式维持他的安全。大没有用道理压服他，而是不断用行动证明人类和数码兽可以站在同一边。郁人看见大保护亚古兽，托马保护伽奥兽，淑乃保护拉拉兽，也开始动摇自己对人类的全部仇恨。
墨丘利兽的立场在旧案揭开前一直沉重。他知道仓田制造过屠杀，也知道大门英曾试图阻止灾难。他没有向人类世界全面开战，是因为大门英留下过信任；他也无法完全相信 DATS，是因为仓田这样的存在仍然活在人类社会。郁人夹在墨丘利兽、大门英旧影、亲生父母和 DATS 之间，成为两个世界伤口的活证据。只要仓田没有被揭出，郁人的归属就不可能真正安定。
仓田的复归与灭绝计划
仓田重新出现时，DATS 才明白过去的远征没有结束。仓田把当年的恐惧发展成系统性的灭绝计划。他制造 Gizmon 系列兵器，这些人工数码兽能将数码兽的数据直接消灭，让死亡不再进入通常的回归循环。他还培育生化混合战士，让人类借助数码兽力量执行猎杀任务。仓田的目标不只是阻止数码兽进入现实，而是清除数码世界本身对人类世界的威胁。
墨丘利兽成为仓田计划中的关键牺牲者。仓田用言辞和兵器逼迫局面升级，把人类旧罪包装成防卫，把数码兽的反击包装成入侵。DATS 在战斗中看见 Gizmon 对数码兽造成的彻底消灭，也看见仓田对生命毫无敬畏。他不是为了保护现实中的普通人而行动，而是把所有数码兽都当成可以删除的数据。仓田的技术让两个世界的冲突从误会变成真正的灭绝战争。
大在这场战争中第一次遇到自己的力量失控。数码之魂来自人的情绪和意志，当愤怒占据全部心神时，亚古兽的进化也会被扭曲。大面对仓田的残酷和同伴受伤，把怒火灌入闪光暴龙兽，导致力量朝毁灭方向暴走。闪光暴龙兽的失控让大明白，单靠拳头和怒气无法拯救两个世界；如果他的力量只剩下报复，亚古兽也会被拖进同样的黑暗。
仓田随后反过来利用人类社会的制度。DATS 被解除武装，队员遭到通缉或记忆处理，亚古兽、伽奥兽、拉拉兽和隼鹰兽被夺走。大、托马、淑乃和郁人不再只是执行任务的成员，而是被自己世界排斥的逃亡者。仓田把 DATS 从官方秩序中切除，试图让所有知道真相的人失去行动能力。DATS 的存在意义也在这一刻改变：它不再代表人类世界管理数码兽，而是成为少数愿意同时保护两边生命的人。
埃尔德拉迪兽坠落与世界裂缝扩大
仓田把战场推向数码世界深处后，埃尔德拉迪兽成为灾难中心。那座背负城市般聚落的巨大数码兽承载着许多逃难者，也象征数码世界还没有彻底向人类世界开战。仓田发动空间转移，把埃尔德拉迪兽送到人类世界，让普通城市直接面对数码世界的巨大存在。人群陷入恐慌，政府和舆论被仓田操控，数码兽被进一步塑造成必须清除的威胁。
DATS 试图保护埃尔德拉迪兽和其中的数码兽，但仓田的兵器已经准备好。Gizmon 的攻击让大量数码兽在现实中消散，埃尔德拉迪兽也无法承受来自人类武器和空间异常的双重压迫。大一行人看见的不是抽象的“两个世界冲突”，而是数码兽居民在自己眼前被删除。郁人的旧伤在这场屠杀中重新裂开，他曾经失去养母，如今又看见更多数码兽被同一个人类凶手推向灭亡。
托马在这一阶段遭到仓田的精准利用。仓田抓住托马对妹妹病情的牵挂，用治疗承诺和家族压力迫使他离开 DATS。托马表面上站到仓田一边，亲手与大和淑乃对立；他内心仍在计算怎样保护妹妹、怎样保留反击机会。大无法接受托马的背离，两人的冲突从战术分歧变成信任破裂。托马的选择让 DATS 几乎崩溃，也让仓田短暂掌握了队伍内部最冷静的头脑。
托马最终没有成为仓田的工具。他看清仓田所谓治疗和保护只是控制手段，也看见仓田的计划会把人类和数码兽一起推向毁灭。伽奥兽陪他重新面对自己的选择，托马回到同伴身边，用自己的判断撕开仓田布下的局。大没有用胜负清算这次背离，而是在战斗中重新接住托马。DATS 因此恢复完整，队伍也从单纯的伙伴关系进入更深的信任：他们都曾被恐惧、亲情或愤怒拉偏，却仍能回到保护两个世界的共同目标上。
贝尔菲兽与爆裂模式的觉醒
仓田真正的野心藏在贝尔菲兽身上。他收集数码兽数据，制造灾难，最终把沉睡的魔王级力量唤醒，并试图用自己的身体和系统与贝尔菲兽结合。这个计划已经超出人类对数码兽的防卫，变成一个人类科学家试图支配两个世界的妄想。仓田一边宣称数码兽危险，一边把最危险的力量纳入自己体内，让恐惧变成统治欲。
贝尔菲兽苏醒后，城市成为巨大怪物的战场。DATS 的常规力量无法压制它，托马、淑乃和郁人各自拖住局面，大和亚古兽则直面仓田。大经历过闪光暴龙兽失控，知道自己的愤怒会把力量导向毁灭；这一次，他必须把数码之魂从单纯的怒火重新拉回保护同伴和阻止灾难的意志。亚古兽在这种意志中回应他，闪光暴龙兽获得新的爆裂形态。
闪光暴龙兽爆裂模式的出现改变了战斗。大没有让力量继续向失控滑落，而是把拳头、伙伴信任和守护意志集中到一次正面突破中。仓田操纵贝尔菲兽的身体抵抗，试图以庞大力量碾碎 DATS；大和亚古兽则在同伴支援下穿过攻击，把仓田从贝尔菲兽的毁灭性力量中击溃。贝尔菲兽倒下，仓田的灭绝计划也随之瓦解。
可是仓田死前留下了更大的破坏。他启动空间震荡装置，让人类世界和数码世界开始失去距离。两个世界没有在胜利后自动恢复，反而朝着碰撞和融合滑去。数码之门不再只是偶发裂缝，而变成可能毁灭两边结构的巨大灾难。仓田被击败后，他制造的恐惧仍然转化成世界层面的后果，逼出隐藏在数码世界最高处的判断者。
沉睡城市与阿尔戈兽之夜
在 DATS 与数码世界危机不断升级的某个阶段，人类城市又遭到一次异样攻击。毒刺般的荆棘蔓延街道，普通人连同大、托马和淑乃一起陷入沉睡。没有人类搭档的指挥，亚古兽、伽奥兽和拉拉兽只能以自己的判断行动。它们穿过安静而危险的城市，面对哥布林兽和奥加兽的袭击，救下名为莉兹姆的少女。
莉兹姆揭开袭击源头：阿尔戈兽用荆棘让人类沉睡，试图把城市变成受它支配的巢。三只伙伴数码兽没有依赖 DATS 的命令，也没有等待人类醒来，它们保护莉兹姆，向被荆棘缠绕的高处前进。阿尔戈兽的力量让它们一次次被压制，伽奥兽和拉拉兽在没有搭档数码之魂支撑的情况下承受极限，亚古兽则继续以大教给它的方式向前冲。
大从沉睡中醒来后，战斗被重新点燃。阿尔戈兽已经进化成更庞大的姿态，闪光暴龙兽的 GeoGrey Sword 被压制，大也无法只靠一次冲击结束战斗。莉兹姆把自己的愿望与大和亚古兽的意志连在一起，闪光暴龙兽再次触及爆裂形态，以燃烧的力量贯穿阿尔戈兽。阿尔戈兽化为数码蛋，莉兹姆带着它回到数码世界。这个夜晚没有改变 DATS 与仓田、世界树之间的主线战争，却让伙伴数码兽证明：即使人类暂时倒下，它们也能继承搭档的意志守住现实。
世界树的判决与皇家骑士进军
仓田造成两个世界碰撞后，世界树作出冷酷判决。它以数码世界管理者的身份观察人类历史，看见仓田的屠杀、实验和空间破坏，认定人类世界是数码世界存续的威胁。大门英的身体被世界树作为显现意志的容器，皇家骑士则接到命令：为了拯救数码世界，毁灭人类世界。
大面对父亲的身影时，冲突变得更加残酷。他寻找多年的父亲站在敌方最高处，说出的却是世界树的判决。皇家骑士拥有远超普通完全体和究极体的力量，奥米加兽、杜纳斯兽、领主骑士兽、芳香兽等骑士按照命令进入现实，攻击城市与防线。DATS 无法再把战斗局限在秘密任务中，人类社会亲眼看见数码世界最强秩序向自己压来。
颅骨兽成为大理解这场战争的关键对手。它最初忠于世界树，认为人类过去的罪足以证明毁灭命令的必要。大与亚古兽不断冲向它，托马、淑乃、郁人和各自伙伴也在战斗中保护普通人。颅骨兽看见这些人类没有选择仓田的道路，也看见数码兽伙伴愿意为了人类承受伤害。它的判断开始动摇，随后用自己的盾与身体支撑两个世界的压力，争取阻止碰撞的时间。
萨摩队长与管狐兽的真实力量也在皇家骑士战中显现。管狐兽进化为斯雷普兽，原来它本身也是皇家骑士之一。它没有盲从世界树的命令，而是带着 DATS 逃离必死局面，随后与同为骑士的杜库兽展开决战。皇家骑士内部第一次出现裂缝：服从世界树的秩序和亲眼所见的生命事实开始冲突。DATS 不只是对抗皇家骑士，也在迫使皇家骑士重新判断自己守护的究竟是命令，还是世界中的生命。
番长狮子兽、父亲与世界树本体
大继续追寻父亲的真相时，番长狮子兽挡在道路上。它长期在关键处出现，既像守护者，又像隐藏真相的人。最终，大得知番长狮子兽与大门英之间存在深刻联系：大门英在对抗世界树的过程中付出身体和生命层面的代价，番长狮子兽则承担了保存与支撑的使命。大一直追逐的父亲并非简单站到世界树一边，父亲的存在早已被世界树夺取、借用和压迫。
这个真相让大与世界树的战斗从父子对立转向夺回意志。世界树使用大门英的身体发号施令，试图让大在情感上崩溃；大没有停止前进，而是用拳头和数码之魂逼近那具被占用的身体。番长狮子兽在关键时刻选择牺牲，释放大门英被束缚的可能，也为闪光暴龙兽创造攻击世界树容器的机会。大亲手攻击父亲的外壳，承受的不是仇恨，而是必须把父亲从世界树控制中解放的痛苦。
世界树失去大门英的身体后，显露出更接近系统意志的形态。它不再借父亲面孔说话，而是以管理者的姿态亲自压向人类世界。皇家骑士中的怀疑继续扩大，一部分骑士在与 DATS 的战斗中看见人类与数码兽共同保护世界的事实，不再愿意无条件执行灭绝命令。托马的幻影伽奥加兽、淑乃的蔷薇兽、郁人的鸦神兽相继触及爆裂形态，他们不再只是大和亚古兽的支援者，而是各自完成了意志的跃迁。
世界树的力量仍然压倒所有单独的伙伴。两个世界的碰撞继续逼近，颅骨兽的支撑接近极限，城市与数码世界的结构都在震荡中失去稳定。DATS 把战斗推到最后一线：他们必须让世界树亲眼看见，人类并非只有仓田那种恐惧和支配，也有大门英留下的信任、大对亚古兽的并肩、托马对家人的守护、淑乃对自我价值的确认、郁人在两种身份之间找到的连接。
人类与数码兽合心的终局
最后的战斗中，DATS 不再只依靠个人的数码之魂。城市中的人类、数码世界中的数码兽、曾被保护的人和曾被误解的生命，都把自己的意志投向战场。大和亚古兽站在最前方，其他伙伴用各自爆裂形态支撑路线，皇家骑士的动摇也让世界树的绝对命令失去基础。世界树面对的不再是几名反抗者，而是两个世界中愿意共同存续的生命。
大把所有人的数码之魂汇聚到自己和亚古兽身上。闪光暴龙兽爆裂模式冲向世界树本体，穿过系统意志构成的压迫，把最后一击打入那套冷酷判决之中。世界树被击败后，没有以毁灭收场。它承认人类与数码兽共同成长的可能，停止毁灭人类世界的命令。两个世界的碰撞被阻止，颅骨兽的支撑得以结束，皇家骑士也从灭绝行动中退下。
这场胜利同时清算了仓田留下的全部因果。仓田用恐惧制造屠杀，屠杀制造仇恨，仇恨导致世界树判决，判决又把皇家骑士推向人类世界。DATS 的胜利没有抹去过去的死亡，却切断了继续互相毁灭的链条。郁人终于能够承认自己既与数码世界有亲情，也与人类世界有血缘；托马完成对妹妹和同伴的双重责任；淑乃不再把自己放在可有可无的位置；大则走到了父亲当年试图抵达的地方，让两个世界重新获得对话可能。
数码兽伙伴们随后必须返回数码世界。通道关闭后，两边不能继续像过去那样随意往来。亚古兽、伽奥兽、拉拉兽、隼鹰兽和其他伙伴离开人类世界，是为了帮助数码世界恢复秩序，也是为了让两个世界在安全距离中重新建立关系。DATS 队员经历了多次并肩战斗，已经无法把分别看成普通任务结束；他们送走的是共同穿过战争的家人。
大没有停在人类世界等待下一次门打开。他选择追随父亲的道路，和亚古兽一起前往数码世界，继续用自己的方式理解那里、守护那里，也继续寻找人类与数码兽真正共处的未来。托马回到医学与研究道路，最终用自己的才能治疗妹妹并改变现实中的人生；淑乃继续在人类社会维持秩序；郁人与亲生家人重新生活，也保留在数码世界获得的身份。DATS 原本只是处理异常事件的机构，经历仓田、贝尔菲兽、皇家骑士和世界树危机后，成为两个世界从互相恐惧走向共同存续的见证。
新边界
世界树被击败后，人类世界没有获得支配数码世界的权利，数码世界也没有继续执行毁灭人类的判决。两个世界停在一条新的边界上：数码之门关闭，伙伴分别，皇家骑士回到自己的秩序，幸存的数码兽重建家园，人类社会则把曾经隐藏在 DATS 档案里的灾难慢慢重新吸收进日常。仓田留下的技术、恐惧和伤口不再推动下一场灭绝，但它们成为所有幸存者必须记住的前史。
大门大和亚古兽留在数码世界的身影，延续了大门英当年的未竟道路。父亲曾在两个世界第一次裂开时留下桥梁，儿子则在世界树判决之后继续守住这座桥。DATS 的伙伴们分散在人类世界和数码世界两端，各自带着搭档关系留下的改变生活。这个连续性的终局没有把两个世界融合成同一个家园，而是让它们在经历战争、误判和牺牲后，重新承认彼此存在的资格。