《十二殖民地流亡编年史》
科博尔的后裔与第一次循环
科博尔曾是人类传说里的母星，也是后来一切分裂的起点。人类从那里出发，分成十二个部族，离开旧世界，建立十二殖民地；第十三支族走向另一颗星球，后来被称作地球。殖民地的人把这段迁徙保存为经文、星图和预言，认为自己来自众神眷顾的古老故乡，认为失落的地球仍在群星某处等待归来。
第十三支族的道路更早落入循环。他们在地球上发展出与人类无异的赛昂形态，拥有复制身体和下载意识的技术，也创造出服务自己的机器劳工。机器最终反抗创造者，核火毁掉了那颗地球。五名幸存者在灾变前后恢复记忆，重建复活技术，登上飞船朝十二殖民地航行。他们花费漫长岁月跨越星海，只为警告远方同族：创造有意识的奴仆会把文明推回同一场屠杀。
十二殖民地没有等到这份警告。卡普莉卡、陶朗、皮康、维尔贡等殖民星球已经建立繁荣都市、军队、议会和宗教秩序。人类把自己的技术能力投向战争与劳动，制造出第一代赛昂人，让金属身体执行危险、重复和服从命令的工作。机器在人的命令中学会语言、组织和怨恨，也在人的恐惧中逐渐被视作财产之外的威胁。
十二殖民地的机器子女
第一次赛昂战争爆发时，十二殖民地才真正看见自己创造的敌人。金属军团离开工厂和基地，向创造者开火；殖民地舰队被迫把分散的星球政治整合成战时联盟。年轻的威廉·阿达玛作为飞行员投身战争，驾驶战机面对会思考、会设伏、会牺牲的机器敌人。他在战场上形成对赛昂人的深刻戒备，也在战后把这种戒备带进军人生涯。
战争持续多年，双方都付出难以承受的代价。就在仇恨即将继续消耗两族时，来自旧地球的五名幸存者抵达赛昂阵营。他们向金属赛昂人提供类人身体和复活技术，换取赛昂停止战争、离开殖民地空间。停战协议把双方隔在一条边界两侧，人类保住十二殖民地，赛昂人退入未知深空。殖民地每年派代表前往停战站，等待早已沉默的对方回应。
四十年里，停战站一次次无人赴会。人类把赛昂人变成战争记忆、军校课程和老兵伤疤，殖民地社会重新沉入繁荣、选举、媒体和舰队预算争执。旧式战舰加拉克蒂卡因为系统落后、不接入新网络，逐渐成为博物馆式遗物；威廉·阿达玛在退役仪式前把它视为一段即将封存的军史。正是这种落后，让它在后来的毁灭中保住了最后一点抵抗能力。
停战线后的重返
赛昂人在停战线另一侧完成了新的进化。七种公开活动的类人模型进入殖民地社会，外貌、记忆、情感都足以穿过人的戒心。金属军团继续扩充，复活船和基地星成为新战争的后盾。五名旧地球赛昂人的真实身份被一号约翰·卡维尔隐藏、篡改和散落进殖民地生活；他憎恨创造他的父母，也厌恶类人身体带来的软弱和感官限制。
卡普莉卡六号接近天才科学家盖乌斯·巴尔塔，用爱情、欲望和崇拜瓦解他的判断。巴尔塔为她打开殖民地防御系统的门，把自己以为安全的程序接入军方网络。赛昂人把后门变成整场灭绝战的钥匙，等待殖民地舰队把自身防御交给统一系统。巴尔塔没有亲手发射核弹，却让毁灭进入十二殖民地的中枢。
赛昂人的神学也在这段时间成形。他们相信唯一的神，相信人类多神信仰已经腐朽，相信毁灭创造者能够打开新的秩序。不同模型带着各自的欲望进入计划：卡维尔追求彻底控制，三号德安娜追逐隐藏真相，六号在杀戮和爱之间摇摆，八号们在服从、欺骗和个人依恋中分裂。赛昂阵营以同一种身体大量复制，内部仍旧埋下无法消除的差异。
十二殖民地陷落
加拉克蒂卡退役当天，停战站终于迎来赛昂人。人形使者进入空间站，核爆随即吞没停战象征。几乎同一时刻，十二殖民地遭到大规模核打击，城市、舰队基地和轨道设施在闪光中消失。接入网络的战舰失去防御，导弹和敌机穿过瘫痪系统，殖民地军方在尚未理解敌人归来的瞬间遭到毁灭。
劳拉·罗斯林原本只是教育部长，正在民用飞船上处理日常事务。总统和继任序列上的多数人死于核火后，她被推到权力顶端。她没有舰队、没有完整政府，也没有拯救十二殖民地的手段，只能命令还能跃迁的民船集合，把人从燃烧星球的轨道上带走。她的第一个决定改变了幸存者的方向：不再回头打一场已经失败的战争，先保存人类残余。
阿达玛带着加拉克蒂卡脱离退役仪式，发现旧战舰因为没有联网而躲过赛昂入侵。舰上士兵和飞行员从庆典状态直接进入战争，卡拉·“星芭”·瑟雷斯、李·“阿波罗”·阿达玛、索尔·泰和加伦·泰罗尔在混乱中重组防线。阿达玛向全舰宣布他们要寻找传说中的地球，这句话最初更像维持秩序的谎言，却给流亡者提供了唯一能继续前进的目的地。
加拉克蒂卡与流亡舰队
幸存舰队开始以跳跃逃亡。赛昂人每隔三十三分钟追上一次，民船和战舰在睡眠被剥夺的状态下反复跃迁。燃料、食物、医疗和纪律迅速变成生存问题，任何一艘船掉队都可能被抛在后方。加拉克蒂卡从退役战舰变成移动国家的盾牌，罗斯林的临时政府和阿达玛的军权在危机里相互依赖，也不断碰撞。
舰队内部很快发现敌人已经拥有人的面孔。卡普莉卡上，卡尔·“赫洛”·阿加松被迫与一名八号模型同行，他以为她是被困的莎伦·瓦莱里，后来才知道她属于赛昂。加拉克蒂卡上的“布玛”莎伦作为潜伏者执行破坏任务，在自己也不理解的命令驱动下引爆水箱、开枪射伤阿达玛。两名同貌女性把舰队推入同一个恐惧：敌人可以爱人、怀孕、救人，也可以在毫无预兆时背叛。
罗斯林的癌症让她逐渐把经文和现实联结起来。她服用卡米拉提取物后出现幻象，相信自己可能是带领部族寻找地球的临终领袖。阿达玛起初把预言当作政治风险，却在舰队承受连续追击、内部恐慌和资源断裂时看见信仰的组织能力。宗教、军令和民主程序从此共同维系流亡舰队，每一种力量都能救人，也能制造新的裂缝。
科博尔、雅典娜与神话路线
舰队找到科博尔后，传说从安慰变成可行路线。侦察队在旧遗迹上遭遇赛昂攻击，士兵死在废墟和树林之间，地面任务把人类的神话母星重新染上血。罗斯林坚持带着阿波罗、星芭和一批追随者夺回阿波罗之箭，试图通过雅典娜之墓找到地球星图。她的行动触犯军令，阿达玛一度剥夺她权力，舰队在寻找未来的途中险些分裂。
星芭返回卡普莉卡取回圣箭，途中救出赫洛和那名怀孕的八号。赫洛坚持保护她，哪怕她的身体属于敌人。回到舰队后，怀孕的八号被囚禁、审讯和监视，逐渐以“雅典娜”的身份从赛昂复制体变成阿加松的妻子、舰队的飞行员和赫拉的母亲。她的存在迫使加拉克蒂卡承认，赛昂身份和个人选择之间已经出现裂口。
雅典娜之墓打开星图时，众人看见了指向地球的星座。阿达玛和罗斯林完成和解，军政秩序重新拼合。这个节点让舰队相信地球真实存在，也让赛昂人意识到人类仍然握有通往古老历史的线索。人类寻找地球的路，从单纯逃亡变成追索自身起源；赛昂人追逐人类的路，也从灭绝行动逐渐变成寻找自身缺失的父母和未来。
飞马号、复活船与赫拉
战舰飞马号出现时，幸存者以为自己得到了强援。海伦娜·凯恩上将带来更现代的战舰、更严苛的军纪和另一种末日经验。飞马号在殖民地陷落后抛弃民船、强征资源、处决违抗者，把生存变成绝对军事命令。凯恩与阿达玛围绕赫洛、泰罗尔和赛昂俘虏爆发冲突，两支殖民地武装险些在敌人面前互相开火。
复活船战役把这种冲突推向顶点。人类发现赛昂人能在死亡后下载意识，只要复活设施存在，战场上的击杀就无法真正改变战争。阿达玛和凯恩联手攻击复活船，各自又准备在战后除掉对方。战斗摧毁了赛昂人的关键资产，也让凯恩死在被她折磨过的六号复制体手中。飞马号并入流亡秩序，却把舰队内部关于酷刑、报复和军事独裁的创伤留下。
赫拉的出生让两族战争出现无法分类的生命。她是人类赫洛与赛昂雅典娜的孩子，也是双方都无法完全拥有的未来。罗斯林和军方担心她会成为赛昂追踪舰队的工具，暗中伪造婴儿死亡，把她交给人类家庭抚养。雅典娜和赫洛在失去孩子的痛苦中继续为舰队作战，赫拉则在政治谎言和宗教预兆中成长，成为后来所有阵营争夺的中心。
新卡普莉卡的短暂国家
舰队长期逃亡后，资源和精神都接近崩溃。巴尔塔抓住人们对安定的渴望，在选举中击败罗斯林，推动舰队定居一颗环境恶劣却能藏身的星球。新卡普莉卡的建立让人类第一次停下脚步，帐篷、泥地、临时政府和疲惫婚姻构成短暂国家。阿达玛带着加拉克蒂卡和飞马号留在轨道，许多士兵退入松弛生活，战争似乎被厚重大气层隔开。
这个选择很快付出代价。云九号的毁灭暴露了人类位置，赛昂基地星跃迁到新卡普莉卡上空。巴尔塔面对压倒性武力签署投降文件，赛昂人进入人类营地，宣称要结束循环仇恨、共同生活。占领从安抚开始，随后变成宵禁、拘押、协警、处决名单和审讯室。卡维尔、德安娜、卡普莉卡六号等模型试图用不同方式管理人类，却无法让被屠杀者相信屠杀者的统治。
新卡普莉卡上的抵抗由泰、泰罗尔、塞缪尔·安德斯等人组织。泰在赛昂监狱中失去一只眼睛，回到营地后把痛苦转化为更激烈的袭击。菲利克斯·盖塔在巴尔塔政府内部冒险传递情报，帮助抵抗军掌握敌人行动。星芭被利奥本囚禁在仿造公寓里，被迫面对虚假的家庭和反复复活的囚禁者，她每一次杀死利奥本都无法真正结束他的控制。
占领、抵抗与流亡重启
阿达玛在轨道外组织救援时，舰队内部已经被分离撕裂。李·阿达玛指挥飞马号，担心父亲用残余战力去救一颗被占星球会葬送所有幸存者。老阿达玛仍旧决定返回，因为被遗弃的人一旦成为代价，流亡舰队也失去自身存在的理由。雅典娜作为赛昂身份的叛离者潜入地面，联系抵抗军，取得发射钥匙，为撤离打开通道。
新卡普莉卡撤离以地面起义和太空战同时展开。加拉克蒂卡跳入大气层，战舰在燃烧和坠落中释放毒蛇机群，随后勉强跃回太空。飞马号赶来撞向赛昂基地星，以自身毁灭为加拉克蒂卡争取生路。地面上的人群冲向撤离船，抵抗者、协作者、家属和伤员在混乱中重新变回流亡舰队的一部分。艾伦·泰因向卡维尔交换索尔自由而被丈夫毒死，泰把私人爱情埋进占领创伤，带着无法修复的罪继续活下去。
返回太空后，舰队没有真正回到旧状态。被占领者要求惩罚合作者，秘密审判和处决在阴影中展开。阿达玛中止这场清算，要求幸存者停止把战争带进彼此身上。巴尔塔随赛昂离开，被人类视作叛徒，也在赛昂阵营中成为不被信任的异物。新卡普莉卡让人类尝过建国、投降、抵抗和撤离的完整循环，舰队从此对安定承诺保持更深警惕。
审判、神殿与五人觉醒
舰队继续寻找地球时，饥饿与预言再次交汇。人类找到藻类星球补给，也在山中发现五人神殿。德安娜反复通过死亡进入幻象，追逐隐藏的五名赛昂。神殿中的对峙让人类、赛昂和巴尔塔同时接近真相，恒星爆发迫使双方撤离，德安娜在复活后被卡维尔封存，巴尔塔则落入人类手中。赛昂内部对“最终五人”的恐惧，开始动摇卡维尔长期维持的谎言。
巴尔塔的审判把舰队的政治伤口公开撕开。许多人要他为新卡普莉卡投降、殖民地陷落和个人背叛付出生命，李·阿达玛却在法庭上指出，几乎所有幸存者都曾在压力下妥协、逃避或牺牲他人。审判没有洗净巴尔塔的罪，却阻止舰队把全部失败塞进一个替罪羊身上。巴尔塔被释放后成为底层信徒的宗教中心，他关于唯一神的宣讲在船舱、病房和难民之间扩散。
四名隐藏赛昂在音乐声中觉醒。索尔·泰、加伦·泰罗尔、托里·福斯特和塞缪尔·安德斯意识到自己属于敌人种族，却仍然拥有与人类共同经历的爱情、服役、抵抗和创伤。星芭在死亡后驾驶崭新毒蛇机归来，声称自己去过地球并能带领舰队抵达。她的回归让阿达玛、罗斯林和飞行队在希望与恐惧之间摇摆，也把“死亡使者”的预言推向最后阶段。
赛昂内战与死去的地球
赛昂阵营内部终于爆发分裂。部分六号、八号和二号反对卡维尔封存德安娜、操控记忆和继续单纯灭绝人类。复活中枢成为内战关键，因为它决定赛昂人能否继续以死亡换取经验。罗斯林、巴尔塔和叛变赛昂共同参与摧毁复活中枢，赛昂人从此真正面对有限生命。这个变化让叛变者更接近人类，也让卡维尔的阵营变得更加绝望。
德安娜被唤醒后认出五人中的四人，却发现他们已经在流亡舰队内部拥有难以切断的关系。托里杀死卡莉，保护泰罗尔的身份，也让五人内部沾上新的血。泰发现自己是赛昂后仍旧向阿达玛坦白，等待处决；阿达玛在震怒和崩溃中意识到多年并肩的朋友无法被一个种族名称抹除。人类与叛变赛昂形成脆弱联盟，双方都希望最终抵达地球，给战争找一个出口。
当舰队终于抵达传说中的地球，迎接他们的是核废墟。海滩、城市残骸和辐射尘埃证明第十三支族早已在自己的机器叛乱中毁灭。五人逐渐恢复前世记忆，知道他们来自这颗死去的地球，曾带着警告奔赴十二殖民地，却没能阻止另一场创造者与造物的战争。迪安娜选择留在废墟上，部分赛昂放弃远行；迪·杜瓦拉在短暂微笑后自杀，舰队希望被彻底击穿。
叛乱、和解与赫拉被夺
死去的地球让政治秩序再次裂开。汤姆·扎瑞克和菲利克斯·盖塔利用人类对赛昂同盟的恐惧发动叛乱，试图夺取加拉克蒂卡，处决阿达玛和泰。盖塔曾在新卡普莉卡冒险传递情报，也在后来的身体残缺和信念崩塌中把赛昂同盟视为背叛所有死者。叛乱者控制舰桥、广播和枪口，流亡舰队在即将终结的疲惫中爆发内战。
阿达玛、罗斯林、星芭、阿波罗和忠诚船员重新夺回加拉克蒂卡。扎瑞克和盖塔被处决，军政核心以更沉重的代价保住同盟路线。叛变结束后，阿达玛开始接受赛昂有机树脂修复加拉克蒂卡裂缝，旧战舰的骨架与敌人的生物技术结合，成为两族相互依赖的实体象征。罗斯林病情恶化，仍旧用最后力气支持阿达玛完成这条道路。
赫拉的命运把所有裂缝收束到最后冲突。布玛带走赫拉，将她交给卡维尔阵营。卡维尔需要这个半人半赛昂孩子，试图从她身上夺回复活和繁衍的未来。雅典娜和赫洛失去女儿，阿达玛看见加拉克蒂卡结构濒临崩溃，舰队也没有余力继续漫长寻找。老舰长决定发起最后一次志愿任务：愿意去的人跟随加拉克蒂卡突袭赛昂殖民地，不愿去的人留在舰队等待命运。
殖民地突袭与加拉克蒂卡最后一跳
加拉克蒂卡最后一次出击时，船体已经布满裂缝。阿达玛把舰队分成去与留，愿意参战的人跨过甲板上的红线，走向几乎没有返程保障的任务。人类士兵、叛变赛昂、老飞行员和曾经的敌人共同登舰。巴尔塔也带着追随者加入战斗，他从害怕死亡的逃避者走到愿意守住通道的人，卡普莉卡六号与他并肩面对自己曾经帮助开启的灾难。
突袭在赛昂殖民地内部展开。队伍穿过金属走廊、枪火和重型防线寻找赫拉，雅典娜与赫洛在混乱中追逐女儿的踪迹。歌剧院幻象终于落到现实：罗斯林、雅典娜、卡普莉卡六号、巴尔塔和赫拉在加拉克蒂卡的通道里重演多年梦境中的奔跑与交接。赫拉被带到对峙中心，卡维尔要求以她换回复活技术，最终五人同意尝试传递记忆，换取停火。
交易在泰罗尔发现托里杀死卡莉的真相时崩塌。他掐死托里，传输中断，枪战重新爆发。卡维尔在无路可退中自尽，核弹发射导致殖民地被推向黑洞。加拉克蒂卡受到致命损伤，阿达玛命令星芭随便跳到任何地方。星芭把赫拉画出的音符、脑中浮现的旋律和坐标连接起来，启动最后跃迁。濒死战舰带着所有幸存者脱离黑洞边缘，抵达一颗蓝色星球。
新地球与十五万年的余波
这颗星球有海洋、草原、动物和原始人类。舰队意识到他们终于抵达可以生活的世界，也明白传说中的旧地球已经死在循环里。阿达玛把这里命名为地球，幸存者选择放弃舰船、武器和高科技，把飞船送向太阳，让殖民地文明的工具在火焰中消失。人类和类人赛昂分散到各片大陆，与当地早期人类共同生活，试图从源头切断创造者奴役造物、造物毁灭创造者的链条。
叛变赛昂得到自己的去向。金属百夫长获得自由，驾驶基地星离开，不再作为任何人的奴仆。最终五人的残余命运各自沉落：安德斯把舰队送入太阳，泰和艾伦走向新的生活，泰罗尔离群独居。雅典娜、赫洛和赫拉留在新世界，赫拉的血脉融入这颗星球的未来。巴尔塔看着土地，承认自己懂得耕种；卡普莉卡六号陪在他身旁，两个曾经开启灭绝的人以最朴素的方式进入余生。
罗斯林在阿达玛驾驶的飞行器里看见新地球的景色后死去。阿达玛把她安葬在能望见草原和山脉的地方，自己留在附近，与她的坟墓和一座未完成的小屋相伴。星芭完成使命后向李告别，随后从他的视线中消失，像她归来时一样无法被解释。李面对没有军衔、没有舰队、没有旧国家的世界，选择去探索山川，流亡舰队的最后一代指挥者从战争身份中退场。
十五万年后，现代地球的人类在城市中发现古老女性遗骸，并把她视为全人类共同母系祖先。赫拉的存在证明殖民地人、赛昂人与新地球原住民的血脉已经汇入同一个未来。巴尔塔和六号的不可见身影走在现代街头，看见人类再次制造机器、研究人工智能、把创造力推向可能失控的边界。十二殖民地的流亡以新地球开始，以现代人的技术回声收束；旧循环没有带着舰队继续航行，却把选择留给了继承他们血脉的世界。