《戴斯蒙德与第一文明编年史》
第一文明的太阳阴影
在人类文明留下文字以前，伊述已经统治大地。他们拥有远超后来人类的知识、建筑与能量技术，也制造了能够压制人类意志的伊甸碎片。人类在他们的城市、神殿和实验体系中生存，许多人被当作劳力、仆从与可管理的族群。伊甸苹果能够影响感知和服从，伊述借这种力量维持秩序，也让后来的人类把他们记成神话里的众神、先知和创造者。
这种秩序从人类反抗开始松动。亚当与夏娃带走伊甸苹果，逃离伊述控制，点燃了人类对第一文明的战争。人类数量庞大，伊述技术强大，双方在同一片大地上撕裂旧秩序。反抗和镇压还没有分出彻底胜负时，真正的灾难从太阳而来。伊述发现一场足以焚毁世界的太阳爆发即将降临，他们建造地下神殿，尝试用不同方法保护大地，却在战争、猜疑和时间不足中接连失败。
朱庇特、米涅瓦和朱诺把研究集中到大神殿。那里保存着他们为拯救世界而设计的路径，也保存着第一文明最后的分裂。朱诺失去爱人艾塔后，把拯救与支配混在一起，她的计划开始转向自己的复归。米涅瓦和朱庇特察觉她要借后世的人类打开囚笼，便把她封进大神殿的结构里。太阳灾难最终仍然降临，伊述文明被摧毁，幸存的人类在废墟上繁衍，第一文明的警告碎裂成传说，伊甸碎片散落进未来的王国、教团和战争。
伊甸碎片与两种人类秩序
伊述消亡以后，伊甸碎片没有消失。它们藏在神庙、墓穴、城市地基和帝国宝库里，等待拥有血脉共鸣或足够野心的人接近。每一次碎片重新出现，都会让权力争夺加速：国王想用它统治，祭司想用它制造奇迹，军队想用它压制敌人，秘密组织想用它重新塑造人类社会。人类已经脱离第一文明的直接奴役，却仍然围绕第一文明遗物争夺自由与控制的边界。
刺客和圣殿骑士的冲突就在这种遗产中延续。圣殿骑士相信人类会在自由中互相毁灭，因此追求集中秩序，愿意借伊甸碎片建立稳定、服从和可计算的世界。刺客坚持人必须拥有选择，即使选择会带来混乱、背叛和牺牲，也不能把所有意志交给一个看似理性的权力核心。双方在不同年代使用不同名字，穿过十字军东征、文艺复兴和殖民战争，却始终围绕同一个问题行动：第一文明遗物应当让少数人统治多数人，还是应当被夺离任何单一权力。
到了现代，圣殿骑士隐藏在阿布斯泰戈工业之中。这个公司表面研究药物、记忆和商业技术，内部却延续着圣殿骑士的长期计划。阿尼姆斯可以读取基因记忆，把一个人的祖先经历重建成可进入的记忆环境。阿布斯泰戈借后代血脉追踪伊甸碎片位置，历史资料只是通向遗物的工具。刺客则在衰落和追杀中保留地下网络，试图阻止阿布斯泰戈把古代遗物纳入现代控制系统。
戴斯蒙德离开农场
戴斯蒙德·迈尔斯出生在刺客血脉里。他的父亲威廉·迈尔斯把他带到刺客隐居的训练地，让他从小知道圣殿骑士存在，也让他知道自己的生活会被一场古老战争决定。戴斯蒙德无法忍受这种命运。他看见长辈把外部世界描述成危险陷阱，也看见训练、警戒和使命侵入日常生活。年轻的他把刺客的保护理解成囚禁，离开农场，改名换姓，在纽约做酒保，试图把自己变成一个没有历史的人。
这种逃离没有切断血脉。阿布斯泰戈一直寻找能够通向关键祖先记忆的人，戴斯蒙德的谱系恰好连接着多位刺客和伊甸碎片持有者。他被绑架后醒在阿布斯泰戈实验室，沃伦·维迪克博士和露西·斯蒂尔曼要求他进入阿尼姆斯。戴斯蒙德起初只知道自己被当成实验对象，后来才明白阿布斯泰戈披着公司外壳延续圣殿骑士计划，维迪克真正寻找的是刺客祖先记忆里藏着的伊甸碎片地图。
露西在实验室中照看他，表面听命于维迪克，暗中给戴斯蒙德留下喘息空间。戴斯蒙德对她的信任从被迫合作开始：她解释阿尼姆斯的风险，提醒他基因记忆会反噬意识，也在维迪克逼迫过深时替他争取恢复时间。戴斯蒙德没有选择权，只能进入祖先阿泰尔·伊本-拉阿哈德的记忆，在十二世纪的圣地重走一名刺客从骄傲、失误到重新理解信条的道路。
阿泰尔的苹果与血写的警告
阿泰尔在马西亚夫的刺客组织中成长，曾把刺客的技艺当作个人优越感。他在圣殿骑士任务中鲁莽行动，导致同伴伤亡，也让师父阿尔穆林剥夺他的地位。为了重新赢得身份，他被派往大马士革、阿卡和耶路撒冷，刺杀被标记的目标。每一次刺杀都让他接近圣殿骑士真正的目的：这些人表面分属不同势力，实际围绕伊甸苹果和人类秩序结成同盟。
阿泰尔逐渐发现阿尔穆林也被伊甸苹果诱惑。马西亚夫的导师利用刺客打击圣殿骑士，却想独占苹果，把自由、服从和和平全部掌握在自己手里。阿泰尔回到马西亚夫时，苹果已经让许多刺客陷入幻觉和控制。他穿过曾经熟悉的堡垒，与自己的导师决裂，在庭院中击败阿尔穆林。苹果开启时，投射出全球其他伊甸碎片的位置，阿布斯泰戈真正需要的地图就藏在这一刻。
戴斯蒙德从阿尼姆斯醒来后，知道自己只是被用来追踪这张地图。维迪克取得坐标，准备处理他；露西则在关键时刻出手，带他逃离阿布斯泰戈。临走前，戴斯蒙德看见前一名实验对象“十六号”克莱·卡兹马雷克用血写在实验室墙上的符号。那些符号混合了数字、末日预兆、太阳图案和第一文明线索，像一个已经被阿尼姆斯撕裂的人留下的遗书。戴斯蒙德离开实验室时，仍然不知道这些警告会把他带向比刺客和圣殿骑士更古老的灾难。
艾吉奥的记忆训练
露西把戴斯蒙德带到刺客安全屋，肖恩·黑斯廷斯和瑞贝卡·克兰在那里维持新的阿尼姆斯。刺客需要他继续进入祖先记忆，但目的发生了变化。他们要利用“出血效应”让戴斯蒙德快速吸收祖先的身手，同时通过另一条血脉寻找第一文明留下的信息。戴斯蒙德再次躺进机器，进入文艺复兴时期佛罗伦萨的艾吉奥·奥迪托雷记忆。
艾吉奥最初只是佛罗伦萨贵族青年。他的父亲和兄弟被阴谋送上绞架，家族突然坠入圣殿骑士的猎杀。艾吉奥带着母亲和妹妹逃离城市，在蒙特里久尼得到叔叔马里奥庇护，也继承父亲留下的刺客服饰、密信和复仇道路。他追踪背叛者，穿过佛罗伦萨、威尼斯和罗马涅，逐渐从复仇者变成刺客。他杀死一个个参与阴谋的人，发现他们背后站着罗德里戈·博尔贾，后者追求教皇权位，也追求通往第一文明密室的钥匙。
戴斯蒙德在这些记忆中不只观看历史。他学会攀爬、奔跑、潜入和战斗，身体在现实中开始跟上祖先经验。安全屋外，阿布斯泰戈的追捕不断逼近，安全屋内，克莱留下的符号继续指向世界末日。艾吉奥的道路把戴斯蒙德带到梵蒂冈，罗德里戈掌握教皇权杖，艾吉奥持有伊甸苹果，两件遗物共同打开地下密室。艾吉奥走进密室时，没有见到供自己膜拜的神，却见到米涅瓦留下的投影。
梵蒂冈密室里的米涅瓦
米涅瓦没有把话交给艾吉奥。她借艾吉奥的眼睛望向未来，直接呼唤戴斯蒙德。艾吉奥站在密室里，听着自己无法理解的名字，看见一位早已死去的第一文明成员把信息投向数百年后的后裔。米涅瓦告诉戴斯蒙德，第一文明曾遭遇太阳灾难，人类和伊述都几乎毁灭，而同样的天象会再次逼近。她留下神殿、坐标和警告，希望后世的人能找到避免第二次灾难的方法。
这一刻改变了戴斯蒙德对自己处境的理解。阿布斯泰戈寻找伊甸碎片，刺客与圣殿骑士争夺人类秩序，但太阳灾难把双方的斗争放进更大的时间尺度。戴斯蒙德从逃离家族使命的酒保、阿布斯泰戈榨取的血脉容器，变成第一文明点名等待的接收者。米涅瓦的信息没有给他完整答案，只把他推向下一组线索。
阿布斯泰戈很快攻入安全屋。戴斯蒙德在现实中第一次真正使用从艾吉奥那里继承来的动作和战斗经验，与露西、肖恩、瑞贝卡逃离追杀。刺客小队转移到蒙特里久尼旧庄园的圣所，把新的藏身地建在艾吉奥家族遗产之下。过去的刺客堡垒变成现代逃亡者的临时阵地，戴斯蒙德继续进入艾吉奥记忆，寻找伊甸苹果的下落，也寻找米涅瓦警告之后的下一步。
罗马、苹果与朱诺的手
艾吉奥在罗马面对切萨雷·博尔贾。切萨雷继承父亲罗德里戈的野心，把军队、教会权力和恐惧结合起来，试图把意大利压进博尔贾家族的统治。艾吉奥重建罗马刺客兄弟会，争取市民、破坏塔楼、削弱博尔贾的税吏和军官。他的行动从个人复仇扩展成城市反抗，让被压制的罗马重新拥有行动能力。最终，艾吉奥夺回伊甸苹果，并把它藏在罗马斗兽场地下的第一文明密室中。
现代的戴斯蒙德、小队成员和露西来到斗兽场。通道、机关和密室回应他的血脉，他穿过地下结构，接近艾吉奥留下的苹果。朱诺在这里第一次直接介入他的身体。她从大神殿的囚禁中隔着时间触碰戴斯蒙德，向他投下关于背叛、道路和牺牲的片段。戴斯蒙德拿起苹果时，周围的人像被凝固在时间里，他失去对身体的控制，被迫抽出袖剑刺向露西。
露西倒在密室中，戴斯蒙德也崩溃昏迷。朱诺清除了通往大神殿道路上的一个阻碍，却没有向在场的人说明完整目的。戴斯蒙德醒来前无法为自己的动作辩解，肖恩和瑞贝卡也只能带着震惊、悲痛和疑问离开。威廉·迈尔斯派人接走他们，把昏迷的儿子重新接入阿尼姆斯。苹果已经到刺客手中，但代价是戴斯蒙德杀死了曾经救他的人，也被朱诺更深地拖入第一文明的路线。
黑室、克莱与马西亚夫钥匙
戴斯蒙德的意识坠入阿尼姆斯黑室。这里像一片破碎的数据岛，漂浮在基因记忆和机器底层之间。克莱的数字残影在这里等待，他曾经作为十六号承受阿布斯泰戈实验，被无休止的记忆回放撕裂，最终把警告写满墙壁。现在他帮助戴斯蒙德理解自己正在崩解的状态：如果不能把祖先记忆和自我记忆分开，戴斯蒙德会被出血效应吞没，永远分不清自己是谁。
为了让意识恢复秩序，戴斯蒙德继续进入艾吉奥晚年的记忆。年老的艾吉奥前往马西亚夫，寻找阿泰尔留下的图书馆。他已不再是刚失去家人的青年，也不再只为某一座城市战斗。他追随马西亚夫钥匙，穿过君士坦丁堡的政治阴谋和刺客网络，逐步接近阿泰尔晚年封存的真相。每一把钥匙都承载着阿泰尔人生中的关键记忆：导师的背叛、儿子的死亡、兄弟会的分裂、流亡后的归来，以及他把苹果带进图书馆深处的最后选择。
艾吉奥进入马西亚夫图书馆时，发现那里没有堆满书卷，只留下阿泰尔的遗骨和苹果。他明白自己不过是另一名传信者。艾吉奥放下武器，对空气中看不见的戴斯蒙德说话，把这条跨越阿泰尔、艾吉奥和戴斯蒙德的链条交到最后一人手中。朱庇特随即向戴斯蒙德展示第一文明尝试拯救世界的失败：塔、护盾、思想转移、时间观测、无数工程都没能在第一次灾难前完成。信息最终指向同一个地点，纽约州地下的大神殿。克莱用自己的残存数据保护戴斯蒙德，戴斯蒙德从黑室醒来时，车队已经驶向大神殿。
大神殿开启与父子裂缝
戴斯蒙德醒来后，与威廉、肖恩和瑞贝卡进入大神殿。那里是一座仍在等待供能和钥匙的第一文明设施，废墟外壳下保留着可被重新启动的结构。苹果打开入口后，内部通道、平台和能量节点逐渐复苏。朱诺的声音引导戴斯蒙德寻找“钥匙”，同时让他出现强烈出血反应。威廉担心他的意识再次崩溃，把他接回阿尼姆斯，让他追踪北美殖民时代的祖先记忆。
记忆先把戴斯蒙德带到海尔森·肯威身上。海尔森从伦敦圣殿骑士体系出发，带着通向大神殿的钥匙来到北美，在殖民地与卡尼耶蒂约相遇，找到大神殿入口，却因缺少必要条件无法进入。海尔森建立北美圣殿骑士势力，也与卡尼耶蒂约留下一个孩子。这个孩子后来成为康纳。戴斯蒙德在海尔森记忆中确认钥匙曾到达大神殿外，却还不知道它最终藏在何处。
大神殿需要能量源。戴斯蒙德离开阿尼姆斯，在现代城市中执行行动：他攀上纽约高楼取回第一枚能源核心，在巴西体育场穿过人群和圣殿骑士追捕取得第二枚，后来又得知威廉在寻找第三枚能源核心时被阿布斯泰戈俘获。父子之间的裂缝在这些行动中不断扩大。威廉把戴斯蒙德视为拯救世界的关键，戴斯蒙德却背负从童年到现在的所有命令、利用和牺牲。他们在大神殿中争吵，甚至爆发肢体冲突，但时间不允许任何人停下修复关系。
康纳的战争与钥匙归处
康纳出生在莫霍克村落，原名拉顿哈给顿。他的童年被殖民扩张和圣殿骑士行动撕裂，村庄火焰、母亲死亡和土地威胁把他推向复仇与保护族人的道路。朱诺在第一文明的遗迹中向他显现，指引他离开村落，寻找老刺客阿基里斯。康纳接受训练，进入北美独立战争的洪流，试图在英军、殖民者、圣殿骑士和自己族人之间守住家园。
康纳的敌人不只是远方帝国，也包括自己的父亲海尔森。海尔森代表圣殿骑士，冷静、务实，愿意用秩序和控制结束战争中的混乱。康纳代表刺客，却在现实中一次次发现盟友也会背叛，革命口号不会自然保护原住民土地，个人牺牲无法直接换来公正世界。他追杀查尔斯·李，也与海尔森短暂合作、彻底决裂，最终在战场和废墟中杀死父亲。海尔森死前把大神殿钥匙的流向推到下一环，康纳继续追踪查尔斯·李，直到夺回钥匙。
康纳得到钥匙后，没有把它交给任何权力。他回到达文波特庄园，把钥匙埋在阿基里斯之子康纳·达文波特的墓中。这个动作让钥匙避开当时的圣殿骑士和刺客争夺，却也把位置留给后世血脉记忆。现代的戴斯蒙德通过阿尼姆斯看见这一幕，离开大神殿，找到墓地，取回钥匙。康纳的战争没有带来他期待的全部自由，但他的选择把第一文明设施的最后门槛留到了戴斯蒙德手中。
阿布斯泰戈营救与最后能源
威廉被阿布斯泰戈扣押后，戴斯蒙德带着苹果潜入罗马的阿布斯泰戈设施。那里是他噩梦开始的地方的另一种形态：明亮的企业空间、封闭的实验区域、圣殿骑士的秩序和现代技术交织在一起。丹尼尔·克罗斯阻挡他，维迪克试图重新掌握父子二人。戴斯蒙德使用苹果影响守卫，在阿布斯泰戈内部制造服从与混乱，最终逼迫维迪克身边的人扣下扳机，结束这个曾经把他绑进阿尼姆斯的博士。
这次行动让戴斯蒙德救出威廉，也让最后一个能源核心回到刺客手中。父子关系没有因此完全愈合，戴斯蒙德仍然记得自己从小被使命包围，威廉也仍然以导师和父亲的双重身份承受压力。但营救改变了他们最后的相处方式。威廉从命令他进入机器的人，变成需要儿子冒险救回的人。戴斯蒙德带着父亲返回大神殿，太阳灾难的期限已经逼近。
能源核心接连复位，大神殿深处的门被打开。朱诺继续引导，米涅瓦也在最后时刻出现。两名第一文明成员给出两种未来。若戴斯蒙德启动装置，地球会被保护，他会死去，朱诺会从囚禁中释放，带着漫长岁月中积累的计划回到人类世界。若他拒绝启动装置，太阳爆发会毁灭现代文明，少数幸存者会围绕戴斯蒙德建立新的神话；等他死后，他的言行会被曲解，新的宗教和战争会让人类再次重复旧路。
戴斯蒙德的选择与朱诺释放
戴斯蒙德听完米涅瓦的警告，也听完朱诺的诱导。他没有得到纯粹安全的选项。一个选择让世界燃烧，留下自己成为废墟时代的先知；另一个选择保住现存人类，却把第一文明最危险的囚徒放回世界。肖恩、瑞贝卡和威廉都在场，他们知道这已经超出刺客与圣殿骑士的普通任务。戴斯蒙德把他们劝离，让他们准备面对朱诺，自己独自留在装置旁承受代价。
他走向大神殿核心，把手按上控制装置。第一文明设施启动，能量穿过地球，形成覆盖全球的极光般防护，削弱太阳爆发对现代文明的毁灭。世界各地的人仍然看见天空异变，却没有迎来第一文明曾经遭遇的灭绝。戴斯蒙德的身体承受装置代价，倒在大神殿中。他用自己的生命切断了第二次太阳灾难，也让刺客、圣殿骑士和普通人类继续拥有未来。
朱诺从囚禁中释放。她感谢戴斯蒙德完成了自己的部分，随后走向被拯救的世界。戴斯蒙德的故事停在大神殿地面上：一个逃离刺客使命的酒保，被阿布斯泰戈拖回血脉，被阿泰尔、艾吉奥和康纳的记忆训练、指引和折磨，最终接过第一文明留下的选择。太阳灾难结束，第一文明的阴影没有消散；刺客失去戴斯蒙德，威廉失去儿子，人类避免了立刻毁灭，却在朱诺复归后的新威胁前进入下一段历史。