《新东京编年史》
东京爆炸与超能力实验的开端
东京毁灭以前，军方已经把儿童带进秘密实验体系。那些孩子在实验编号下成长，被训练、观察、隔离，也被迫承受普通身体无法容纳的力量。高志、清子、胜这些孩子没有获得童年，他们的身体停在异常状态，心智被实验室和药物长期压住。宫子也曾属于这一批实验对象，后来离开官方体系，在新东京建立自己的信徒和寺院，把对力量的理解转向另一种秩序。
阿基拉是实验计划最深处的孩子。他的编号和名字被军方压进机密文件，他的力量超出研究者能够控制的边界。一次失控释放把东京撕开，城市在瞬间化为巨大坑洞，随后的世界战争把这场灾难扩散成全球伤口。官方把灾难解释成战争和未知爆炸，真正的恐惧被埋进地下：阿基拉仍然活着，被封存在低温设施里，等待一个不该到来的苏醒时刻。
东京废墟上建立起新东京。高架路、霓虹、学校、医院、议会和奥运场馆覆盖在旧坑洞周围，城市表面恢复了现代秩序，内部却被贫困、药物、学生暴力、帮派冲突和反政府活动撕裂。军方保留了对超能力实验的直接控制，敷岛上校守着那些活下来的孩子，也守着阿基拉沉睡的位置。他清楚新东京的繁华依赖一场被压制的灾难，任何人触碰阿基拉，城市都会再次走向崩塌。
新东京政府试图用奥运计划证明城市已经从旧东京的伤口里复原。场馆、交通和宣传覆盖着巨坑周边，学生却在课堂里听不见未来，街头少年在药物和暴力里寻找存在感，反政府组织在地下线路中传递炸药和情报。城市的每个系统都在等待庆典，每个阴影都在积累崩塌的条件。
新东京街头与金田一伙
金田在新东京的学校和街道之间长大。他没有真正进入成人世界，只在摩托、斗殴、逃课和帮派名声里建立自己的位置。铁雄跟在金田身边，比金田更沉默，也更敏感。他长期承受被照顾、被轻视、被比较的压力，金田的保护让他得以留在队伍里，也让他一直无法证明自己。山形、甲斐和其他少年把夜晚当成领地，车灯穿过废弃公路时，他们像是在用速度占领一座永远不属于他们的城市。
金田一伙的生活连接着新东京最底层的日常。学校把他们当成问题学生，警察和教师只想把他们从街面上赶走，药片、夜路和帮派名号给了他们短暂的自我确认。铁雄在这套关系里总被放在后位，金田随口的照顾和调侃不断提醒他自己仍是被保护的人。那种细小的屈辱没有立刻变成仇恨，却在力量觉醒后找到出口。
小丑帮与金田一伙的冲突把他们带向旧东京的禁区。那一夜，逃离军方控制的高志突然出现在公路上。铁雄的摩托撞向他，事故没有按普通物理结束；高志的力量反弹，铁雄被抛出去，身体受伤，也被唤醒了体内潜伏的异常能力。军方迅速赶到，把高志重新带回控制区，也把铁雄送进实验系统。金田只看见朋友被夺走，没有意识到自己已经闯进阿基拉计划的边缘。
凯和龙所在的地下组织同时追查军方实验。议员根津表面站在反政府一边，暗中利用凯、龙等人接近阿基拉计划，把情报变成政治筹码。金田因为追逐凯而卷入他们的行动，他最初只把这场地下斗争当成刺激和猎艳，直到军方、抵抗者、实验儿童和铁雄的变化在他眼前连成一条线。街头少年与国家机密之间的距离，被一场摩托事故彻底抹平。
铁雄觉醒与阿基拉之名
铁雄在军方设施中醒来后，力量以疼痛和幻觉的方式增长。医生用药物压住他的头痛，也用检测仪器记录他不断上升的数值。铁雄很快发现自己可以摧毁墙壁、扭曲人体、压倒成年人。他对金田的依赖开始转成怨恨，对军方的恐惧开始转成支配欲。实验室想把他塑造成可以接近阿基拉的钥匙，却让一个长期被压抑的少年获得了凌驾一切的手段。
大西医生看见铁雄的数值后，把危险当成一次重新打开阿基拉计划的机会。他知道敷岛上校追求的是封锁和控制，自己追求的是实验结果。铁雄被推入两种力量之间：军方想把他关进仪器和药物，科学家想让他继续接近极限。少年自己的痛苦被记录成数据，精神裂缝被解释成潜能。
铁雄逃出控制后回到街头。他夺取小丑帮，用暴力把曾经欺压过他的帮派踩在脚下。金田召集各路摩托帮反击，街道变成移动战场。铁雄用念动力挡下攻击，像拆玩具一样摧毁车辆和人体。山形试图阻止他，被铁雄杀死。金田目睹朋友死在眼前，少年间的争强好胜从此变成无法回头的追杀。铁雄在这一刻也切断了自己与旧同伴最后的联系。
敷岛上校重新捕获金田、凯和铁雄，把他们带进高层军方建筑。清子借凯的身体行动，带着金田逃离拘押，并让凯成为实验儿童力量的媒介。铁雄则被阿基拉之名吸引，他从大西医生和实验儿童那里逼问真相，知道地下奥运场附近封存着一个比自己更早、更强的存在。铁雄不再满足于街头支配，也不愿继续依赖药物。他把阿基拉当成答案，向地下设施前进。
地下封印与第一次城市追逐
奥运场地下的军方基地是新东京最深的伤口。那里保存着阿基拉的低温舱，也保存着旧东京毁灭的真实原因。铁雄杀入基地，士兵的火力无法阻止他。敷岛上校亲自赶到，试图用命令、劝阻和武力让铁雄停下。金田和凯从下水道潜入，跟在混乱后面进入核心区。大西医生面对阿基拉的封印既恐惧又痴迷，他知道铁雄正在打开灾难，也无法抵抗见证结果的欲望。
铁雄打开低温舱时，阿基拉以安静孩子的姿态出现，身体没有随时间成长，表情像被力量掏空。这个普通外形让在场的人更加恐惧，因为所有人都知道东京曾毁于这样一个孩子的释放。敷岛上校调用轨道兵器 SOL 试图消灭威胁，攻击切断铁雄的手臂，也没能阻止局面滑向失控。阿基拉被带出地下，旧灾难从封印状态进入城市街道。
金田和凯一度带着阿基拉逃离，千代子加入他们，根津和宫子的信徒也同时行动。根津想把阿基拉握在自己手里，以此夺取政治主动权；宫子的弟子奉命寻找阿基拉，认为他不能落回军方；敷岛上校在政府犹豫中发动政变，宣布戒严，把新东京变成军事封锁区。阿基拉这个孩子在各派争夺中几乎没有主动行动，他的沉默反而让每个成年人把自己的恐惧和野心投射到他身上。
凯在这段逃亡中逐渐从地下组织成员变成连接各派的人。她最初受龙和根津的任务牵引，行动目标是揭露军方实验；阿基拉被释放后，她必须照看一个能毁灭城市的孩子，还要承受清子等人借用身体时带来的精神压迫。金田仍用轻佻态度靠近她，可他在一次次追逐中学会跟上她的选择，而凯也开始承认这个莽撞少年在关键时刻会冲向最危险的位置。
追逐在新东京的水道和街区里升级。金田、凯、千代子带着阿基拉不断转移，根津背叛后又试图抢走他，军方士兵与宫子弟子互相冲突。高志在混乱中跟随阿基拉，他和阿基拉之间残留着实验儿童的旧联系。根津最后向阿基拉开枪，子弹偏离目标，击中高志。高志的死亡撕开阿基拉被封住的情感和力量，第二次爆炸在新东京中心展开。
第二次爆炸与新东京沦陷
阿基拉的爆发把几十年重建成果瞬间抹去。楼群、道路、军队、政府机构和普通市民一同卷入白光，新东京再次成为废墟。金田在爆炸中消失，像被抛进另一个维度；凯、龙、千代子、敷岛上校、清子和胜等人侥幸存活。城市幸存者失去水、电、食物和行政系统，旧秩序的表皮被剥掉后，人们只剩下废墟、恐惧和对奇迹的渴望。
第二次爆炸改变了所有阵营的性质。抵抗组织失去明确目标，政府机构失去发号施令的场所，军队残部只能在废墟里寻找上校，难民则用最直接的方式判断谁能给食物、药品和保护。阿基拉制造的空白让宗教、军阀和帮派同时生长，新东京从现代城市退回到围绕水源、药物、武器和神迹争夺的荒原。
铁雄在爆炸后重新出现。他没有死亡，断臂被金属和机械替代，力量继续增长。阿基拉站在他身边，像一个沉默的皇帝。追随者围绕两人聚集，称阿基拉为君主，把铁雄视为实际掌权的首相，荒芜地带中诞生了“大东京帝国”。这个帝国由失去生活方向的少年、狂热者、难民和暴徒组成，依靠铁雄的恐惧统治和阿基拉偶尔展现的奇迹维持凝聚。
宫子的寺院成为另一种中心。她收容难民，分配食物和药物，也保护清子、胜这些实验儿童。凯、千代子、敷岛上校、甲斐等人逐渐聚到她身边。敷岛上校失去军政权力后仍然维持军人的判断，他知道铁雄和阿基拉的力量继续扩张，新东京废墟会引来外部军事干涉。宫子则从实验儿童的历史里看见另一层规律：力量本身会把人推向更大的形态，药物只能延缓失控，无法解决铁雄体内正在膨胀的宇宙。
敷岛上校在宫子阵营中的位置格外矛盾。他曾经把宫子和实验儿童视为需要看管的危险对象，也曾用军方手段压制所有知情者。城市毁灭后，他只能依靠这些孩子和宫子的判断保存局面。他对阿基拉的恐惧仍然存在，对军方职责的执念仍然存在，可他已经看见政府本身没有能力面对灾难。
大东京帝国与宫子寺院
大东京帝国在奥运场周围扩张。阿基拉被供奉在中心，几乎不说话，身边由香织照看。铁雄掌控实际军力，他的手下袭击宫子寺院、抢夺资源、处决反抗者，也用混入食物的药物控制追随者。铁雄自己越来越依赖抑制药来压住头痛和身体异变。他对阿基拉既崇拜又竞争，把这个沉默孩子当成证明自己力量的镜子。
阿基拉在帝国中保持沉默，他偶尔展现的力量足以让饥民相信神迹，却很少表达愿望。香织照看他的饮食和起居时，面对的是一个像孩子又像空洞容器的存在。铁雄需要阿基拉坐在王座上，因为阿基拉证明了帝国神话；铁雄也害怕阿基拉醒来，因为真正毁灭过东京的力量始终在他身边。
宫子邀请铁雄进入寺院，向他讲述实验计划的来历。她把阿基拉的力量放进生命与宇宙更深处的秩序中讲给铁雄听，让他明白那股能量远远超出军方武器和街头支配的尺度。铁雄听见这些话后停止用药，试图直接承受力量增长。他把痛苦理解成进化，把失控理解成突破。宫子的提醒原本可以让他看见危险，铁雄却把它转化成更强烈的自我证明。
铁雄的部下趁势进攻寺院，敷岛上校调用 SOL 反击大东京帝国的部队。轨道攻击在废墟中制造新的破口，也把一次异常空间裂缝打开。金田从爆炸后消失的地方回到现实，连同大量残骸一起坠回新东京。凯重新见到金田，原本散落的抵抗力量有了新的行动核心。金田仍然带着街头少年的冲动，可他已经从旧世界的帮派头领变成废墟中少数敢直接冲向铁雄的人。
外部舰队与月面裂痕
新东京第二次毁灭后，外部世界不再把这里当成日本内部危机。美国侦察员山田潜入废墟，与龙接触，观察阿基拉和铁雄的状态。海上舰队在城市外集结，科学团队建立“少年 A”计划，试图解释超能力现象，也准备在必要时以生化武器和远程火力消灭目标。龙发现山田的手段会把废墟里所有幸存者都当成可牺牲对象，两人的合作从情报交换转向互相戒备。
外部舰队的进入让新东京废墟再次成为世界战争的焦点。各国指挥官把城市看成隔离区，把幸存者看成风险，把阿基拉和铁雄看成可以用武器系统处理的目标。科学团队则希望在毁灭到来前取得数据，仿佛只要记录足够完整，人类就能理解这场超越技术体系的爆发。新东京内部的人很快意识到，所谓救援也可能变成第三次毁灭。
铁雄在奥运场举行集会，向帝国追随者展示力量。他和阿基拉被人群当成神祇，整个废墟把饥饿、恐惧和幻觉投向高台。铁雄的力量穿出地球，撕裂月面，碎片围绕月亮形成环带。这个场景让外部军队明白，常规武器面对的是一个可以改变天体的少年，整座失控城市都围绕他的力量震荡。铁雄也在这次展示后更深地陷入身体异变，他的力量开始把无生命物质转化成自身的一部分。
山田和外部部队准备以生化武器刺杀铁雄与阿基拉。铁雄直接出现在航母上，击毁战机，杀死士兵和科学人员，又把核武器发射向海上。人类最高级别的军事力量在他面前变得笨重而迟缓。与此同时，凯接受宫子、清子和胜的引导，成为他们力量的媒介，主动迎向铁雄。凯的身体承受着外来力量的冲击，她本身并未来自超能力实验，却成为这场战争中少数可以把铁雄逼入正面对抗的人。
金田归来与奥运场总攻
金田回到新东京后，和甲斐、小丑以及残存摩托帮重新组织突击队。他们不再只是街头帮派，身边聚集了难民、反抗者和失去城市的人。奥运场曾经象征新东京重建后的未来，如今成了大东京帝国的中心和阿基拉低温舱旧址。金田选择从这里攻入，是为了夺回朋友，也是为了打破铁雄用恐惧建立的秩序。
金田组织总攻时，许多参与者并不理解阿基拉计划，也没有能力判断铁雄力量的真实边界。他们只知道帝国抢走资源，杀死同伴，让废墟继续被恐惧统治。小丑曾是敌对帮派首领，如今与金田并肩行动，说明旧街头秩序已被更大的灾难覆盖。摩托队冲向奥运场时，帮派战争被推成废墟居民争夺未来的战争。
凯与铁雄的战斗在废墟上展开。她借宫子和实验儿童的力量把攻击导向铁雄体内，逼他面对自己无法管理的能量。铁雄的机械手臂被毁，原本失去的手臂重新生长，身体开始在自我修复和怪异增殖之间摇摆。山田的部队试图乘机用生化手段杀死铁雄，铁雄吸收攻击后重新控制力量，杀死山田和突击队。敷岛上校再次试图用 SOL 定位他，外部舰队也准备轰炸新东京，把整座废墟连同所有幸存者一起抹掉。
铁雄飞入太空，摧毁外部势力的卫星武器 FLOYD，让它坠落到舰队上。这个行动切断了外部军队的压制手段，也让铁雄更加接近彻底失控。金田赶到奥运场，与铁雄正面相对。两人之间已经没有早年帮派的嬉闹和争执，金田面对的是杀死山形、毁掉城市、仍在哭喊求救的旧友。铁雄面对的是唯一一直把他当作铁雄而非神明、武器或实验对象的人。
香织之死与铁雄崩坏
香织在大东京帝国中靠近铁雄，也照看阿基拉。她在狂热者和暴力结构中处境脆弱，却成为铁雄少数还愿意珍惜的人。铁雄的权力越大，身边的人越把亲近视为威胁。香织在战斗和内乱中被铁雄的手下枪杀，铁雄赶到时只能抱起她的尸体。他试图用力量复活她，短暂地让身体有反应，却无法真正夺回生命。
铁雄对香织的感情让他的崩坏带上清晰的人形。他可以击落卫星、撕裂月球、杀死军队，却无法让一个被枪击的女孩重新活下去。力量在这一刻露出残酷限制：它可以把世界改写成废墟，可以把肉体扩张成怪物，却无法替代稳定的爱、被承认的身份和可返回的日常。
香织的死亡击穿铁雄最后的自我控制。他把她带到阿基拉旧低温舱附近，仿佛那里保存过死亡与时间的答案，也能保存她。金田、凯和同伴追到地下，准备进行最后一次阻止。铁雄的力量此时已经不再服从身体边界，他的肉体膨胀成巨大的胎儿状物质，吸收周围建筑、机械和人体。金田被卷入其中，在铁雄体内看见旧记忆、孤独、实验儿童的痛苦和宇宙开端般的能量景象。
龙在混战中看见阿基拉与铁雄产生共鸣，恐惧新一次爆炸将吞没世界，向阿基拉开枪。阿基拉被击中后，沉睡的人格被震动，力量开始回应铁雄。铁雄察觉宫子、清子和胜在远处观察并引导战局，抬起阿基拉旧低温舱砸向宫子寺院。宫子在寺院崩毁前完成最后的引导，把凯的意识送向太空，让她操纵 SOL 对准铁雄。宫子死在自己的寺院中，却把所有残余力量推向终局。
阿基拉与铁雄的终局
SOL 的攻击击中铁雄，刺激他的力量完全爆发。那股力量与阿基拉当年毁灭东京时的形态相似，足以制造第三次灾难。清子、胜和高志的精神与阿基拉连接，帮助阿基拉用自己的爆发抵消铁雄。死去的实验儿童在力量中重新出现，阿基拉不再只是空白容器，而像是找回了被实验与封印剥夺的伙伴关系。他们共同把铁雄失控的能量包裹起来，带向超出普通世界的层面。
金田仍困在铁雄的巨大身体内部。他看见铁雄从孤儿院、学校、帮派到实验体的全部裂缝，也看见阿基拉计划背后那种把儿童推向神性边界的残酷。凯从外部抓住金田，把他从即将脱离世界的能量中拉回现实。
金田在铁雄体内见到的景象把私人恩怨推向历史真相。铁雄的孤独来自学校和街头，也来自实验体系把少年变成容器的过程；阿基拉的沉默来自力量覆盖人格后的空白；清子、胜、高志和宫子都曾在同一套计划里被折断人生。金田没有能力理解全部宇宙景象，却看见了朋友痛苦的源头。
铁雄、阿基拉和实验儿童离开后，毁灭没有继续扩散。新东京没有被彻底蒸发，幸存者在废墟中保住了继续存在的空间。
铁雄最终没有回到原来的少年身体，阿基拉也没有回到军方封印。他们像被带入新生宇宙的核心，离开了人类政治和武器系统能够触及的范围。金田失去了山形，也失去了铁雄这个朋友；凯失去了宫子和许多同伴；敷岛上校失去了自己试图维持的一整套军方秩序。灾难结束时，没有任何一方真正胜利，只有失控力量被带离现实，新东京获得一次不完整的喘息。
新东京独立与废墟余生
联合国和外部部队进入新东京边界，打着援助和维和的名义准备接管废墟。金田、凯、甲斐、小丑和幸存者骑着摩托迎向他们，宣布这里是大东京帝国的领土，并警告外来军队阿基拉仍然活着。这个宣言借用了铁雄帝国的名字，却把它从狂热崇拜中夺回，变成废墟居民拒绝再被实验、军队和外部权力支配的口号。
敷岛上校与金田、凯在废墟中相遇。他曾经把城市安全压在封锁、命令和轨道武器上，最后承认自己无法用旧军方结构保护新东京。金田也不再只是追逐速度的少年，他经历了朋友死亡、城市毁灭、身体被卷入铁雄体内和最终归来。双方没有建立新的政府，却在共同损失后停止互相追杀，把各自还能守住的人交还给废墟。
金田和凯骑过新东京时，铁雄与山形的幻影出现在他们身边。旧城市的影像像从废墟表层浮起，霓虹、道路和楼群短暂重叠在残垣之上。新东京的终点停在这片双重景象里：东京因阿基拉诞生而毁灭，新东京因阿基拉苏醒而崩塌，幸存者又在废墟上拒绝被外部秩序重新命名。铁雄和阿基拉离开现实，金田、凯和仍然活着的人留在破碎城市中，让新东京从废墟里继续向前。