《十斗士与数码世界重生编年史》
古代十斗士与光明坠落
数码世界在遥远过去曾由光明维持秩序。路西法兽以天使的形态降临时，许多数码兽把他当成能够终结混乱的统治者。他确实带来过安定，也让世界相信一个强大的中心可以压住纷争。可他的力量不断膨胀，统治逐渐变成支配，支配又变成对整个数码世界数据的占有。反抗由此诞生，十位古代数码兽站到他面前，把各自元素的力量汇成战线。
十斗士付出生命代价击败路西法兽，把他封入黑暗区域。战争结束后，他们没有以原来的形态继续统治世界，而是把力量分成二十枚斗士精神：火、光、风、冰、雷、土、木、水、钢、暗，每一种元素都留下人型与兽型两种形态。斗士的身体消失，力量被保存下来，等待新的继承者在世界再次失衡时出现。
三大天使接过战后的秩序。炽天使兽、座天使兽与智天使兽分别承担治理、守护和理解世界的职责。数码世界从古代战争后的废墟中恢复，村落、车站、森林、风之工厂、玩具镇和云上的城堡重新形成生活秩序。可路西法兽留下的不只是封印里的威胁，他也留下了权力如何腐蚀守护者的裂痕。
智天使兽在漫长治理中逐渐感到被排斥。他认为炽天使兽和座天使兽无法理解兽型数码兽的处境，也误读了他们之间的会面。猜疑被黑暗放大，他离开原来的职责，夺取并污染了部分斗士精神，把数码世界拖进新的分裂。座天使兽被困，炽天使兽沉睡，三大天使的秩序从内部塌陷，古代斗士留下的力量也被迫等待来自人类世界的新继承者。
涩谷列车与火之继承
神原拓也在现实世界接到一条陌生讯息。讯息把他引向涩谷地下车站，那里没有普通列车的日常秩序，只有一辆通往未知世界的轨道。拓也追上车门时，源辉二、织本泉、柴山纯平和冰见友树也被各自的孤独、倔强或逃避推到同一条线路上。列车穿过现实边界，把五个孩子送入数码世界。
他们最初面对的不是英雄使命，而是陌生土地、陌生数码兽和无法回头的恐惧。拓也在火焰之地得到火之斗士精神，变成火神兽。他第一次以自己的身体进入战斗，才明白这里的进化不是让伙伴数码兽代替自己冲锋，而是把人类自身推入数码兽的战场。辉二得到光之精神，成为野狼兽；泉得到风之精神，纯平得到雷之精神，友树得到冰之精神。每个人都必须把自己的软弱带进斗士形态，再用行动改变它。
波高兽和问答兽成为孩子们的向导。波高兽带着关于斗士、三大天使和数码世界历史的记录，却无法替他们战斗；问答兽滑稽、迟钝，却在不断逃亡中让队伍保留一点生活感。孩子们穿行在被智天使兽势力破坏的区域，看见被夺走数据的土地，看见普通数码兽在强者之间失去家园。斗士精神不再是传说里的遗物，而是他们每前进一步都要承担的重量。
拓也最先冲在前面，也最先暴露自己的急躁。他习惯把行动当作答案，却不断被失败逼着看见别人也在承受恐惧。辉二总是独自行动，他把冷静当成距离，不愿解释自己为何拒绝依赖同伴。泉在异世界里争取被尊重，纯平试图用热闹掩盖不安，友树则从受欺负的孩子慢慢学会做选择。队伍真正形成，不靠他们同时得到力量，而靠每一次争吵、救援和回头让他们重新上车。
邪恶斗士与分裂的世界
智天使兽的阵营派出被污染的斗士精神。土之古洛顿兽、木之阿尔波兽、水之拉娜兽、钢之梅尔丘兽和暗之杜斯克兽占据不同区域，像古代斗士力量的扭曲回声。他们不是单纯的守门敌人，而是把数码世界的分裂落实到每一片土地：村庄被驱赶，城堡被攻占，铁路被切断，孩子们每夺回一种精神，世界就少一块被黑暗支配的据点。
土之斗士先用兽型力量压倒孩子们。拓也被迫面对自己只会冲刺的局限，火之力量在失控中让他变成炎龙兽，也让他感到力量可能吞没自己。辉二、泉、纯平和友树的兽型精神也逐渐出现，每一次兽型进化都伴随更大的破坏力和更高的失控风险。斗士精神要求继承者承受古代战士的力量，孩子们必须学会控制，而不是只追求更强形态。
拉娜兽把美貌、嫉妒和水之精神结合在一起，她与泉的冲突让泉不再只是队伍里被调侃的女孩。泉在风与水的对抗中争取自己的位置，她用速度、判断和不退让赢得战斗，也让队伍明白每一种精神都代表一种承担。纯平面对梅尔丘兽时同样被自卑拖住，他想被认可，却总是用夸张表现掩盖害怕被忽略的事实。雷之力量在战斗中逐渐稳定，纯平也从想证明自己，转向保护别人。
阿尔波兽的战败没有直接结束木之精神的威胁，因为杜斯克兽出现后夺走了他的精神。暗之斗士远比前几名敌人危险，他不仅强大，而且与辉二之间有无法解释的牵引。辉二在每次与杜斯克兽交手时都感到熟悉的痛感，像有一段被现实世界切断的关系正在数码世界里以敌人的形态回返。队伍的战争从夺回被污染的精神，转向揭开暗之精神背后的身份。
失落岛上的人型与兽型战争
在数码世界的旅途中，孩子们被卷入一座漂浮的失落岛。岛上人型数码兽与兽型数码兽长期敌对，双方都相信对方会毁掉自己的生活。拓也、纯平和友树先进入人型数码兽的村落，辉二和泉落到兽型数码兽的阵营。两边都拥有自己的伤痕、领袖和战斗理由，孩子们被迫在同伴分散的局面中听见两套互相冲突的叙述。
人型一方的达尔克兽鼓动村民参战，兽型一方的希波格里芬兽也用同样的仇恨调动部族。双方准备开战时，拓也和辉二试图用斗士形态阻止冲突，却被两边同时视为敌人。纯平、泉、友树、波高兽和问答兽在壁画前拼出失落岛的旧记录，发现岛上真正被封印的是凶恶的欧尼斯兽，而人型与兽型的战争正在补齐复活它所需的数据。
达尔克兽与希波格里芬兽的伪装被揭开后，幕后操控者姆尔姆克斯兽现出原形。他利用两个身份制造仇恨，用战争收集数据，再试图借欧尼斯兽支配失落岛。孩子们和岛上居民被迫并肩作战，科特兽为了守住古代火与光斗士的壁画挺身牺牲，熊仔兽的悲伤和居民的觉醒唤起古代战士的残影。战斗结束后，欧尼斯兽被击败，失落岛回归数码世界，人型与兽型数码兽在共同见证骗局后停下战争。
这场插入主线之外的危机没有改变智天使兽战争的最终方向，却提前把数码世界的根本裂痕摆到孩子们面前。人型与兽型不是天生必须互相毁灭，真正危险的是有人利用恐惧制造阵营，再把仇恨转化为复活灾厄的数据。孩子们离开失落岛时，已经见过一种更古老、更普遍的分裂；他们后来面对智天使兽与三大天使的争执时，不再只能把敌人理解成单纯的怪物。
辉二与辉一的黑暗裂口
杜斯克兽不断追击队伍，辉二的冷静在他面前被一层层撕开。现实世界里，辉二曾以为自己只是父母离异后被母亲带走的孩子；数码世界却把他遗失的另一半推回眼前。杜斯克兽的真实身份是木村辉一，辉二的双胞胎兄弟。辉一在现实世界得知自己还有弟弟后追到车站，却在楼梯上摔落，身体留在现实，意识被黑暗带进数码世界。
智天使兽利用辉一的孤独和怨恨，把暗之精神交给他。杜斯克兽的力量像一层铠甲，把辉一对家庭、命运和弟弟的痛感包住，也让他把被遗弃的感觉投向辉二。辉二在战斗中被迫面对自己不愿承认的家族裂口，他曾把独立当成保护自己的方法，直到看见辉一因同一段历史坠入黑暗，才明白沉默也会变成伤害。
拓也介入这场兄弟对抗时，靠的不是单纯战斗力。他曾经在恐惧中短暂逃回现实世界，看见自己如果不上车，朋友可能在数码世界被毁掉。那次回头让拓也从冲动的孩子变成愿意承担后果的人。他帮助辉二追进黑暗，不让兄弟关系被杜斯克兽的形态完全吞没。辉二击败杜斯克兽后，没有把辉一当作敌人处理，而是把他从暗之精神的污染中拉出来。
暗之斗士精神恢复为真正的形态，辉一成为黑狮兽与凯撒狮子兽的继承者。六名孩子的队伍至此完整，十斗士中曾被黑暗覆盖的一环回到战线。辉一的加入改变了队伍的结构，也改变了辉二的命运：他不再只是一个独自前进的光之斗士，而是必须和失而复得的兄弟共同面对同一场战争。
三大天使崩塌与智天使兽之战
孩子们继续前进，终于接近座天使兽的囚笼。座天使兽告诉他们，智天使兽的背叛来自误解、孤立和黑暗侵蚀，但此刻的智天使兽已经把整个数码世界拖入战争。她把自己的力量交给孩子们，用生命与数据为他们打开前进道路。炽天使兽早已被封在沉睡状态，他的城堡后来也在战争中成为被争夺的数据核心。三大天使的秩序只剩下残片，孩子们必须用古代斗士的遗产接过守护职责。
拓也和辉二在战斗中得到融合形态，火与光的力量分别抵达凯撒暴龙兽和铠甲加鲁鲁兽。两人的强大不再来自单一精神，而来自多个斗士精神的合流。可力量合流也带来代价：其他孩子的精神被纳入他们的战斗体系，泉、纯平、友树和辉一必须接受自己不总是站在最终攻击的位置，却仍然是力量能够合成的基础。队伍的胜负从个人表现转成整体承受。
智天使兽的城堡战把前半段战争推向终点。他以压倒性黑暗力量对抗孩子们，试图证明自己的愤怒和统治合理。拓也与辉二借融合形态顶住他的攻击，同伴们则用各自精神支撑战线。战斗中，智天使兽残存的善意被唤回，他在战败后恢复到未被污染的本性。孩子们以为战争终于结束，数码世界却没有得到真正和平。
智天使兽只是被路西法兽利用的守门人。真正的灾厄仍在黑暗区域深处等待数据补齐。前半段战争让孩子们夺回了斗士精神，也让他们修复了辉一与辉二的裂口；可三大天使秩序的崩塌已经让路西法兽看到机会。古代封印开始松动，新的敌人不再满足于统治某些区域，而是要把整个数码世界的数据送入黑暗。
皇家骑士与世界数据消失
智天使兽倒下后，路西法兽召来皇家骑士：杜纳斯兽与领主骑士兽。他们不需要像前面的邪恶斗士那样占据村落，也不需要用局部冲突消耗孩子们。他们的任务直接而残酷：扫描数码世界各区域的数码代码，把土地、城堡、森林、村庄、月亮和生命据点一点点送入黑暗区域，换取路西法兽复活。
孩子们第一次面对皇家骑士时迅速败下阵来。凯撒暴龙兽与铠甲加鲁鲁兽拥有融合精神的力量，却仍然无法阻止两名骑士持续拆解世界。普通数码兽从家园撤离，曾经帮助孩子们的地点一个接一个被抹去。战斗不再只是击败某个敌人后恢复地区秩序，而是整个世界的底层数据正在被剥离，孩子们每迟一步，就少一片可以守住的土地。
皇家骑士的推进让队伍承受漫长失败。拓也和辉二反复挑战，其他同伴反复支援，却一次次看见关键区域被扫描。辉一在这段战争中承受更深的身份压力，因为他逐渐意识到自己的身体并不在数码世界。他是现实中昏迷身体投下的数字影子，一旦数码世界中的自己被毁，他可能再也无法醒来。辉二必须在守护世界与守护兄弟之间同时行动，光与暗的关系因此变成最后战线的一部分。
月亮上的数码蛋让孩子们重新看见希望。那些从灾难中回归幼年形态的数码兽，证明数据被破坏后仍可能进入新的生命循环。智天使兽、座天使兽和炽天使兽也以重生的幼年形态出现，三大天使曾经失败的秩序没有完全消失。孩子们从这片残存生命中得到支撑，再次迎战皇家骑士。凯撒暴龙兽和铠甲加鲁鲁兽最终击败两名骑士，可路西法兽没有奖赏他们，而是吸收他们的数据，完成更强形态的复活。
路西法兽复活与暗之牺牲
路西法兽从封印中归来时，数码世界已经被扫描得接近空壳。杜纳斯兽与领主骑士兽被吸收后，他进化为堕落形态，善与恶的数据在同一身体里分裂。拓也和辉二尝试用融合形态与他对抗，却发现过去的胜利方式已经不足以击穿最终灾厄。路西法兽的力量不仅来自自身，也来自被扫描的世界数据和古代封印松动后的黑暗。
辉一在终局前被推到命运中心。路西法兽攻击他，夺走他的数字形态数据。辉二看见刚刚找回的兄弟再次被黑暗吞没，怒意和痛苦让他几乎失去控制。拓也也在这一刻明白，队伍一路寻找的不是让某一个人变成最强战士，而是让所有继承的精神在同一处汇合。辉一的牺牲把光与暗、现实与数码世界、兄弟重逢与最终战争全部压到同一个节点。
十斗士精神聚集，须佐之男兽诞生。这个形态不再属于某一个孩子，也不是火与光的简单合体，而是十种元素、六个孩子、古代战士残留意志共同形成的终局战士。须佐之男兽击败路西法兽的堕落形态，却只清除了他的部分数据。路西法兽进一步变成撒旦形态，黑暗球体中还藏着承载意识的幼虫形态，并冲向现实世界。
战场由数码世界转向现实边界。孩子们已经没有完整的数码世界可以退守，路西法兽若在现实中展开破坏，古代战争就会越过网络与世界的隔膜。三大天使的残存力量重新鼓励孩子们，十斗士精神从须佐之男兽中显现，最终合力斩向路西法兽幼虫。黑暗核心被摧毁，路西法兽的复活链条被切断，被扫描的数据开始回流，数码世界从消失边缘重新形成。
重生的数码世界与回到现实的孩子
路西法兽被消灭后，数码世界不再停留在被皇家骑士拆毁后的空洞状态。被夺走的数据返回，土地、城堡和生命循环重新出现。三大天使以新生形态延续守护职责，普通数码兽回到家园，曾被古代战争和当代背叛撕裂的世界获得重生。十斗士精神完成了从古代遗物到新一代守护力量的循环。
孩子们必须离开。通往现实的列车重新出现时，他们已经不再是被短信召来的迷路者。拓也学会在冲动之后承担后果，辉二学会把孤独打开给兄弟和同伴，泉、纯平、友树不再只是附属战力，而是在旅程中把自尊、认可和勇气落到行动里。辉一则带着最危险的处境返回现实，他的身体仍在医院里等待醒来。
现实世界的时间几乎没有流逝。孩子们冲出车站，赶到辉一身边，用数码暴龙机残留的力量把他从昏迷边缘拉回。数码暴龙机重新变回手机，通往数码世界的入口消失在日常生活表面。可每个人都把那场战争带回现实：他们已经亲手进入一个崩塌世界，继承古代斗士，经历伙伴离散、兄弟重逢和最终复生。
数码世界停在重生之后。路西法兽不再支配黑暗区域，智天使兽的背叛被善意回归和新生循环收束，皇家骑士造成的数据毁灭被逆转。十斗士的力量没有以新的统治者身份留下，而是在孩子们回归现实后重新成为守护世界的记忆。现实中的拓也、辉二、泉、纯平、友树和辉一继续走向各自人生；数码世界则在恢复的数据中重新展开生活，像古代战争结束后那样，把下一段和平交给仍然存在的生命。