《死亡笔记编年史》
死神界的笔记落入人间
死神界的天空长期停在灰暗与腐朽之间。死神靠书写人类姓名取得寿命，却很少再把这种权力当成使命。琉克厌倦了空洞的日子，他把另一名死神希多的笔记据为己有，又故意让一本死亡笔记坠入人间。那本黑色笔记落在校园地面上，封面上写着死亡的规则，等待第一个愿意翻开它的人。
夜神月捡起笔记时只是一个成绩优异、生活平稳的高中生。他在课堂与街头之间看见新闻里的罪犯、城市里的暴力和成年人维持的秩序，心里早已积累对世界的厌恶。他最初把笔记规则当作恶作剧，随后写下一个正在劫持幼儿园的犯人姓名。电视上的死亡结果让他第一次确认，纸面上的字可以越过法律和距离，直接剥夺一个人的生命。
第二次试验发生在街头。月看见一个男人骚扰女性，在笔记上写下姓名和死因，男人随后被车辆撞死。两次死亡把怀疑变成确定，他开始用新闻、网络与公开资料筛选罪犯，把自己放到审判者的位置。琉克来到他身边，只说明笔记已经属于人类世界的使用者，等待月如何消耗这份权力。
基拉秩序的形成
月很快把杀人行动扩展为日常制度。他在房间里持续记录罪犯姓名，让心脏麻痹成为全球新闻的共同结尾。各国警方先把连续死亡视为异常案件，随后发现目标都与公开犯罪信息有关。网络上开始出现“基拉”这个名字，有人恐惧，有人欢呼，有人把未知杀手当成降临人间的审判者。
月接受了这个名字，并把它改造成自己的面具。他相信恐惧可以压低犯罪，信奉者可以成为新世界的民意，警方的追查会暴露旧秩序的软弱。他开始把死亡笔记藏进抽屉机关，设置火焰装置和伪装痕迹，白天继续扮演优秀学生，夜晚在屏幕前扩张审判范围。夜神家中，父亲夜神总一郎正是负责追捕基拉的警察之一，基拉的中心由此藏进调查核心的阴影里。
国际刑警会议被连续死亡压到临界点，L 接手案件。他没有公开面孔，只通过渡传递指令，先用死刑犯林德·L·泰勒在电视上伪装自己。月在转播中被挑衅，立刻写下泰勒的名字。真正的 L 随即切入画面，宣布这场直播只在日本关东地区播出，基拉刚刚亲手暴露了所在区域，也暴露了杀人需要目标姓名和面孔的限制。
FBI调查与南空直美的消失
L 把调查方向收紧到日本警方及其亲属周围，派出 FBI 探员暗中监视相关家庭。月发现自己被跟踪后，没有急于逃离。他制造公交车劫持事件，让跟踪他的雷·彭巴在紧张局面中亮出证件，又利用死亡笔记规则让劫匪看见琉克而失控。雷·彭巴以为自己完成了一次普通确认，却把姓名交给了目标。
月随后在车站设局。他让雷·彭巴在不知真相的状态下写下其他 FBI 探员的姓名，利用信封、文件夹与列车时间差，让彭巴亲手把整个日本调查组送入死亡名单。彭巴下车后心脏麻痹倒地，临死前看见月站在车门外。FBI 阵线被一次行动切断，L 失去了外部调查力量，也确认基拉有能力操控被害者生前行为。
彭巴的未婚妻南空直美曾参与过重大案件，思路比普通调查者更接近 L。她根据公交车事件推断基拉可以控制死前行动，并试图把线索交给警方。月在警察厅门口遇见她，意识到她即将接近关键真相，便用闲谈拖延她的行动。他一步步取得她的信任，诱导她说出真名“南空直美”，随后写下让她自杀失踪的命令。她走向无人知晓的死亡地点，调查方失去一条足以提前揭开基拉身份的线索。
L进入月的生活
FBI 探员集体死亡后，愿意继续追查基拉的日本警察只剩少数人。夜神总一郎带着松田、相泽、模木、宇生田等人进入 L 的封闭调查体系。L 向他们展示自己的真实行动方式：持续监控、极端怀疑、把自己也放进风险之中。他明白基拉极可能藏在被 FBI 监视的家庭里，而夜神家是最危险的候选点之一。
月进入东应大学后，L 以“流河旱树”的身份出现在他面前，并直接告诉他自己就是 L。这个举动把两人的战争推进到近距离。L 通过网球、入学典礼、日常对话观察月的反应，月则在每一句话里寻找 L 的真名和破绽。两人都知道对方拥有危险智力，也都需要维持表面合作；一个想把嫌疑人逼到露出杀意，一个想在调查组内部成为最可信的人。
夜神家和北村家被安装摄像头与窃听器。月发现监控后，把生活演成一套无害剧本。他藏起微型电视，在吃零食的动作中观看犯罪新闻，同时用笔记碎片继续杀人，让 L 看到他被监控时仍有犯人死亡。L 无法排除月的嫌疑，却也无法证明他在摄像头下行动。月第一次把家庭空间、校园身份和杀人节奏结合起来，让基拉在被看见的状态下继续存在。
第二基拉与海砂的介入
电视台收到新的基拉录像，播报人员与警方人员接连死亡。第二名使用者拥有死神之眼，可以看见人类姓名和寿命，杀人条件因此比月更宽。弥海砂为了寻找曾经惩罚杀害她家人的基拉，把自己的录像送到樱花电视台，试图让真正的基拉回应她。她身边的死神雷姆保护着她，因为另一个死神杰拉斯曾为救海砂耗尽生命，留下的笔记也转到她手中。
月意识到第二基拉既是威胁，也是工具。他与海砂接触后，把她的崇拜变成可利用的忠诚。海砂愿意为了月交换眼睛、服从指令，甚至接受被牺牲的风险。月则看中她能直接看见姓名的能力，准备用她突破 L 的匿名防线。两本死亡笔记、两个死神和两个基拉信号开始交缠，基拉案件从单人隐藏行动变成多重持有者之间的危险合作。
L 通过录像特征、物证和海砂的行动轨迹锁定她。海砂被拘禁后，雷姆警告月，如果海砂因月的计划而死，自己会杀死月。月在压力中安排更深一层的脱身方案：他与海砂放弃笔记所有权，失去相关记忆，把杀人能力转交到外部。L 拘禁月与海砂，连续死亡一度停止；随后新的死亡重新出现，调查组被迫承认另有基拉正在行动。
失忆、监禁与四叶集团
失去记忆的月在监禁中恢复成原来的优秀青年。他没有基拉记忆，也真诚地反感杀人行为，这让夜神总一郎和调查组一度动摇。L 仍旧无法完全信任他，便把月铐在身边，让他作为嫌疑人兼合作者参与调查。两人共同追查新的死亡流向，月的推理能力回到正面阵营，反过来成为抓捕基拉的力量。
新的杀人行动与四叶集团的商业利益吻合。集团内部有一名成员持有死亡笔记，利用杀人排除竞争对手，推动公司获利。调查组通过监控、潜入和信息诱导逐步锁定火口卿介。松田冒险进入四叶，被迫伪装成意外死亡以保护身份；调查组随后设计电视节目陷阱，引诱火口为了灭口而亲自行动。
追捕火口时，死亡笔记重新进入调查组手中。月触碰笔记的一瞬间恢复全部记忆，明白自己过去的计划已经走到预定节点。他立刻接管局面，在手表暗格中取出纸片写下火口姓名，让火口死去，切断他作为持有者的证词。调查组看见了笔记和死神，却只抓住了被安排好的替罪者；月重新成为基拉，也重新站在 L 身边。
雷姆杀死L后的基拉时代
笔记规则进入调查组视野后，L 逼近了最关键的真相。他怀疑十三天规则是伪造规则，准备验证笔记真假。这个验证一旦完成，月与海砂曾经通过放弃所有权脱身的逻辑就会崩塌。月把压力引向雷姆：只要 L 继续追查，海砂会再次被捕，雷姆为了保护海砂只能行动。
雷姆在调查总部写下渡和 L 的名字。渡先倒下，数据删除程序启动；L 随后在月面前死亡。月扶住他时压住内心胜利的狂喜，调查组只看见又一场基拉造成的失败。雷姆也因延长海砂寿命而化为尘埃，月得到第二本笔记和调查核心的空缺。L 的死亡让世界上最接近真相的人消失，基拉案件失去原来的中心。
月继承了 L 的位置，对外继续扮演追捕基拉的指挥者，对内控制调查节奏。他让海砂恢复基拉行动，让高田清美等媒体人物逐渐成为传话渠道，把“基拉是正义”的声音推向公众。犯罪率下降与恐惧扩散同时发生，各国政府开始在沉默中适应基拉存在。旧司法秩序仍保留机构外壳，真正能决定生死的名字却越来越多地流向月的笔记。
L的继承者分裂
L 死前留下的继承者在华米之家长大。尼亚冷静、谨慎，擅长从证据结构里搭出逼近真相的路径；梅洛激烈、好胜，愿意把自己投入犯罪组织和暴力交易中夺取结果。两人得知 L 死后，没有合并成同一阵线。尼亚组建 SPK，试图以独立调查组织重新审视基拉案件；梅洛进入黑手党世界，准备通过夺取死亡笔记撬开月建立的局面。
梅洛首先击中夜神家的软肋。他绑架夜神总一郎的女儿夜神粧裕，要求日本调查组交出死亡笔记。月以 L 的身份指挥行动，又受到亲情与基拉身份的双重限制。总一郎为了救女儿交出笔记，黑手党获得杀人权力，基拉第一次在外部强敌面前失去关键武器。希多也为取回自己的笔记来到人间，让死亡笔记来源和所有权变得更加混乱。
黑手党利用笔记扩大防线，梅洛借它逼迫调查组和 SPK 同时行动。月安排突袭，夜神总一郎接受死神之眼交易，冲入黑手党据点确认梅洛姓名。行动中总一郎受重伤，临死前因看见月仍有寿命而相信儿子仍然清白。月没有得到梅洛的完整姓名，却失去了父亲，也失去了一层能替他遮蔽嫌疑的人性外壳。
尼亚的逼近与基拉代理人
尼亚从调查组内部矛盾和 L 死后的权力结构中推断，第二代 L 与基拉可能重合。他通过对话反复刺激日本调查组，让相泽等人重新审视月的判断。月表面维持合作，内心已经把尼亚视为必须清除的新敌人。他逐步减少海砂直接行动的价值，寻找一个更冷静、更能遵守命令的代理人。
魅上照成为月选中的执行者。魅上从自己的成长经历中形成极端审判观，把弱者受害、恶人逃脱和社会妥协都归入应当被基拉清除的污浊。他得到笔记后，把每天书写名字当成仪式，按固定节奏前往银行保险箱，筛选罪犯与违背基拉意志的人。月通过高田清美向他传令，让基拉行动与媒体神谕结合起来。
高田曾与月有大学时期的联系，又在公众面前成为基拉话语的代言人。月利用她与魅上海砂之间的信息差，把自己藏在多个女性的信任与服从背后。海砂失去核心作用，高田相信自己接近基拉神意，魅上相信自己执行神的裁决。尼亚则盯住魅上的规律，发现他过于整齐的行动背后存在可替换、可伪造、可诱导的笔记链条。
梅洛最后的破口
梅洛没有退出战争。他意识到尼亚的理性推理仍需要一次能逼出基拉真实反应的突发事件，于是绑架高田清美。高田被带入封闭车辆后，用藏在身上的笔记纸片写下梅洛真名，梅洛死亡。她随后等待月救援，却也成为月必须清除的证据源。
月无法亲自接触高田，只能通过隐藏纸片写下她的死亡安排，让她焚毁周围物证后死去。魅上得知高田被绑架后，也出于保护基拉的判断，擅自前往银行取出真正的笔记，在纸上写下高田姓名。这个超出月计划的行动被尼亚一方捕捉，SPK 跟踪魅上，发现他藏匿真笔记的地点。
梅洛的死亡因此打开最后破口。他的强攻迫使魅上打破固定规律，尼亚得以确认先前被调包的只是伪装本，真正笔记仍在保险箱中。SPK 复制整本真笔记，并在最终会面前完成替换。月相信自己已经让尼亚看到假象，尼亚则等着月在胜利瞬间亲口暴露身份。
黄盒仓库的终局审判
最终会面定在黄盒仓库。月带着日本调查组面对尼亚和 SPK，魅上在约定时间来到外部，准备写下除月之外所有人的名字。月等待四十秒，以为所有敌人都将心脏麻痹倒下。他数完时间后露出基拉的胜利姿态，宣布自己赢了。仓库里无人死亡，尼亚把被调换的真笔记与魅上的行动链摊开，证明月就是基拉。
月试图用话语夺回局面。他宣称自己让犯罪减少，宣称世界已经需要基拉，宣称自己拥有成为新世界神的资格。日本调查组在这一刻看清，多年杀戮已经把他们熟悉的夜神月磨成会把所有人都变成工具的基拉。相泽、松田等人看见月的表情和供述，旧日同伴关系彻底断裂。松田在愤怒中开枪击中月，阻止他继续写下尼亚的名字。
月重伤后仍向琉克求助，期待死神替他写下敌人的名字。琉克看着这场人间游戏走到尽头，拿出自己的笔记，写下夜神月的姓名。他曾在最初就说过，使用死亡笔记的人死时，名字会由他来写。月在仓库中迎来心脏麻痹，基拉的审判权回到死亡笔记最冷酷的规则里。魅上崩溃，海砂失去依附的神，调查组留下无法抹去的亲历与伤口。
基拉死后的世界
月死后，尼亚继承 L 的名号，基拉案件在调查层面被收束。日本调查组成员回到没有基拉指挥的现实中，松田不断回想最终会面中的细节，怀疑尼亚也可能使用死亡笔记操控了魅上的死亡或行为。这个怀疑没有得到证实，却让幸存者明白，死亡笔记污染过的战场很难恢复单纯的正义感。每个参与者都知道自己曾在笔记规则、伪装身份和必要牺牲之间做出选择。
世界没有立刻回到基拉出现前的状态。许多人曾在恐惧中服从，也有人曾在信仰中崇拜。基拉死去后，公开的审判神话开始崩塌，犯罪与司法重新交给人类制度承受。死亡笔记没有给世界留下新的神，只留下大量被心脏麻痹、事故、自杀和操控命令带走的人命，以及一批知道真相却难以公开解释全部过程的幸存者。
山野间仍有人聚集，点亮烛火，向已经消失的基拉祈祷。她们呼唤的神明早已死在仓库里，名字写在琉克的笔记上。死神界重新归于沉闷，人间也重新承受自己的罪与罚。死亡笔记曾经把一个少年推上审判者的位置，又把他从神座拖回被书写姓名的人类；最后留在人间的，是对基拉秩序的残余信仰，以及没有任何笔记能够替人类承担的死亡。